1905，还发生了一些事，促成了陈去病与他的偶像――明末抗清名臣张苍水的一段文字因缘。
3月27日，陈去病担任主笔未够一年的上海《警钟日报》，以及陈去病于1904年10月发起出版的《二十世纪大舞台》同时遭到清廷禁锢。究其原因，这两份报刊都很“大不敬”，如后者第一期中的《安乐窝》一剧，以女丑扮演慈禧太后，并给时政以尖锐的谴责。时逢西太后七十寿辰，该刊又有讽刺寿联：
今日幸颐园，明日幸南海，何时再幸古长安？亿兆民膏血全枯，只为一人歌庆有；
五十割交趾，六十割台湾，而今又割东三省，四万里封圻日蹙，欣逢圣寿祝疆无。
两刊被封，陈去病又涉嫌谋反――“购枪械、谋起事”，于是被通缉，辗转到了镇江承志中学任教。这期间，陈把主要精力集中到收集、整理明末抗清志士以及明末遗民的史料和著作上。如明末抗清英雄吴易，是陈去病的吴江乡贤，兵败被执后不降，在杭州草桥门遭凌迟处死。陈去病致力于搜集其遗著而久无着落，1905年夏天，陈去病才得到他的遗稿，为之补校斟定，定名为《吴长兴伯遗集》，并自序；又有《斟定吴长兴伯遗集，谨书其后》诗作四首。陈去病还有―位乡贤吴赤溟，明亡后组织遗民诗社――惊隐诗社，成员有顾炎武、归庄、朱鹤龄等近百人，在清初影响甚大，被清廷严密监控（惊隐诗社故实，应该对后来陈去病成立南社颇有影响）。1663年，因受明史案牵连，吴赤溟亦被清廷凌迟于杭州。陈去病于1905年得遇其书迹，乃撰《书吴赤溟上钱牧斋书后》、《书吴赤溟潘子今乐府序后》以记其事。
就在陈去病专注于明末抗清人物的史料著作期间，江南名士高吹万游杭州，寻访明末抗清名臣张苍水墓，得之于南屏山麓，作诗凭吊。其后，陈去病、黄节等人陆续前往祭扫。
张苍水就义后，由同乡鄞县万斯大等人与和尚超直收其尸，并由张苍水外甥朱湘玉到总督衙门买回首级，复遵照张苍水的《入武林》诗所表示的意愿，殡敛于杭州南屏山北麓，成为上继岳飞、于谦后，埋葬在杭州的第三大民族英雄。
张苍水是南社诸子的偶像，也是章太炎最为敬佩的人，章太炎堪称苍水“铁粉”，章曾表示“生不同辰，死当邻穴”，后来章太炎墓与张苍水墓果然只一墙之隔。张苍水的诗文集被清廷严厉查禁，章太炎搜集到传钞本在1901年据以排印，排印时，章所撰的《张苍水集后序》，成为了章太炎学生鲁迅最爱诵读的文章。
章太炎和陈去病认识较早，《张苍水集》既然印了出来，没理由不给陈去病送去一部。但当时或有查禁，也要看机缘。章何时赠送《张苍水集》给陈去病，已不可考。但这部书，陈去病的确得到过，并且还作了详细的批校――
1905年农历十一月初九日，陈去病陆续以多种文献如《乾坤正气集》、《张阁学文集》、《先正事略》、《明季南略》等史料校读章太炎排印本《张苍水集》。此为近期新发现之陈去病早年批校本，可补《陈去病年谱》记事之遗漏。此书原分两册，陈去病合订为一册，书内批校甚多，将章太炎排印的错误，也多所校正。笔者近期由上海古籍出版社编审袁啸波先生的介绍，得结交《陈去病全集》主编、陈去病外孙、中国南社研究会副会长张夷先生，特将此书照片呈览，张先生一见，即肯定全书批校皆出自其外祖父陈去病之手。其时并蒙张先生盛情，邀我加入南社研究会。
陈去病不但是革命者，也是大诗人，1905年存诗48首，在年末的诗中，有一首《秋灯》：
光阴纯似转轮车，
落拓江关意未舒。
醇酒苦难排日饮，
秋灯聊复赋闲居。
黄冠独有逃空老，
青史谁来尽信书。
自古沉忧根识字，
十年懊恼注虫鱼。
这正正是1905年陈去病被清廷通缉后避乡闲居，日与抗清史料摩挲，灯下对书校勘，或斟补或正误的写照。虫鱼之学，即“繁琐的考据订正”，今观此批校本，确实堪称“考订繁琐”，陈去病虽不是以考据家名世，但对于与抗清史料有关的文献，实志趣所在，不遗余力。
批校《张苍水集》后，陈去病每遇张苍水忌日，多有诗文凭吊。如《陈去病全集》收录1906年有《九月初七日新安江上观水嬉并为有明尚书苍水张公作周忌》、《张苍水二百二十六周年忌祭文》，1908年又有《用丙午新安江上追悼旧韵》。可见去病于苍水，时时萦怀。