卫生行政许可档案，是卫生行政机关依照法定职能和受理程序，针对特定对象依法制作的、具有法律意义的法律文书的组合。
一、卫生行政许可档案的组成
卫生行政许可档案由四部分组成：档案盒、卷内目录、卫生行政许可资料、卷内备考表。
1、档案盒的填写：
档案盒的盒脊要填写案卷级档号和编号（此为档案形成时，自然形成的编号一般与许可证号相对应）。档案盒的封面应填写：许可证号、许可内容、申请企业的名称（一般都应填写带有地域名的生产企业的名称。例：平泉县道虎沟乡上福泰纺织品有限公司）、地址以及联系电话。
2、卷内目录
卷内目录是卫生行政许可档案案卷材料的索引，相当于一本书中书的目录。卫生行政许可档案根据内部资料的不同分类，分为不同的件，每一件都有自己的顺序号、卷内题名、页号和页数。将这些内容录入档案管理软件。卷内目录在录入完成后，直接打印出来，放在案卷的最前面。
3、卫生行政许可资料
（1）行政许可档案卷内资料的排列顺序：
卫生行政许可中每一类都有需要申请人提交的材料目录，行政许可档案中申请人提交的材料部分，按目录上的排列顺序进行排列。卫生行政许可部门的申批资料的排列顺序为：行政许可文书送达回证、卫生行政许可审批表、准予行政许可决定书、卫生行政许可证。
（2）卫生行政许可资料页码的打印。
卫生行政许可资料的页码正面应打在右上角，背面应打在左上角。卫生行政许可档案有专门的档案装具，用钢钉从后往前打两个孔，将资料插在钢钉上，这样的装订方式使变更、换证等延续资料放在最上面更方便装订。为了解决这一问题，可采用从后往前打页码的方式，这样新增加的资料放在案卷的最上面，但页码是在最后的，这样使档案的条理清楚，简化了整理过程，增加了整理效率。
4、卷内备考表
卷内备考表置于案卷的最后。应填写立卷人、检查人、整理日期、归档日期以及在组卷和案卷提供使用过程中需要说明的问题。
二、卫生行政许可档案的分类
根据许可事项不同，卫生行政许可档案大体分为十类：保健食品类、化妆品类、食品添加剂类、涉水产品类、消毒产品类、放射卫生技术服务机构类、放射诊疗类、建设项目审核类、职业健康检查机构类、职业病诊断机构类。
三、卫生行政许可档案档号的设置
将所有业务档案的代码设为Y，设行政许可档案在所有业务档案中的排位是b，卫生行政许可档案的代码则为Yb
卫生行政许可档案又分为十小类，每一小类用一个顺序号表示，后面是年度，然后是案卷号，每一小类每年大流水排列。
以2014年每一类的第一卷为例，其档号的设置如下：
化妆品类Yb-02-2014-001
食品添加剂类Yb-03-2014-001
涉水产品类Yb-04-2014-001
消毒产品类Yb-05-2014-001
放射卫生技术服务机构类Yb-06-2014-001
放射诊疗类Yb-07-2014-001
建设项目审核类Yb-08-2014-001
职业健康检查机构类Yb-09-2014-001
由于行政许可档案种类多、数量多，行政许可档案大多由不同的档案管理员每人分管其中的几类。按上述方法设置档号，在档案录入的时候不会发生录入交叉，产生混乱。每一个档号与每一本档案相对应，顺序流畅，条理清晰方便归档与查阅。
四、行政许可档案案卷录入界面的设置
1、卫生许可证号：输入核准的卫生许可证号
卫生许可证号输入时要将前面的年度、横杠以及后面的流水号全部输入，不要漏项，这样在档案查找时，能按年度或者流水号分别查找。
2、题名
在题名项输入企业名称。企业名称输入时，要尽量将企业名称输全，不能人为简化，以免给档案查询带来困难。有些中途更名的企业，更换题名后需将原名称保留在题名项内，可将原名用括号括在后面，以避免因为题名不对难以查找的情况发生。
3、保管期限
目前，关于卫生行政许可档案的保管期限，并没有相关规定。根据行政许可档案的性质、特点、企业的实际情况以及档案保管的其它规定综合评定，我们将卫生行政许可档案的保管期限定为30年。
4、案卷分类
这个需要两次选择，第一次从所有的业务档案类别中选出卫生行政许可类，这样案卷级档号就自动对应到Yb这一层。第二次从卫生行政许可类的十个类别中选出正在录入的类别，这样档号就对应到Yb-0n这一层。
归档年度：为档案本身产生的年度。
5、归档日期
6、案卷号
为卫生行政许可档案中每一小类档案的每一年度的流水号
例：行政许可档案中的涉水产品2014年度的第5卷。其案卷号就为005
7、案卷级档号