实行村级财务会计工作代理制，是在农村税费改革基础上深化农村改革，加强村级组织建设的重大举措。有利于提高村级财务管理和会计工作水平，预防和遏制村级组织的腐败，推动村级组织管理的民主化和规范化。有利于农村基层政权的巩固，缓解紧张的党群干群关系。这一举措顺民意、得民心，政治意义重大。为了真正实现这项制度设计的初衷和目的，将好事办好、实事办实，巩固并扩大村级会计代理制的实效，结合农村会计代理制实施的现状和实践，在实行村级会计代理制度的过程中要注意以下几个问题：
一、遵循五权不变
村级财务代理制从法律上讲，是一种委托行为，就是会计服务机构受村民委员会的委托，代村集体记账、做账及进行财务管理。因此，推行村级财务代理制，要在五权不变的前提下进行，即村民组织的财务管理权、资金所有权、使用权、收益分配权、财产处置权不变、委托双方要签订代理合同，明确双方的权利义务和法律责任，以确保村级集体资产不被平调、挪用和侵占。
二、明确委托方与代理方的权限
村级财务代理是在村民委员会授权下的财务管理。在《会计法》等相关法律基础上村民委员会与代理中心签订委托书，委托书中应明确委托方及代理方的权利与义务，代理中心的主要职责是代理村级进行会计核算、办理资金结算、实施会计监督等。
三、设置必要的账户及工作岗位
代理中心要在银行开设村级代管资金账户，并设置审核员、记账会计、资金会计三个工作岗位，资金会计最好由零户统管的资金会计兼任。对各村实行审核报账代理制，各村不设专职的会计岗位，从选举产生的村委会委员中指派1人担任村报账员。
四、制定规范的操作程序
(一)账务处理程序。各村报账员每月定期到代理中心报账，将合法的收支凭据交代理中心审计员审核盖章，填制《乡(镇)村级财务报账单》两份，双方各持1份。除按规定应发放给村民的专项资金外，村级报账原则上只允许使用税务发票、财政票据、农经票据，尽量避免使用白条和花名册等不合法不合规的原始凭据。代理中心记账会计依据各村报送的凭据登记总账及明细账，村级报账员只登记明细账和辅助账，由代理中心进行会计核算，编制会计报表一式三份，代理中心、村委会及其主管部门各持1份。年度终了，代理中心将各村财务会计档案集中管理。
(二)资金收支划拨程序。村级财务实行收支两条线管理，即收入全额上缴、开支计划下拨。各村的收入一律先到指定的银行填写《现金进账单》，缴入村级代管资金专户。支出由村月初编制用款计划报乡(镇)人民政府审批后，再由报账员填写《村级用款申请表》，经代理中心审核通过后，由资金会计办理划拨手续。每月核定每村的备用金，以便日常开支。
(三)资金开支审批程序。代理中心对村级开支执行先收后支、先批后用、先审后入账的办法。建立严格的内部控制制度，明确村主任、民主理财小组、村民代表会的审批权限，村级的公益事业集资和集体经济发展项目等重大经济决策，要由村民代表大会审批通过后依照有关决议和上级政府有关农村公益事业一事一议规定执行。
(四)资金管理约束程序。取消村级在银行或信用社开设的所有资金账户，由代理中心为各村开设一个村级代管资金专户进行核算。各村应在资金会计处预留付款印鉴，划转资金需在申请单上加盖村财务专用章和报账员印章，不得透支资金。
(五)民主理财程序。各村成立3-5人的民主理财小组，每月定期办公，监督村级执行各项财务制度，审批资金开支。收支单据需经过四签一审的程序方可入账，即所有收支凭证先由经办人签说明性意见，然后由与收支有关的人(可以见证收支事项的其他人)签证明性意见，村财务主管领导签肯定性意见，村民主理财小组签监督性意见并盖民主理财章，交代理中心审核入账。
(六)财务公开程序。代理中心每月同村级报账员对资金余额进行对账签证，在《村级财务公开栏》上公布各村资金余额及财务收支情况，接受各村监督。各村每季度末依据代理中心提供的财务报表，编制《乡(镇)村财务公开工作底稿》，经民主理财小组审核后在公开栏上公开。
五、建立完善的监督机制
推行村级代理制应当把民主决策和民主监督、内部监督和外部监督有机结合，具体做法是：一是加强村级民主理财小组监督。各村应成立民主理财监督小组，健全民主理财制度。认真审查财务收支账目，对财务公开的真实性实施监督，对群众提出的疑问和反映的问题及时向村、乡镇主管部门反映。二是加强代理中心会计监督。代理中心审核员在对每一笔村级收支原始凭证入账前都要进行严格审核，对不符合规定或手续不齐全的单据，退回补办或不予报销，每月对村库存现金进行盘点。编制《现金盘点表》。三是加强审计监督，县(区)、乡镇纪检监查、财政、农经管理部门应根据有关法律法规开展定期或不定期的审计或检查，并监督代理中心履行职责。六、制定有效的代理考评制度
代理考评制度要涵盖以下几个方面的内容：一是代理是否有利于提高资金使用效益，增强集体经济实力。二是是否把村级所有资金纳入财政代管资金专户，实行收支两条线管理。三是是否分村建立了固定资产台账，落实了保管地点、保管人，建立了资产管理制度。四是是否遏制了农村的三乱。五是是否有利降低行政成本，化解村级债务。六是是否有利于提高村级财务管理的透明度，密切党群干群关系。
