一、历狱及其平复对康熙时期的影响
在汤若望中风发作之后，对朝廷的工作逐渐力不从心。公元 1665 年三月，杨光先叩阍，进所著摘谬论一篇，摘汤若望新法十谬。所谓十谬，有一条是政治性很强的政治攻击。比如历祚无疆，而汤若望只进二百年历，俱大不合。这是说汤若望断言清朝只剩 200 年历史。由杨光先发难所揭开的康熙历狱，层奏请将汤若望凌迟，因汤年老，得以免死。
杨光先在主持钦天监期间，在主持历法时参考了回历。这或许是导致后来他不能准确预报气候的原因。因为杨光先多次无法正确预报气候，南怀仁才有了平反汤若望的机会。南怀仁最后用政治手段回击了杨光先杨光先依附鳌拜。
历狱平复之后，有能力的传教士们重新得到康熙的重用。这一时间，西方各国都有加派传教士来华。各国传教士以教会为组织，形成了自己的政治势力。在这一时期，传教士的政治势力为康熙统一中国提供了很多帮助。
二、礼仪之争对康熙时期的影响
康熙从铲除鳌拜至平定准格尔，国内矛盾逐渐和平。这一时期社会的经济发展迅速，文化需求日益增高，传教士活动日益频繁。这使得西方各国传教士之间的内部矛盾借由中国传统礼仪与天主教礼仪的争议而爆发了。
这一时期的传教士们在康熙面前已经不再是同一团体了，有耶稣会、多明我会、方济各会等。耶稣会入华早，与本土文化的融合相对融洽。而且他们早已获得清朝政府的官职，拥有了一定的政治权利。这对于其他教会是相当不公平的。同一时期，欧洲各国基本完成了宗教改革。耶稣会在欧洲的特权开始受到其他教会的攻击。一场全面的，反对耶稣会的行动在全球同步展开。这场运动对中国的影响，就是推翻了耶稣会士的提出相对缓和的规则，在中国执行强硬的宗教礼仪改革。为了保证礼仪改革，西方教宗多次派出使者与康熙交流。
西方教宗所派出的使者中，法国人铎罗（Charles-ThomasMaillard De Tournon）是相当著名的人物。他在北京期间受到康熙两次接见，都非常友善。可惜到了南京之后，出于宗教利益原因，直接干预了南京教徒的生活。他颁布了禁止中国礼仪的命令。 这一举动激怒了康熙，铎罗最终被驱逐，死在澳门。尽管这些史实，并未记入清史。
三、传教士参与争储对康熙时期的影响
现在的清史对康熙晚年有讨厌争储的描述。如康熙诏说诸阿哥中，如有钻营谋为皇太子者，即国之贼，法断不容。虽说康熙对争储的行为有惩罚，但也无法禁止这种事情的发展。
传教士们也参与了这种活动。穆敬远就是其中之一。穆敬远结交到了九阿哥胤禟，雍正年间他自称我在允禟处行走，是胤禟的幕僚之一。传教士成为九阿哥的幕僚后，教众必然导向倾九阿哥的一方。穆敬远与镇国公苏努关系非常好。苏努当时担任的是宗人府左宗正一职，是皇家内部管理机构的副手。苏努全家都信奉天主教。
胤禟在政治上支持胤禩，在康熙锁拏胤禩时，为胤禩做了开脱。不久之后，康熙知道了胤禩邀结苏努为党羽的事实，勃然大怒。康熙在晚年不得不提出禁教的政令。
四、总结
在康熙历狱之后，以南怀仁为首的西方传教士再次回归中国的政治舞台。他们目的有二：一是传教；二是参与中国的政治，影响中国政府。在铎罗在南京的行为已经干涉了中国的内政，所以引来康熙的反击。很多传教士都以发展皇帝（或未来皇帝）为崇高理想，这让他们在无法发展康熙入教的情况下打起了储君的主意。参与储位之争，是西方传教士干涉中国内政的鲜明例子。