由于被性侵害幼女案件案发地往往较隐蔽且多发生在两人之间，而幼女的心理还不够成熟，往往出于恐惧和羞耻心理不能较完整准确地叙述被侵害过程，再加上幼女对侵害行为缺乏辨别能力，受侵害人的威胁、诱骗，被害幼女多在事发很长时间后才告诉监护人，这就加大了对此类案件的取证难度，进而加大了追究侵害人刑事责任的难度，以上客观因素直接影响到被害幼女及其监护人采取司法手段保护自己权利的信心。
我国《刑事诉讼法》规定，证据确实充分是刑事案件证据的证明标准。也就是说，定罪量刑的事实应有证据证明；据以定案的证据均应经法定程序查证属实；综合全案的证据，对所认定的事实已经排除合理怀疑。而被性侵害幼女的案件由于取证困难，按照一般的证据规则很难给予侵害人以相应的惩罚。
在儿童遭受性侵害的司法处罚方面，澳大利亚联邦政府对司法程序进行了有力的创新和改革，其中对于证据规则的修订值得我们借鉴。因性侵害幼女案件取证困难，被害人证言对于定罪显然极为重要，为提升此类案件的定罪率，澳大利亚在此类案件中对证据规则进行了修正，即当被害人年龄太小、残疾或者受害极为严重时，法官可在其他辅助证据充分的情况下无需排除合理怀疑即可定罪。
依据国外对儿童性侵害被害人的研究表明，受害幼女被重复询问的次数越多，他们的心理伤害就会越大。但在我国现行的办案模式中，侦查机关工作人员往往穿着制服、开着警车去被害幼女的住处进行调查取证，这种做法往往会使被害幼女及家人遭到无端的议论和猜疑，增加被害幼女及家人的心理负担，不利于保护被害幼女的隐私权。另外，案件的办理要历经侦查、起诉和审判三个诉讼环节，这就使得被害幼女在案件办理过程中承受着不同司法机关工作人员的多次询问，这势必会加重被害幼女的心理伤害。被害幼女无论是在受害的过程中还是受害后都会处于极度的恐惧状态，此时如果处理不当还可能给她造成二次伤害。
笔者认为，大陆立法可以借鉴香港地区在此方面立法的相应做法，针对被性侵害幼女案件设立专门的工作部门进行侦破，对被害人询问的方式和地点应尽量考虑到被害人的感受。例如可以将询问地点选在家中，或者被害人熟悉的其他地方；在调查询问时，询问人员应穿便衣，以交流谈心的方式进行询问；询问的过程中还应注意被害人精神状况的变化，如果被害人精神状况极差继续询问会具有导致其失控的可能性的，应停止询问。如果被害人遭受的侵害方式较为变态，侵害结果较重可以申请询问时有专门的心理辅导人员协助调查，以避免对被害人的二次伤害。同时在询问被害人时，进行全程录像，侦查阶段的录像在审查起诉和审判阶段仍可以使用，避免被害人重复回忆陈述被害情景，减少此种犯罪对被害人的危害。承办此类案件的人员也应经过严格的考核筛选，选择资深干练、温和稳重、学识体系丰富的已婚人士办理。
根据我国现行法律，对于性犯罪给被害幼女人格上、精神上造成的损害，不能给予任何民事救济以抚慰其精神创伤，这种立法与理论研究和司法实践相脱节的现状，是值得法学理论工作者、司法工作者以及立法机关重视的。事实上一些法治建设较为成熟的国家，如德国、美国、英国等均颁布了有关被害人的补偿法律，明确了国家对被害人的补偿责任。这种做法也被联合国《为罪行和滥用权力行为受害者取得公理的基本原则宣言》所确认。在我国的司法实践中，很多案件往往因被告人家庭贫困等原因，使判决书中的附带民事赔偿部分根本无法执行。这就使得被害人无论是从被告人那里还是其他途径都无法获得赔偿，此时，国家应承担起金钱补偿义务。
我国是一个性观念相对保守的国家，因此性犯罪对被害人的伤害更为严重，性犯罪的被害人更易招致偏见和歧视，在侦查、审判的过程中更易遭受二次伤害，甚至于影响她们今后的生活、婚姻，因此更应该对性犯罪被害人采取特别保护措施。幼女又由于其生理和心理的不成熟，对于侵害的承受能力更弱，如果处理不当将会对幼女的一生产生不良的影响。因此，在刑事立法和刑事诉讼程序中加强和完善对被性侵害幼女的特殊保护制度，使她们尽快从被侵害的阴影中解脱出来，有足够的勇气和力量来面对生活已非常迫切。