为了规范棉花加工企业经营活动，提高新疆棉花质量，准确核定产量，维护棉花公证检验的公信度，防止出现“转圈棉”现象。新疆区内经过资格认定的棉花加工企业须将加工好的成包皮棉按规定时间全部存入指定的新疆棉花专业监管仓库，由专业纤检机构组织进行在库取样、重量核查，后续的质量检验由棉花质量仪器化公证检验实验室来承担。
棉花监管库建设的意义和作用
《新疆棉花目标价格改革试点工作实施方案》中明确提出，由专业监管仓库承接棉花的入库仓储以及现场检验工作，这也就意味着专业监管仓库将在国家棉花目标价格改革试点工作中发挥重要的作用：一是确保公证检验后的棉包不会出现假冒、调换等行为；二是便于银行对作为贷款抵押物的棉花实施监管；三是监管仓库可以根据买方的需求，经交易双方确认后对棉花分选组批；四是有利于发展网上交易，降低物流成本。
监管仓库物流信息平台建设的意义
依托全国棉花交易市场的预约平台进行棉花预约入库监管、检验、仓储，不仅为加快新疆棉花监管仓库建设提出了新的要求，也必将对新疆棉花物流信息平台的建设产生积极的影响。物流信息化是现代物流成长的必然要求，棉花作为新疆重要的农产品，2014年已基本占据全国近80%的产量。以全国棉花交易市场预约平台、监管仓库仓储、现场检验以及后续的棉花质量仪器化公证检验工作为基础，已基本上构成了现代棉花物流信息平台的框架。
新疆棉花物流信息平台的建设，应当依托现有棉花监管仓库为载体，以棉包流转为线索，以服务用户为方针，综合运用现代信息技术、条码技术、物联网技术、视频监控及电子仓单等新的技术手段，搭建一个开放的信息数据平台，把政府、市场和用户有机连接起来，让棉花产业链上的各用户（棉花加工厂、仓储库、经销商、棉纺企业等）都能够便利、快捷地运用信息平台，共享棉花资源。比如：政府主管部门可以操作物流信息平台获得在库棉花检验、统计数据，有力地宏观调控、抉择；纤检部门可以操作物流信息平台实现数据的共享和验证；银行可以操作物流信息平台，有力地监管贷款棉花的流向；保险公司可以操作物流信息平台监管保险棉花；棉花加工企业可以操作物流信息平台合理调整自己的棉花库存，最大限度地降低经营风险；纺织企业可以操作物流信息平台获得资本信息，优化配棉；运输企业可以操作物流信息平台获得货源信息，实现运输资本的有用设置装备摆设等。
新疆监管棉花仓库物流信息平台建设的作用
新疆是我国的棉花集中产地，作为全国最大的商品棉流转地，新疆棉花产量70%以上的棉花，主要通过铁路、汽车货运等运输方式，运送到以沿海、中原等纺织用棉集散地。因此，大力发展新疆监管棉花仓储物流有着极其重要的意义。
棉花监管仓储物流的发展、成长还处在初级阶段，随着监管棉花制度以及国家棉花目标价格改革工作的不断推进，为棉花贸易、物流所提供的相关服务功能也将得到不断完善。监管棉花物流信息平台的建设也将带动棉花交易流、信息流、资金流的发展，主要体现在以下几方面：
1.有利于棉花交易方式由传统向现代改变。充分利用好全国棉花交易市场的平台以及监管棉花仓库的棉花仓储物流资源，逐步形成棉花加工企业、监管仓库、纺织企业质检的棉花物流体系，为棉花交易双方提供详尽的数据、便捷的仓储以及优质的配送服务，可以切实推进新疆棉花市场的规范、有序，降低棉花物流成本，提高棉花流通效率，有利于棉花交易方式由传统交易方式向现代交易方式的改变，是棉花产业物流发展的方向之一。
2.有利于发挥现有棉花仓储设施作用，夯实棉花物流基础。棉花仓储设施是发展现代棉花物流的基础，发展现代棉花物流必须充分发掘现有棉花仓储设施潜力，着力提升仓储设施现代化水平。目前，新疆棉花监管仓库的建设多是依托原有棉花二级站、中转站等改、扩建，在规模、布局以及仓储设施、设备等各个方面已不能适应棉花现代物流发展的需要。为了不断完善新疆棉花监管仓库的仓储、物流能力建设，最大限度地发挥现有棉花仓储设施的作用，应通过多种市场运作方式筹集资金，对现有棉花仓储设施进行改造升级，以满足现代物流、仓储的需求。
3.有利于棉花市场体系建设。棉花交易最终要借助物流手段来实现，两者相辅相成，相互促进。完善的市场体系建设重点要依托于物流设施现代化、管理规范化、交易电子化和信息网络化。只有相应的配套设施健全了，与先进物流体系相配套的棉花市场体系才能建设完善。
4.有利于推进棉花流通体制改革。随着我国棉花生产、进出口、消费的增加，快速、精确的信息将为国家有关部门提供宏观调控决策的真实信息。根据棉花质检体制改革的规划，中央财政将采取对进入经过资格认证的棉花仓库（也即第三方监管仓库）的棉花在入库、保管、保险等方面给予适当补贴政策，可以充分调动棉花加工企业将加工成件的皮棉及时存入认证仓库（监管仓库）的积极性，也有利于掌握国家棉花商业库存数量，为国家宏观调控提供决策依据。为不断完善国家棉花目标价格改革工作，保障今后逐步建立完善对棉农植棉基本利益保护机制打下良好基础。