1、医院财务管理和企业管理的目的不同
企业财务管理要对其所有者负责，完全为市场化经营，企业财务管理追求的是利润最大化，而医院则必须在充分考虑社会效益的前提下，医疗服务价格严格遵从政府定价，不得进行无序的市场竞争，不以盈利为目的。
2、运用手段相同，但使用深度不同
电算化管理使财务管理手段发生了质的飞跃，当前，医院和企业基本都实行了电算化管理，但企业，尤其是大型企业都已进入到ERP管理的应用层次，实现了财务管理对整个生产过程的事前、事中、事后全面监管，而医院财务电算化还普遍停留在用电算化进行算账、报账的事后核算监管水平，与当前社会经济发展的需要极不相称。
3、成本核算具有不同特点
区别于企业成本核算，医院成本核算的特点，主要表现在以下几个方面。
3．1、成本核算本质的非价值补偿性
企业通过核算成本作为补偿商品生产耗费的价值尺度，这把尺也是制定产品价格的主要基础。而公立医院的经营不能以盈利为目的，国家对公立医院的医疗经营不收税，医院的各项收费价格由国家的物价部门根据政策制定，并不是一一对应的医务劳动产品价值的真实反映。
3．2、 成本和费用在会计处理上的无差异性
企业会计制度明确：应合理划分期间费用和成本的界限。企业的期间费用包括营业费用、管理费用和财务费用，规定直接计入当期损益，在利润表中分别项目列示。而医院的财务制度则明确:管理费用等作为间接费用按医疗和药品部门的人员比例进行分摊，并按支出明细项目逐项进行分配，然后结转收支结余。
