声援反帝弃学从政
北伐战争在人民群众的积极支持下势如破竹，不到半年就占据了江南大部分地区，革命迅速发展到了长江流域。这个时候，中国国民党和中国共产党两个兄弟共同合作，高举中国革命的大旗，他们的命运本应该如同一棵藤上的两个瓜，同呼吸共命运。但是，当中共领导工人农民暴风骤雨般地掀起反帝反封建运动、表现出空前未有的革命毅力和首创精神时，工农革命的惊雷触及了蒋介石、吴稚晖等国民党右派的神经。
24日，蔡元培跟随一贯反共的张静江由杭州抵达上海，与先期抵达那里的国民党右派分子吴稚晖、李石曾、黄郛等一起筹划反共清党事宜。3月27日，蔡元培、吴稚晖等迁入丰林桥蒋介石总部行营，召开国民党中央监察委员会常务会议。这次会议亦被称作“预备会”。
28日，蔡元培与吴稚晖、李石曾、张静江、古应芬等召开第三次会议。蔡元培被推为会议主席。五名到会的监察委员中，除古应芬资历稍浅以外，其余四人都是民国元老。这次会议可谓是清党的发难会议，发难人为吴稚晖。根据会议的原始记录，吴稚晖首先发言，报告“共党谋叛情形”。他说：“共产党陈独秀明言二十年内实行共产，及已入国民党之共产党员谋叛国民党，及不利于中华民国之种种行为。”会议付诸讨论，吴稚晖提议“纠察共产党人”。蔡元培表示附议，主张“取消共产党人在国民党之党籍”。吴稚晖的反共提案获得通过，决议如下：“由原提议人拟具草案，交监察委员会全体会议公决。至除名部分，俟另案办理。”这次会议还通过了吴稚晖提议的“现在共产党种种行为，实危害本党及中国，此次运动应名为护党救国运动”。
祸在清党歧化革命
4月2日，国民党中央监察委员会全体会议召开。除了蔡元培与吴稚晖、李石曾、张静江、古应芬五人之外，监察委员增加了陈果夫、李宗仁、黄绍f三人，而实际上国民党中央监察委员共有20人，与会人员根本不过半数。蔡元培仍然担任会议主席。吴稚晖正式向会议提出弹劾共产党文告，作为蒋介石发动反革命政变的法律依据和舆论准备。吴在文告中大放厥词，以莫须有的罪名强加于共产党，把共产党反对新军阀、批评辛亥革命的不彻底性、提倡向俄国革命学习等，都说成是为了实行共产主义而“决定铲除国民党之步骤”，是共产党的“逆谋”。
这份送交国民党中央执行委员的《中国国民党中央监察委员会咨》的报告称：
由吴敬恒提出共产党连结容纳于国民党内之共产党员，因有谋叛证据一案，经出席委员共同讨论，复由各个委员报告最近在湖南、湖北、浙江、江西、安庆、上海共产党之所为，皆有不利于国民党，受外人指使之事实，其骚乱社会，扰动后防，尤为余事，故全场一致决议，将访查所得，首要各人（名单另附），咨请贵委员会以非常紧急处置，姑将所开各人及各地共产党首要危险分子，经党部举发者，就近知照公安局或军警，暂时分别看管监视，免予活动，致酿成不及阻止之叛乱行为，仍须和平待遇，一面由贵会公决，召集全体中央执行委员会公议处分。
在蔡元培的主持下，这次会议审定了中央执行委员、中央监察委员和各省党员应进行通缉和看管的共产党人的名单。上榜这个黑名单的既有陈独秀、林伯渠、瞿秋白、毛泽东、恽代英、周恩来、刘少奇、张国焘、澎湃、邓颖超、蔡和森、方志敏这些共产党人，也有像沈雁冰、柳亚子、邓演达这样的国民党左派人士，共计179人。显然，蔡元培与吴稚晖一起提出把共产党人从国民党中清除出去的建议，与国民党极右分子――“西山会议派”的反共叫嚣如出一辙。
此后，在蔡元培的主持下，这一部分监察委员又召开了四次清党密会。当然，仅是开密会肯定不够光明正大，凡事都得师出有名，才算理直气壮。而在4月5日举行的会议上，“中央执行委员会要求本会二日之决议之请办覆党卖国之共产党案暂行保留”，决议“俟适当时再集会议决发送”，并特别注明：“到会人数不限多少，均可开会决定之。”也就是在这一天，《民国日报》《时事新报》发表了《汪陈宣言》。陈独秀还天真地跟郑超麟说：“大报上好久没有登载我的名字了。”他自以为是地认为《汪陈宣言》发表以后，国共关系从此可以好转，随即和汪精卫一起从上海来到武汉。谁知，这次陈独秀又看错了人。他哪里知道，汪精卫也是在利用共产党和蒋介石的矛盾，来一个“鹬蚌相争，渔人得利”，出卖了陈独秀出卖了共产党。大革命失败后，陈独秀承认：“根据国际对国民党及帝国主义的政策，和汪精卫联名发表那可耻的宣言”。
4月8日，蔡元培参加了蒋介石于2月21日指派吴稚晖、何应钦、陈果夫等组织的上海临时政治委员会召开的第一次委员会议。这次会议决定，“得以会议方式决定上海市一切军事、政治、财政之权，并指导当地党务”，从而篡夺了中国共产党领导的上海工人第三次武装起义胜利后建立的上海市人民政权。
9日，蔡元培同吴稚晖、张静江、李石曾等人以国民党中央监察委员名义，发表了长达3000余字的“护党救国”联名通电。这份列为《国民政府公报》“宁字第一号”的公报，痛斥联共政策的种种荒谬，严词指责工农运动，攻击当时实行国共合作的武汉国民政府和国民党中央的种种革命行动。其中，特别攻击武汉国民党中央坚持国共合作的决议，指责武汉三中全会提出允许共产党参加国民政府和省政府的决议为“谬误之决议”，为“亡党之责”，“大有背于本党治国之精神，极端毁灭本党组织之根本旨趣，减少群众对于本党之坚固信仰”，鼓吹全体国民党员“念党之危机，懔丧亡之无日，披发缨冠，共图匡济，扶危定倾”。这份通电公开为蒋介石的反革命政变做了舆论准备。
当然，除了舆论的鼓吹之外，蒋介石还得到了帝国主义和大地主大资产阶级集团的强力支持。3月29日，上海商业联合会的代表团拜访蒋介石，声称只要他和共产党决裂就给予财政援助。据当时《字林西报》报道，代表团强调“上海立即回复和平与秩序”的重要性，蒋介石做出了“迅即调整劳资关系”的保证。蒋介石提出了对共产党人“宁可错杀三千，不可放过一个”的血腥口号。帝国主义和资本主义银行家觉得蒋介石十分“给力”，在支付300万银元后，又向蒋介石提供了700万银元。
13日，上海知名人士郑振铎、胡愈之等七人联名致信蔡元培等人，声讨蒋介石的暴行。同日，蔡元培与吴稚晖、张静江、李石曾、黄绍f、邓泽如、古应芬召开国民党中央监察委员会会议，做出了否认武汉政府、国民政府迁往南京、取缔“反革命分子”等项决议。这个时候的蔡元培，在政治上与他的浙江同乡蒋介石坐在一条板凳上，完全支持反共清党。 17日，武汉国民党中央发布命令，宣布开除蒋介石的党籍，并免去其本兼各职，“着全体将士及革命民众团体拿解中央，按反革命罪条例惩治”。武汉政府控制下的武汉、长沙等地召开有数十万群众参加的反帝讨蒋大会。
18日，蒋介石一手操纵的代表大地主大资产阶级利益的国民政府在南京成立，与武汉国民政府相对抗。一时间，南京政府、武汉政府与北京的奉系军阀张作霖政权，形成了三足鼎立的对峙局面。蔡元培作为国民党中央监察委员会代表授印，由胡汉民接受。在这次成立会议上，蔡元培发表演说，指责当时的武汉政府是“受共产党妨害”和俄国人操纵的“破坏政府”，鼓吹应予取消。
6月6日，国民党中央监察委员会再次开会。会议记录载：“本会检发共产党叛逆案内应予通缉之名单，经于5月21日咨行政治会议，将饬政府一体通缉归案究办。”此外，在蔡元培主持的中央监察委员会会议中，还讨论了与清党案有关联的、对待当时尚与共产党合作的武汉国民党问题，决议予以弹劾;同时对于江西等地送来的所谓“共党叛乱案”，分别做出了“悉数逮捕，严加看管，听候查办”的决议。
拥蒋反共不嗜杀人
8月13日，南京国民党政权内以李宗仁、白崇禧为首的桂系“逼宫”，蒋介石以退为进宣布辞职下野。蔡元培则与胡汉民、吴稚晖等赴上海挽留。第二天，蔡元培与胡汉民、张静江、李石曾、吴稚晖等联合致电冯玉祥，宣布辞职，与蒋介石共进退。在紧接着的政治拉锯战之中，蔡元培依然站在蒋介石一边，反对蒋的政敌汪精卫提出的召开中央执行委员会第四次全体会议的主张。并且，他与张静江、李宗仁、吴稚晖、李石曾等以中央监察委员的名义弹劾汪精卫，斥责汪精卫口是心非，反复无常，挑甲倒乙，挑乙倒甲，私德荡然，自坏人格，阻碍清党，“日与共产党画诺”，“变乱视听”，同时指责他主张唐生智东征讨蒋，提议予以察看，“使闭户潜养，增长能力再出与议，似于公私，而皆有益”。
蔡元培此番言辞，一边为蒋介石制造“中山舰事件”辩解，一边为四一二反革命政变解脱。同时，他还以为宁汉合流意义重大，指出：“现在尚有二事，大家各宜注意。
（一）国民党受共产党之催眠。
（二）共产党之煽惑。因共产党口号，专打倒西山会议派，谓该派同志与军阀无异;又主张打倒腐化分子，其煽动手段无所不至，稍一不察辄受其惑。”他告诫：“万万不可受共产党人之愚惑，凡事须要细心考察是否实在，则是非自能明白，不致为共党所利用。”
12月10日，国民党二届四中全会第四次预备会议通过了恢复蒋介石国民革命军总司令职务，蔡元培立即发表拥护蒋介石的言论。13日，他在南京向记者发表谈话说：蒋介石“功在党国，此次再任艰巨，自极赞同。余意蒋先生复职以后，必能将所有军队凡立于铲除共党、打倒军阀之旗帜者结合为一。现在武装同志大家都应觉悟，同心努力，一致铲除共党、打倒军阀之工作。此外种种皆不足置虑也”。
2月8日，在国民党二届四中全会上，蔡元培又领衔与吴稚晖、张静江、李石曾四人提出《为防范共党扰乱阴谋之提案》，获得通过。该提案称：“中国国民党虽经实行反共、分共数月于兹，但现在共党扰乱中国之计划行为仍甚猖獗，证据确凿，不得不加以制止。”
回忆前尘，对于清党运动的这段革命歧路，蔡元培没有回避。1934年1月10日至11日，香港《平民日报》载《辽海梦回室笔记选录》第
四、第五两节，在论及“蒋中正与四老之离合”一段史实时说：“蔡一方面徇吴（稚晖）与李石曾等之情，一方又欲予共产党以缓冲，乃列名弹劾书中，而请暂予共党分子以看管，固不许拥有兵权者之随意加以诛戮囚辱也。”按此说法，蔡元培参加清党运动全系吴稚晖拉拢，而且是在保护共产党人。对此，蔡元培本人也不以为然。1935年1月19日，他在看到此文后，当即在这份报纸上写下批注：“于我多恕词，而于稚晖多责备。不知何人所著。”透露了不同意对他此举予以回护之意，表明了他对自己的错误绝不掩饰，也正如他同意吴稚晖对他性格所作的评价：“律己不苟，而对人则绝对放任。”
蔡元培的这种自省也赢得了历史的尊重和宽容。彼时的蔡元培兼任浙江省清党委员会委员，余人为张静江、沈定
一、蒋伯诚、姜绍谟等九人。时任该委员会情报处处长兼审计处主任的姜绍谟回忆说：
清党委员会成立那天，群情愤激，主张用最严厉的手段对付共党，凡涉嫌的人抓到就杀。当天晚上，就从陆军监狱里提出二十余人枪决。第二天早餐后，蔡先生就把我叫到他房间里，很严肃地对我说：‘我们不能随便杀人！昨天那样太荒唐，太草率，太不好了！此后必须谨慎，必须做到三件事：第一，抓人，必须事先调查清楚，始可逮捕;第二，定罪，必须审问清楚，证据明白，才可判决;第三，杀人，必须其人罪大恶极，提交清党委员会，经会议决定始可执行。青年人误入歧途的很多，必须使人有反省的机会才好。’后来浙江成立了特别法庭和反省院，都是受了蔡先生这些训示的影响。
然而，不可否认的是，清党运动本身就是最大的蹂躏人权之举。蔡元培虽然提出了上述三条限制条件，但如此斯文的主张与蒋介石实行的“宁可错杀三千，不可放过一个”的残酷现实极其不合拍，只不过是其书生意气的一厢情愿罢了。但正是蔡元培这一不同的价值取向，埋下了他与国民党最高当权者之间一定程度的心理裂痕的思想种源，使其后来逐渐认识到蒋介石新军阀专制独裁的真面目，并逐渐与之疏远。