与传统的手工会计分录相比，电算化会计的会计分录编制原则与之相同，都是依照有借必有贷，借贷必相等的编制原则进行记录。但就会计分录的编制方法以及存储方式上，电算化会计还是与手工记账有着很大区别的。这主要取决于会计电算化是需要利用计算机来进行会计记录的。因此一些数据与信息需要经过一定的变换，才能被计算机系统所接收，从而实现正确的会计信息录入，避免会计信息失真的现象发生。
由于会计分录是记录会计活动的主要依据，也是最直观明了的记录，因此在编制会计分录时，必须要做到账证相符，记录清晰，有据可依。在以往的手工环境中，会计人员进行会计分录编制时，能够通过人脑分析直接以不同的颜色在规定的栏目下记录借贷信息，尤其是一些需要用红字记录的会计信息中，会计分录更是需要以相反的颜色将信息记录在相反的栏目下。而在电算化的会计分录编制中，电脑则不会对信息进行分辨后记录以正确的字体记录到正确的目录下，这就会出现会计信息错误的现象。
例如在会计记录中，期间费用类帐户一般是借方分析多栏式明细帐，平时发生的各项业务登记到借方，只有到结转费用帐户时，才从贷方转出，出现贷方发生额。例如：坏帐准备是按照应收帐款 期末借方余额的一定比例提取的，若坏帐准备期末贷方余额大于按照应收帐款 期末借方余额的一定比例提取时，就要将其差额冲减管理费用，传统手工会计分录如下：
借：坏帐准备
贷：管理费用
会计人员根据这个会计分录登记管理费用 明细帐时，由于管理费用是借方分析式多栏帐且平时不出现贷方发生额，会计人员必须经过大脑分析，用红字（分录本身是蓝字）登记到管理费用 相应明细帐户的借方，从而造成帐证方向不一致。而在电算化会计中，计算机记帐不可能象人脑那样分析，它会毫不犹豫地登记到管理费用 相应明细帐户的贷方，从而造成手工与机器登记的管理费用借贷方发生额不等（借方手工大，贷方手工为零），影响会计报表编制的正确性。究其原因，是传统会计不规范处理所致。会计人员应适应这种变化，将会计分录变换成如下分录，就不会出现上述问题。
借：管理费用 （红字）
贷；坏帐准备（红字）
另外，在会计实务中，对于费用冲减会计分录的编制也是一个容易引起错误的地方。在传统的手工会计分录编制中，冲减费用的会计分录是以贷记某费用账户的方式记录。例如在企业的财务会计管理中，贾某出差回来后向财务退回了1000块钱差旅费。此时若以手工方式记账，会计分录应当编制如下：
借：现金1000
贷：管理费用1000
而在电算化的会计分录编制中，则不能直接以这种方式反映在计算机上，在此情况下，可以采取两种记录方法来正确处理冲减费用的会计分录编制问题。第一种方法是红字冲销费用支出数和现金支出数；第二种方法是在借方用红字冲减费用支出数，再用蓝字在贷方记录现金的增加数。其会计分录的表示方法分别为：
借：管理费用1000
贷：现金1000
或
借：管理费用50
贷：现金50
但在实践中发现，采用第一种对冲减费用进行电算化会计分录编制，是需要有一定的前提条件的，若不能在这些条件下使用第一种编制方式，就极易引起账目混乱，帐证不符的现象，使得会计信息不符合实际。其前提条件是的前提条件是该单位采用的是记帐凭证不分类且记帐凭证格式统一。如果记帐凭证分为收、付、转三类的话，那么这张记帐凭证只能是付款凭证格式（贷记现金），填制付款凭证肯定让人费解。再说，各单位都很重视货币资金，尤其是现金，有的单位仍然要求出纳每天手工登记现金日记帐，根据这张付款凭证登记现金，日记帐，是登记到借方（蓝字）还是登记到贷方（红字）呢？登记到借方，导致帐证方向不一致；登记到贷方，表示现金的减少，虽然是红字，也让人难以理解。那么如何才能防止这种现象的发生呢？笔者以为，我们在这类账目的会计分录编制中可以引入一种会计过渡科目，来辅助完成电算化会计的会计分录编制。过渡科目的具体使用方法笔者会在后文介绍，在此处就不多加叙述。
在实际的电算化会计实务工作中，还常常会遇到一些需要在账户之间互相调整而产生的会计活动，这些会计活动会计分录编制也是一个非常容易出错的问题。例如，在会计实务中，某单位的生产机械的额定折旧费为5000，原本是把这笔折旧费算在生产成本中，但现在对其进行了调整，要将这笔费用调到制造费用中去，这样一来，在会计分录中就需要把生产成本-折旧费调整到制造费用-折旧费中去，若按照以往的纸质会计分录编制方法，一般都是以下述方法来编制，即：
借：制造费用-折旧费5000
贷：生产成本-折旧费5000
但通常在会计分录中，生产成本这项会计分录的编制多为多栏式账，并非单单只有这一项，若在借方直接将折旧费归为制造费用，那么生产成本这一项的账面必然会与单证不相符，出现帐证不一致的局面，给会计的管理工作带来一定困难。因此，为了能够确保帐证一致，有些会计人员会采用以下这种会计分录的编制方法来进行编制：
借：制造费用一折旧费5000
生产成本一折旧费5000（红字）
贷：任意科目0
这种编制方法与上述的第二种编制方法差不多，即将贷方的账户发生额为0的情况下省略贷方的记录，但事实上，这是一种错误的会计分录编制方法，其违背了会计分录编制的一些编制原则，首先不符合借贷记账法的记账规则，即借贷双方必须都要具备，不可只有一方。其次不符合计算机会计分录软件的编制要求，在电算化会计记账中，科目都是已经由软件定制好的，明细账目中贷方为0是不符合要求的。
我国财政部在1 994年6月30日发布的《会计核算软件基本功能规范》第十五条的第（四）款明确规定： 正在输入的记帐凭证有借方会计科目而无贷方会计科目或者有贷方会计科目而无借方会计科目的，应予提示并拒绝执行，也就是说所有已经通过财政部门评审的会计核算软件，都不可能违反上述规定，都会既有借方科目又有贷方科目，否则财政部门不可能同意使用这种软件的企业摆脱手工记帐，因此在电算化会计中不能编制仅有借方或仅有贷方的会计分录，会计核算软件不接受这种分录，但可以编制借方或贷方为任意会计科目，同时金额为零的会计分录。计算机记帐是根据科目编码记帐的，所以任意科目 明细帐必然记载有金额为零的经济业务，这种经济业务在会计上是没有存在必要的。
为了避免上述情况的发生，笔者认为正确的做法是借用一个过渡帐户，如其他应付款 过渡帐户，通过编制两张记帐凭证来解决。如在上述例子中的会计分录就可以编制如下：
借：制造费用-折旧费5000
贷：其他应付款-过渡5000
借：生产成本-折旧费5000（红字）
贷：其他应付款-过渡5000（红字）
这样一来，在登帐时制造费用、生产成本 帐户肯定没有问题，过渡帐户贷方也立即抵销，从道理上讲，也没有问题，只是增加了记帐凭证的数量。
综上所述，实现电算化会计以后，企业的会计人员在编制会计分录时，既要遵循会计理论本身要求，又要考虑电算化会计软件的要求，这些要求往往同手工习惯做法是不一样，甚至是相互矛盾的，有些习惯做法本身是不正确、不规范的，会计人员需要结合会计理论和电算化会计的知识进行修正，以适应不断发展的会计信息化的需要。同时要求在电算化会计中，对于账会计分录编制时，不但要遵守会计本身的各种要求与规范，还必须要符合电算化会计对其提出的要求，以正确的方式利用计算机会计软件来进行账目记录，保证会计信息的正确与完整。