我国的现行预算会计主要包括财政总预算会计、行政单位会计、事业单位会计。近几年，随着财政管理体制改革的步伐加快，按照公共财政理论设计的预算管理模式已开始建立，预算编制、执行等环节的管理制度正在发生根本性的变化，预算会计的客体运行环境又发生了变化，因此，现行预算会计又面临着新的问题，需要进一步改革。
1现行预算会计存在的问题
实施新的预算会计制度以来，我国的预算会计环境发生了重大变化，我国以加强和规范财政管理为中心，在财政预算管理制度方面进行了一系列改革，包括编制部门预算、推行国库集中收付制度、实行政府采购制度等。改革的实施使预算会计制度在核算内容上出现了许多新情况，原来的核算内容及核算方法已不能适应新的变化，迫切需要对预算会计制度进行进一步修改和完善。另外，从政府会计改革的趋势看，由于我国预算会计仍采用收付实现制，与国际通行做法存在较大差异，在执行中也暴露一些深层次的问题。
1.1现行预算会计核算不能全面反映政府资金运作情况
我国预算会计体系建立于计划经济时期，当时政府资金管理的核心任务就是预算资金的分配，因此，预算会计仅核算和反映预算资金的收支和结余，没有反映政府预算资金以外其他资金运动情况。主要体现为以下几个方面:对政府固定资产的核算和反映不全。目前，只要求行政、事业单位对其拥有的固定资产进行会计核算，而总预算会计没有规定核算和反映政府固定资产的内容，这就意味着用于购置政府固定资产的财政资金，一旦支出以后，就退出了政府和公众的视野，不利于加强政府固定资产的内容，不利于加强财政管理和监督。未能对国有股权的资产进行确认和核算。总预算会计对政府的投资仅反映为当期的财政支出，而对于进入国有企业的国有股权没有进行确认、计量、记录和报告，投资款项一旦由财政拨出，就脱离政府预算的管理，进入行政事业单位或国有企业的核算环节，所以难以实现以国有资产所有权和收益权的管理，无法真实地反映政府资产状况。
1.2现行预算会计不能为编制部门预算提供相关的会计信息
从表面上看，编制部门预算似乎与预算会计没有大的关系，但从实质上看，预算会计信息是编制部门预算时的一个重要依据，是编制部门预算的基础。我国的预算编制正在以零基法取代基数法。在传统的基数法下，按照基期年的支出基数简单地加上一个增长比例确定各部门的支出指标，因而，在决策时不需要过多的会计信息，在这种情况下，传统的会计核算基础存在的弊端也没有显现出来。但在零基法下，一切从零开始，主要根据各部门的职责、占用的经济资源、人员配备等客观因素来确定资金使用额度，因此，编制零基预算，除了有核定编制、制定标准定额等相关配套制度外，摸清各部门的家底、充分了解各部门资源占用和使用情况，具有十分重要的作用，如果没有可靠的会计信息，就无法编制零基预算。我国的行政、事业单位长期以来在使用预算资金、开展公务活动中形成并拥有大量的房屋、建筑物等固定资产，许多事业单位如科研、高校、医院等单位还拥有相当数量的股权投资。由于我国的预算会计主要侧重于财政资金的收支核算，对各单位占用的大量长期资产关注不够，固定资产的建造和使用在管理上脱节，先由建设单位完成基建任务，项目竣工后再由建设单位移交资产使用单位。固定资产的建造并不在行政、事业单位的账簿中登记和反映，只有办理竣工验收交接手续后方可予以登记。在实际工作中，行政、事业单位因基建形成的固定资产存在登记不及时、甚至不入账等情况;即使已入账的固定资产，按现行制度规定不计提折旧，无法反映固定资产的使用情况，虚增了资产价值。
1.3收付实现制的预算会计基础存在局限
长期以来，我国预算会计主要是为预算资金分配与使用服务的，而预算资金的运动过程与企业不同，它的收支一般是无偿性的，不需要核算成本和损益，主要是反映预算收入、预算支出和预算结余的情况，以保持收支平衡。所以以收付实现制为基础的预算会计在我国计划经济时期和市场经济初期对于全面反映和监督国家预算收支的执行情况、加强预算管理曾经发挥了重要的作用。但是随着社会经济的发展，政府职能的转换。以收付实现制为基础的政府会计逐渐显露出其固有的局限性:不能进行准确的成本和费用核算，不利于提高效率和绩效考核。不能全面反映政府的负债状况，不利于防范财政风险。比如政府负担的雇员养老金，收付实现制政府会计债，应由本期负担的以后年度支付的利息。诸如此类的政府已经发生但尚未支付的款项，由于未能在账上反映出来，从而形成了政府的隐性债务，给财政经济的持续、健康运行带来隐患。
2现行预算会计改革措施
随着社会主义市场经济体制的完善和公共财政框架的构筑以及部门预算、国库集中支付制度、政府采购制度等改革的不断深入，现行预算会计的弊端和不足越发显现，必须对现行预算会计进行改革，从中国的实际出发，参照发达国家预算会计实践的成功经验，发展更为全面的预算会计。
2.1预算会计体系的改革
拓展预算会计，构建我国政府会计体系，政府会计、预算管理制度改革，包括编制部门预算、实行国库单一账户，建立政府采购制度等，客观上要求财政总预算会计与行政单位会计合二为一。按照会计主体观念，会计应当反映和报告一个主体所有的资金运动或价值运动，而不是其中的一个部分或一个方面。然而，我国现阶段预算会计主要以预算资金运动作为会计对象，仅仅反映了各级政府和行政事业单位预算执行情况及结果，对于政府其他资金运动的过程没有反映，会计核算对象缺乏全面性和完整性。所以，拓展预算会计，构建政府会计体系，就是要把会计核算对象由预算资金运动扩展为政府的价值运动，即包括预算资金在内的政府的一切资金运动。就我国目前的情况而言，首先应在会计核算中，增加对政府固定资产的核算与反映，同时提供政府资产的增量和存量两方面的信息。其次，对国有股权的政府资产进行会计核算中，增加对政府固定资产的核算与反映，同时提供政府资产的增量和存量两方面的信息。编制部门预算。部门预算是市场经济因素普通采用的预算编制方法，是由政府各部门编制，经财政部门审核后报议会审议通过，反映部门所有收入和支出的预算。推行国库单一账户制度。建立我国国库单一账户制度的基本框架是:按照政府预算级次，由财政在中国人民银行开设国库单一账户;所有的财政性资金逐步纳入各级政府预算统一管理，财政收入直接缴入国库或财政指定的商业银行开设的单一账户，取消所有的过渡账户;财政性支出均从国库单一账户直接拨付到商品或劳务供应者。
2.2预算会计制度改革
我国现行的预算会计规定总预算会计与行政事业单位会计实行收付实现制，事业单位会计核算一般采用收付实现制，但经营性收支业务核算可以采用权责发生制。改进现行的预算会计制度，适应新业务的核算要求。首先，调整现行预算会计规范体系。主要是对事业单位会计的归属进行重新界定。对于实质上是以营利为目的的事业单位而言，无论其性质是否为国有单位，都应将其会计核算制度划分到企业会计范围中:对于非营利性的事业单位，要区分是国有的还是私立的，对有的非营利事业单位，其会计核算制度应该纳入预算会计体系，至于私立的非营利组织，其会计核算应列入新颁布《民间非营利组织会计制度》的范畴。其次，更新预算会计核算内容，并针对新业务设置相应的会计科目。针对政府采购制度和国库集中收付制度的改革，增加预算会计的核算内容，也适应新的经济业务的核算需要。为了核算和反映政府固定资产的净值情况，在行政事业单位会计制度中有必要增加类似于企业反映固定资产价值损耗的累法折旧会计科目，真实的反映预算单位的资产和净资产的情况。其次，对于特定的业务，要引入权责发生制会计基础。