研究发现，医院医改管理中的必然选择是提高医院的财务管理水平。财务管理水平的提高是通过对预算管理的整体调控和医学治疗资源的在各个方面的全面运用实现的。下面是强化医院全面预算管理的对策。
在内控中有着及其重要作用的全面预算管理是面向未来，拥有控制，激励和考评作用的综合性的管理型的工具。在实际的全面预算管理中，大多数的医院由于国家经济体制改革的影响和国家经济体制改革的限制，存在着不少的问题，主要包括有以下几个问题
预算管理主体模糊问题。根据医院预算管理规定，医院按国家这方面的相关政策，结合医院的数据，将公立医院的预算分析，测量运算，编制和审议，向主管部门汇报，经过卫生部门的审核，再向财政部门申报，申报成功后再让下面各级的公立医院执行预算情况。预算主体不仅医院，还包括主管部门和财政部门等部门。主管部门的主要工作是监督和考察医院的执行预算过程，医院会依据其执行结果综合目标进行考核。作为国有财政管理部门，财政部门也要对预算执行结果制定相关的考评和奖赏的方案。
预算编制方法单一问题。现在很多的公立的医院按照财务部门的预算编制要求，参考对照以往的财务数据的每年平均增长的比率，经过推算来编写制定本年度的预算数据。因为没有结合医院本身在未来的发展情况，政治变化和医疗的动态，这种方法所得出的预算结果中存在着比较差的精确度，没办法使得医院制度得到比较好的控制，没办法达到使医院得到现代化管理的要求。