甘薯是无性繁殖器官，皮薄肉嫩，极易碰伤、破皮、病菌易感染，而且对温度要求也十分严格，因此保管比较困难，管理不好会造成巨大损失。
1 甘薯贮藏中的问题
甘薯贮藏容易烂窖，其主要原因是冷害、热害、病害、缺氧、湿害与干害等。
1.1 冷害
温度超过20℃后，呼吸强度加大，温度再升高，形成热害。由于高温易发生烂种现象。
1.3 病害
甘薯在贮藏期间的主要病害是软腐病、黑斑病、茎线虫病，还有镰刀菌干腐病、青霉病等。薯块受冻害、淹害或缺氧时，易发生软腐病。贮藏初期气温较高，易发生黑斑病。
1.4 湿害和干害
贮藏初期，常出现呼吸高峰，薯堆内水汽多，或地下水位上升，会造成缺氧腐烂，窖内湿度过低（低于80%），又会造成生理萎蔫，薯块发生糠和皱缩，也容易发生腐烂。
1.5 缺氧
甘薯贮藏初期，呼吸强度较大，窖内消耗量较多，如果密封过早与装窖过满，致使窖内二氧化碳浓度过高，也会发生腐烂。
2 甘薯种的贮藏条件
2.1 温度
薯块在贮藏过程中，呼吸强度与温度成正相关。温度升高时，呼吸加大，温度较低时，呼吸强度降低时，生命活动力较弱，会引起冷害，所以温度过高过低对甘薯贮藏都不利。一般在9～15℃时，适宜甘薯贮藏。
2.2 气体成分
薯块的呼吸强弱与窖内氧气和二氧化碳含量有关。窖内空气中氧气多时，呼吸强度增大；二氧化碳含量多时，呼吸强度减弱。当窖中氧气和二氧化碳含量分别为15%和5%时，可有效降低呼吸强度，减少贮藏期间薯块对养料的消耗，还能控制病菌的活动，提高薯块耐贮的能力。
2.3 湿度
窖内相对湿度以80～85%为宜，相对湿度低于80%时，呼吸强度增加，薯块消耗养料的数量也随着增加。因而，就降低了薯种耐贮藏的能力。相反，相对湿度较高时，薯块呼吸强度较低，薯种耐贮力就增强。
3 贮藏技术
3.1 收刨
3.2 用窖藏
窖址应选择避风向阳和排水良好的地方。旧窖在入窖前要打扫清洁。发病的旧窖要消毒杀菌。其方法是将窖壁刮去一层；每35立方米应用硫磺50克点火熏窖，严封窖口一天后，打开窖口，然后通入新鲜空气，才能装入薯块。
3.3 选薯块
凡是带病的，破伤的、虫咬的、受淹的、受冷害、冻害的薯块，均不能入窖。薯块贮藏量占窖空间的三分之二为宜。
4 贮藏期间的管理
4.1 贮藏初期
在入窖后20多天内，薯块呼吸强度大，窖内温度有时高达20℃，容易发芽、“糠心”，因此必须通风降温、排湿。可打开窖口和通气孔通风换气。但是，如遇寒流应及时盖窖口和通气孔。使窖内保持最适宜的温度12～13℃。
4.2 贮藏中期
薯块入窖后20多天到翌年2月初为贮藏中期。这一段气温较低，易受冻害，应注意保温防寒。窖温应控制在12～14℃，最低不应低于10℃。防寒办法可将窖口和通气孔封严，防止冻害。
4.3 贮藏后期
进入2月中旬以后，气温开始回升，但经常有寒流侵袭，另加薯块长期贮藏，生理机能衰退，呼吸强度更低，抵抗能力较弱，因此仍需保持适当温度。当窖温超过14℃时，可适当打开窖口或通气孔通风换气。换气时间一般在晴天进行。
薯种在贮藏期间，要经常检查，发现问题及时处理，以免造成巨大损失。