中国畜牧业经过改革开放30年来的飞速发展，取得了长足的进步和巨大的成就，规模化，集约化、产业化的发展形式越来越快。但是，我国的畜牧业发展到今天，虽然已逐步向规模化、集约化、产业化的方向发展，然而这种大规模的发展模式，只是追求数量和经济利益的最大化，而忽视了产品的绿色环保生态指标。正是这种快速的发展，同时也带来了一些问题，凸显为畜禽
及其产品的绿色环保生态程度不高，市场竞争力弱、国际竞争力不强。造成这种情况固然有多种原因，但最重要的是绿色生态环保程度低，饲养畜禽鱼的绿色环保生态食物链受到不同程度的污染，人类的生存环境受到污染。畜牧业和其他产业一样，有它自身的发展规律，只要我们在发展畜牧业的过程中不断完善，畜牧渔业的发展就会更加科学、更加平稳和谐和可持续性，并促使其沿着符合科学发展观的轨道向前发展。
建造立体、生态种养场，实施人畜分离的养殖新模式
我国目前农村大多数人畜同村的饲养格局已不适应新时期新农村建设的要求。人员居住区和畜禽养殖区没有彻底分离，往往容易造成污染，污染就必定对环境造成破坏。畜禽排泄物造成的污染在有些地方还相当严重。因此，人畜必须分离，人员居住区至少要在3公里以外，这也是彻底治理养殖业污染的科学要求。
实行人畜分离的畜禽饲养发展的新模式，虽然是一项长期、艰巨、复杂的工程，但可以采取两方面的措施：一是行政手段，二是科学养殖的引导。行政手段是政府通过政策，设计、限制和禁止的强制措施来达到人畜分离的目的。目前就我国的国情来说，行政措施强制执行的空间不大，这是因为农民的文化水平和总体素质还不高，而科学养殖的引导就会产生榜样的力量。但是我们在制定新农村建设规划的时候，国家必须强调要求有人畜分离的内容和标准，否则就不符合新农村建设的要求。新农村建设规划必须划定畜禽养殖管理区，也就是另外为畜禽建造新型、科学、实用的立体生态种养场。这种新型种养场的最大特点：一是突出一个种字，在场内大量种植畜禽需要的牧草和蔬菜，作为畜禽鱼的青饲料或部分饲料，除了草食动物以外，其他动物的食用饲料、青饲料都要占到40%甚至50%以上，改变过去以精饲料为主的饲养格局。二是在种养场内设计建造有畜禽排泄物的治污系统，畜禽的排泄物，必须首先经过治污系统才能够再利用，全方位利用循环经济原理经营种养场。绿色环保、立体生态是它最大的特色。在种养场内可以分区，实行既独立又统一的养殖管理模式。种养场形式可大可小，可以是几十亩、几百亩乃至上千亩或几千亩不等，充分展示种养的绿色环保、立体生态格局。种养场的选择、设计和布局，要完全尊重它的地理环境位置和可利用价值。在种养场内饲养畜禽鱼应尽量与大自然和谐结合。如果园与养鸡相结合，池塘与养鱼、养鸭、养鹅相结合，牧草山地与养牛、养羊或其他草食动物相结合。无论何种养殖，都要突出一个“种”字，以种养畜、以种养禽、以种养鱼。
打造绿色环保生态的畜禽食物链
要提高我国畜禽及其产品的绿色环保生态品质、市场和国际竞争力，不但要建造立体生态种养场，还必须要为畜禽鱼打造一条绿色环保生态食物链，保证畜禽鱼能够吃上绿色环保的新鲜饲料。因此，畜禽鱼饲料应走一条以精饲料和青饲料相结合的道路，并以精饲料和青饲料作为养殖畜禽的主要日粮，着力推进畜禽及其产品的绿色环保生态品质的发展。
淘汰“粪便饲料” 有人提倡使用“鸡粪饲料”。即将鸡粪简单处理后，往畜禽饲料中掺入20%左右作为畜禽的日粮，想以此来节约饲料和降低饲养成本。笔者认为这是极不可取的做法。“鸡粪饲料”中所含的毒素和废弃物，一旦进入畜禽的消化系统，在肠胃液体的润化溶解下就变成了一种污染物，这种污染物被吸收后就等于整个机体受到了污染，尽管其量微乎其微，但日积月累、长期使用下去其后果就严重了。
慎重使用动物下脚料 应该说畜禽动物产品的下脚料比起“鸡粪饲料”好得多，但处理不当同样惹“祸”。据西方有关媒体报道，在西方的一些国家发生的疯牛病正是吃了同类没有经过严格处理的下脚料而发生的。因此，笔者建议，动物的下脚料不能直接用作饲料，应将这些下脚料经严格的高温消毒、粉碎后才能进入畜禽的食物链；而且应当分类，交叉使用。如猪的下脚料进入牛羊禽的食物链；牛羊的下脚料进入猪禽兔等动物的食物链。
严禁向畜禽食物链乱投放药物。在饲养畜禽当中，除了治病和驱虫时需要投放药物外，在平时畜禽健康的饲养中无须投放药物，如果乱投放药物，反而使畜禽对药物在机体内所引起的副作用产生应激消耗，不利于畜禽的正常生长和发育。经常在饲养中投放药物，反而使“零疾病”的畜禽机体受到污染，药物还会在畜禽体内形成残留物和产生抗药性，致使畜禽及其产品品质不断下降。即使在治病时需要投放药物的话，也应将病畜（禽）另外隔离，才能实施药物投放，一旦疾病治愈，立即停止投药。
建立确保环境、彻底治污的有效系统
目前，我国的畜禽养殖场，大多数还没有建立治污系统，对畜禽排泄物还没有形成有效的治理手段。有些养猪大户将猪粪随便堆放在猪场门口，让其雨淋日晒，臭气熏天；有些猪场则将猪的粪尿直接用水冲洗，将粪尿推向下水道。这些混有畜禽粪尿的污水随意流淌，造成对环境和人们居住区的极大污染和人体健康的严重威胁。据有关报道，
科技人员在畜禽养殖场排放的污水中，平均每毫升中检测到有33万个大肠杆菌和69万个大肠球菌，每升沉淀池污水中含有高达190多个蛔虫卵和100多个毛首线虫卵。另外粪便的露天堆积使蚊蝇、病原菌和寄生虫在逐臭的过程中大量繁殖，加快了人畜传染和寄生虫病的传播蔓延。因此，可以说任何不经过治污系统处理而排放的畜禽粪便和污水（包括人类排泄物），都是铁定的污染物。任何一个不经有效治理畜禽粪便的养殖场都是一个潜在的污染环境、传播疾病的毒源。
现代化畜牧业一个最重要的标志，就是对畜禽粪便进行有效的治理。任何养殖场不得以任何借口和理由向地面、空间和人员居住区排污排毒。必须要求所有畜禽养殖人员树立和实践循环经济的理念，建立
治污系统，对畜禽排泄物实施行之有效的治理机制。应该说畜禽养殖者、政府、畜牧兽医部门都是治理畜禽污染物的第一责任人。因此，政府、环保和畜牧兽医部门必须使用法律手段和强有力的行政措施，并建立追溯制度。对继续排污排毒的畜禽饲养场所实行坚决的严厉处罚；对已发放绿色认证证书的畜禽养殖场，治理污染不合格的要令其限期改正，如继续排污的要收回绿色认证证书、取消国家补贴等行政处罚。
随着科学技术的不断发展，人类对畜禽排泄物的治理会有更科学的手段。目前可以参考以下方法进行治理。
沼气治理 畜禽粪便排出体外后即进入沼气池，畜禽排泄物在沼气池中经沤制、发酵产生的沼气是廉价的能源物质。沼气的普及使用，大大节约了能源的浪费和消耗。由于今后建立的畜禽养殖场离人员居住区较远，可以发明把多余的沼气收集瓶装，运回居住区使用的方法。畜禽排泄物经沼气沤制和液化以后，臭气和毒素已大大降低，对农作物的危害和环境污染也大大减弱。但为慎重起见，在沼液和液渣使用之前，应用高效低毒的消毒药消毒一次，然后才淋施果菜和农作物，进一步减低使用沼液、废渣所引起疾病传播的可能性。
利用鸡粪发电治污 原理是在鸡粪中掺入米糠或其他干物质，然后将鸡粪作为燃烧能源予以发电，这种治污方法，已有福建圣农养殖公司和武汉凯迪公司成功合作的范例。其发电厂年处理鸡粪30万吨，发电1.68亿千瓦时，经济和生态效益显著，这主要适用于大鸡场。如果不能用于发电的禽粪，也要将其消毒堆积沤制发酵，然后才能用于制作有机肥使用。
原生态养猪新技术治污 我国养猪业占整个畜牧业份额的70%左右，由养猪业造成的污染也是目前最大的畜牧业污染。因此，在发展养猪业中，应全面推广使用“原生态养猪新技术”。这种技术可以解决猪排泄物对环境的污染，且能变废为宝，既提高饲料利用率，还省工省料，提高效益。
在治理畜牧业污染的建设中，除采用上述技术措施外，还应学习推广浙江省的畜牧业生态养殖方法和甘肃省陇原中天循环经济生态园的生态养殖模式经验，以进一步降低污染成本，使治污工程取得更大的成就。
