改革开放以来，我国高等教育取得了突出成绩，同时也面临着新的挑战。站在新的历史起点上，抓住新机遇、应对新挑战，推动高校又好又快发展，创建一流大学，必须深入贯彻落实科学发展观。在实践中，应注意处理好几个关系。
个性与共性的关系。努力突出个性、形成特色，是所有高校发展中的重要任务。强调大学走个性化的特色发展之路，并不是否定大学的共性，而是要在保持共性的同时发挥自身优势。处理好高校发展中个性与共性的关系，对政府而言，既要坚持分类指导，为不同类型高校创造良好的发展环境，又要加强综合协调，促进高水平大学优势互补、共同发展、全面进步;对高校而言，既要立足学校实际，发挥比较优势，选准主攻方向，集中有限资源，在某些方面有所突破，又要在学科建设、教学科研、师资队伍、人才培养等基础环节和运行机制方面学习借鉴世界一流大学共有的先进经验。
继承与创新的关系。继承传统是大学的立校之基，是保证大学持续健康发展的前提。一所不重视自己优良传统的大学，必然缺乏内涵和底蕴。创新是大学发展的动力源泉。只有不断创新，注重培育创新型人才，才能不断激发大学的活力，保持大学蓬勃发展的势头。在新的历史时期，高校发展应善于把握继承和创新的着力点，在继承的基础上创新，在创新的过程中继承。南开大学的“允公允能，日新月异”校训和“爱国、敬业、创新、乐群”传统，是南开人一贯珍视的宝贵财富。新时期以来，南开在继承这些优良传统的基础上，不断赋予其新的时代内涵，使传统赓续如新。
适应社会需求与引领社会发展的关系。从社会需求的角度看，高等教育作为经济社会发展的重要组成部分，具有基础性、先导性作用。高水平大学所拥有的人才优势、技术资源和创新能力，是适应社会需要、服务社会发展的关键性因素。高校应从现实需要出发加强学科建设，着力培养适应经济社会发展需求的各类人才。但是，一所优秀的大学决不应仅仅满足于适应社会需求，还要主动肩负起引导人类文明进步的神圣使命。大学应发挥道德、知识、文化等方面的优势，不断将科学精神和人文精神融入社会，在理论创新、文化繁荣、科学发现等各个领域积极思考、大胆突破，从更高的层次上引导社会向前发展。
自然科学与哲学社会科学的关系。国家的发展固然离不开科技的进步，但如果没有人文精神的滋养，科技进步必然缺乏丰厚底蕴和有力支撑。纵观人类社会的发展和科技进步，积极熔铸人文精神底蕴是其保持旺盛活力的不竭源泉。因此，努力推动自然科学与编辑推荐：哲学社会科学的交叉融合，是新时期综合性大学的重要任务。基础学科与应用学科的关系。如何处理基础学科与应用学科的关系，是高校发展的关键环节之一。高校要为社会培养大批应用型人才，但这并不意味着可以忽视基础学科。没有基础学科的支撑，应用学科就会成为空中楼阁。而且，基础学科发展水平决定着整个国家的科学水平和核心竞争力，直接关系国家科技、文化事业的总体发展。因此，高校应从战略高度来认识二者关系，努力形成基础学科、主干学科、支撑学科和新兴交叉学科相辅相成的学科体系。
硬件建设与软件环境的关系。大学的硬件是指有形的物质资源，强调的是办学条件和基础设施;软件指的是精神文化层面和制度层面的内容，强调的是软环境和软实力。在大学软环境中有三个要素最为突出：一是大学传统，这是大学的历史积淀与特色凝聚;二是大学精神，这是学校在长期文化创造过程中整合提炼并为师生认同的价值观念体系和群体自我意识;三是大学制度，这是指大学运行和管理的载体与依据，既包括对学术与行政权力关系的平衡和规范，也包括引进和培育创新人才的各种机制。对大学发展而言，硬件是基础，是必备条件;软件是理念、制度和氛围，同样是必备条件。因此，必须两手抓、两者都重视,既根据实际情况加强硬件建设，营造更加舒适的大学环境;又努力培育更加浓厚的学术科研氛围，创造充满时代气息的软件环境。
