梁启超说过：“晚清所谓新学家者，殆无一不与佛学有关。”魏源则是与佛结缘更多更深的新学家。
魏源生活在佛风昌盛的时空里。那个年代，佛教的地位和影响，仅次于正统的儒家学说。因康熙、雍正、乾隆等几位清代皇帝热衷于佛，上行下效，朝野佛风浩荡。魏源的故乡湖南隆回也一样，人们把佛挂在嘴上，奉在心上。笔者在魏源故居周边的学堂湾、石山湾、疤恋却甯愎几年计划生育，跟计育对象做工作，他们边听边念阿弥陀佛，工作队员拆他们的房子，他们也在一边念阿弥陀佛。魏源出身于信佛的积善之家，其十世祖振寰公在故乡杨梅冲建了知止庵。道光年间，魏源回乡小住，题庵联曰：“曲通山径开僧舍，静悟禅机写佛径。”到他祖父孝立公时，乐善好施、仗义疏财的家风被弘扬到了极致，不仅建桥修亭少不了孝立公，就连乡亲们遭受的损失，他都主动包揽了。魏源家乡有不少做土漆买卖的，在翻越陡峭的土岭界时，时常人跌漆倒，每每这时，孝立公都给背时倒漆的人以相当金额的捐助。现如今，魏源故乡还流传着“土岭界倒漆，孝立公背时”的俗语。从这些来看，魏源信佛的土壤是“沃尔沃”的。
魏源本身具有学佛的天赋，骨子里有一种空灵、静寂、超凡脱俗的东西。他从小喜欢独处静思。通常，小孩和小狗是天生的玩伴，但是，魏源小时候偶尔从读书楼下来，竟被自家的小狗追着狂吠。他字“默深”，听起来就像一个法号。因为这种个性，既具世俗的经世志向，又抽身倘佯于佛、老境界之中的林则徐、龚自珍等人，都成了他的好友。因为这种个性，魏源写下不少隐寓禅机玄理的诗，如《天台赠僧》：“松下访山僧，言向石梁往。又携寺涧云，往作何峰雨？”包涵着很深的禅机义理。再如《天目山襄云歌》“山中之云寺中僧，僧与白云互主宾。有时山僧下山往，白云与僧作主人。”写的简直就是仙境。
士大夫遁入空门的缘由，香港史学家许冠三概括为三种，一是人生际遇剧变，二是个人仕途不顺，三是国家社会动荡。魏源信佛不仅占全了上述三种因由，而且与当时的文化氛围息息关联。清朝学界，缺少自由开放的学术环境，知识分子倍感压抑和苦闷。有胆识者变法的主张受到旧思想、旧势力的阻碍，外来的西学又因根基不深，难以承担救亡图存的重任。像魏源这样的思想家便将目光转向佛学，欲治儒佛、新学于一炉，构建“不中不西，又中又西”的经世之学。
“野风吹蓬蒿，蒿中瓜庐垣”、“万事信茫茫，生涯n草草”的冷酷现实，也让“不忧一家冷，所忧四海饥”的魏源，发出人生如“梦”的喟叹。他在诗中表现出了这种情绪，如“梦觉小生死，死生大梦觉”、“人寰真似梦，顷刻已千秋”、 “尘梦还前世，虚空透半斑”。既然人生如梦，魏源“扫地焚香坐，心与灰皆冷”，义无反顾地走进空门，去寻求理想的佛国了。
对于出家的因由，魏源自己是这样说的：六根不得清静，是因为六欲侵扰，使人堕落，耗人真性。世俗的生活，使人终身为形骸、妻、子所累，没有多大意思。既然在家的人生如此之难，何不出家学佛，去空门寻求解脱呢？
咸丰四年（1854年），年满花甲的魏源，在曾任职的兴化县正式皈依空门，取法号“菩萨戒弟子魏承贯”，专心修佛，会译出净土第一经《无量寿经》，并将其与《观无量寿经》、《阿弥陀经》、《普贤行愿品》合编为《净土四经》。在每经之前，他分别作叙，并作总叙一篇刻印流通，很受欢迎。同治年间的王荫福居士称赞说：“近世邵阳魏居士……遍考诸译，别为一书，包举纲宗，文辞简当，乃得为是经之冠冕。”当代的赵朴初大师也盛赞此举“为近世佛教重光之始”。
魏源的后裔中有史料证实信佛的还有他的曾孙女魏韬、魏昭姐妹等多人。魏源家人收留的洪秀全元妃，也在魏家削发为尼。
魏源晚年被罢官的原因之一，就是因为魏家收留了洪元妃，有通“匪”之嫌。太平天国失败后，元妃逃到魏源在南京的家中避难，见魏家人心地善良，便说出了自己的身份，并要求削发为尼。魏家拨出三间房子，作为家庵，叫做普渡庵，接受元妃在庵中出家，法号兴义。
因为信佛，魏源视死如归。据他儿子魏耆的记述，咸丰七年（1857年）农历二月的一天，魏源感觉不舒服，便对家人说，在他死了后，不要号哭打搅，让他静静地往生净土，飞往西天。过了十来天，他的病竟然好了。到这个月的最后一天，他洗了一个热水澡，换上干净衣服。三月初一，好友金廉来看望他，两人长谈忘记了时间。谈着谈着，魏源对金廉说：“你去休息吧，我得走了！”然后，自己走进内室凝神静坐，物我两忘地告别了人世。