在20世纪的孔子研究中，冯友兰可谓独树一帜。一是冯友兰一开始走进中国哲学史研究领域就对作为中国文化象征的孔子的历史地位作了充分肯定，成为孔子儒家文化的拥护者;上世纪50年代以后至文化大革命中唯书、唯上式地批孔、反孔;上世纪80年代后又理性地重新尊孔、扬孔。二是冯友兰所创立的融贯中西的新理学不仅是接着宋明理学讲，而且是接着孔子儒家讲。三是冯友兰一生撰写的大量论孔、评孔文章中，既有真心尊孔的学术评价又有违心反孔的政治评判。四是冯友兰在孔子研究中还十分注意讨论孔子研究以及中国哲学史研究的方法论问题。这里，主要就冯友兰一生论孔、评孔所涉及的孔子研究以及中国哲学史研究的方法论问题作一评述，以揭示冯友兰的孔子研究所蕴含的方法论思想及其意义。
一、同情理解之态度与方法
早在五四时期，冯友兰亲眼目睹新文化运动对以孔子为代表的儒家传统文化所作的最严厉批判。冯氏清楚地认识到，自清末以来，孔子的地位一天天低落:以前人们心目中的至圣先师、教主素王，成了教授老儒、碌碌无所建树者。五四时期，新文化运动的代表竟然提出了打倒孔家店的口号。如此看来，孔子是否就完全丧失了他的价值?究竟该如何评价孔子在中国历史上的地位和价值?为此，冯氏写成了《孔子在中国历史中之地位》一文。在冯氏看来，孔子虽然未曾著书，也未曾删正六经(六艺)，但孔子的历史价值自在。对于那种贬孔子为教授老儒、碌碌无所建树之见，冯氏却不以为然。冯氏引据古籍、比较中西，通过客观的、历史的分析，从三个方面确立了孔子在中国历史上的重要地位，即:孔子是中国第一个使学术民众化的、以教育为职业的教授老儒，他开战国游说之风;他创立，至少发扬光大中国之非农非工非商非官僚之士阶级。(二)孔子的行为，与希腊之钾者相仿佛。(三)孔子的行为及其在中国历史上的影响，与苏格拉底的行为及其在西洋史上的影响相仿佛。
二、唯书、唯上与抽象继承法
1949年以后的冯友兰开始学习作为意识形态的马克思主义，并运用阶级观点以及区分唯物论与唯心论、形而上学与辩证法的两个对子来研究中国哲学史、研究和评价孔子的思想。冯氏试图通过批判自己的旧哲学新理学来表明自己追求进步。但是由于他是具有深厚哲学素养的哲学家，并且在解放前已形成了对孔子的基本看法，因此，他在这个时期评论孔子，仍表现出自身的特点。
三、修辞立诚之态度与方法
文化大革命结束以后，经过拨乱反正、肃清左倾思想的影响，特别是1978年以后，社会舆论提倡思想解放，对孔子需要再评价、重新评价、正确评价等等的文章和呼声也随之而起，研究孔子的正常气氛渐渐形成了。这时的冯友兰，老骥伏沥，志在千里，旧邦新命的使命感和责任感，又使他焕发了学术青春，他立志要为古而又新的国家尽其力之所及做一点事，即把中国古典哲学中的有永久价值的东西阐发出来，以作为中国哲学发展的养料同时要克服文化大革命中所犯的哗众取宠的错误，抛弃依傍之辞，运用自己真正的学术之见从事中国哲学史研究。于是他重理旧业，决心再写一部中国哲学通史。重写的《中国哲学史新编》第1册绪论中，冯氏特别强调了哲学的内容是人类精神的反思，哲学的作用是锻炼、发展人的理论思维，丰富和发展人的精神境界这些基本的看法。在涉及具体历史人物(包括哲学家)的评价时，不仅坚持自己的抽象继承法和普遍性形式的思想，而且自觉地在阶级观点之上加一个民族观点。因此，这时的冯友兰在对孔子的研究和评价上，呈现出不同于以往的新特点。结语:真假孔子和政治与学术的区分问题
在中国哲学史研究中，要对历史人物作出科学的、公正的评价，必须坚持实事求是的科学态度，否则，便不能进行真正的中国哲学史研究和历史人物的公允评价。