在绿豆芽、大豆芽、豌豆芽、蚕豆芽的生产过程中，有时会发生腐烂现象。一般在豆芽培育后3～4天开始发生，发生时豆芽的胚轴下部或胚根上部开始腐烂，然后逐渐扩大蔓延，严重时整个容器内的豆芽全部腐烂，如不及时防治，会造成严重损失。
1. 发生腐烂的原因 一是生产前没有剔除发霉、变质、破裂、干瘪豆种;二是豆种本身带有病菌，但却没有进行前期消毒处理;三是生产豆芽的容器等用具清洗消毒不彻底;四是生产用水不清洁，水中含有致病细菌或有机物过多;五是豆芽生产过程中淋水不及时、不均匀;六是生产时环境温度过低，延长了豆芽生长天数，导致病菌侵染。
2. 防治技术
①场地和用具要保持清洁，并及时消毒。生产豆芽的场地严禁堆放化肥、农药、柴油、油脂等化学药品;生产人员在作业前严禁接触上述物品，不能涂抹脂质润肤品、头油、化妆品，不能饮酒，要注意个人卫生;豆芽生产场地和容器等用具要保持清洁卫生，防止老鼠、苍蝇、蟑螂、蚊子等进入为害，生产容器等用具在使用前要用0.2%漂白粉溶液或5%明矾溶液浸泡消毒，也可用开水煮烫、太阳暴晒等方法进行简易消毒，尤其是对有腐斑的容器要严格消毒。
④及时合理浇水。豆芽生产最好用清洁卫生的井水或自来水，不能用不清洁的河水、湖水、塘水等;淋浇水要适时，一般每4～6小时进行1次;夏季容器内温度易升高，淋浇水的次数要适当增加、量要大，如有条件最好用清洁卫生的井水;每次水都要淋浇透彻、均匀。及时合理淋浇水，除了满足豆芽正常生长需求外，还可使豆芽新陈代谢后产生的废污物质及时排出。