近日，全国高新技术企业认定管理启动第二批重点检查，企业、认定机构、评审专家及中介机构被纳入重点检查的对象。监管不断趋于严格，假高新税务风险终将持续暴露，通过财务造假拼凑的假高新企业，将面临着各种情形的税务风险。近些年来，越来越多的企业为了攫取巨额税收利益，热衷于搞假高新，置税务风险而不顾。2009年，审计署抽查了享受高新技术企业税收优惠的116户企业，竟有85户不符合条件，占比高达73%。自从审计署2009年公布高新技术企业抽查结果后，财政部、科技部、审计署和国家税务总局等监管部门不断加强了对高新技术企业的检查力度，一大批假高新露出真面目。伪高新的违法行为一旦东窗事发，不但要补缴巨额税款，日后也将无法享受税收优惠，这对企业而言无疑面临着双重打击。
高新企业资质弄虚作假，有偷(骗)税行为的补缴税款加收滞纳金.伪高新、伪软件企业的违法行为一旦东窗事发，不但要补缴巨额税款，日后的税收也将无法享受优惠。例如，东湖高新等公司在不符合高新技术企业条件的情况下，仍享税收优惠，后均被查处，并补缴税款。东湖高新公告称，审计署认定公司2007年不具备高新技术企业认定条件，2008年、2009年高新技术产品收入占销售收入的比例均未达到60%的规定比例，不得享受高新技术企业所得税优惠政策，应补缴已享受优惠的减免的企业所得税税款。基于此，东湖高新已补缴2008年和2009年所得税税款1774.4万元及滞纳金490.27万元。
高新技术企业期满不复审、复审不合格、抽查不合格的，停止享受税收优惠。
高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年,企业应在期满前三个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其高新技术企业资格到期自动失效。高新技术企业复审须提交近三年开展研究开发等技术创新活动的报告，报送资料及程序按照首次认定的相关规定办理,通过复审的高新技术企业资格有效期仍为三年。
经济特区和上海浦东新区内新设高新技术企业，在按照规定享受过渡性税收优惠期间，由于复审或抽查不合格而不再具有高新技术企业资格的，从其不再具有高新技术企业资格年度起，停止享受过渡性税收优惠。以后再次被认定为高新技术企业的，不得继续享受或者重新享受过渡性税收优惠。未办理高新技术企业税收优惠备案的，不得享受税收优惠
认定或复审合格的高新技术企业，可申请享受企业所得税企业，比例不低于4%;最近一年销售收入在20000万元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%。而有些企业取得的知识产权在企业实际经营中很少使用，不具备高新认定管理办法所要求的核心性。在实务中，很多上市公司知识产权与主业关联性不大，有些企业取得的知识产权在企业实际经营中很少使用，不具备高新认定管理办法所要求的核心性，单从数量上来看能够符合高新技术企业的要求，但核心知识产权与业务的关联性不足，会带来很大的风险。近期发生一些上市公司因核心知识产权与主营业务没有相关性而被撤销高新资格。
案例：以下为浙江报喜鸟服饰股份有限公司关于2013年度可能不享受国家高新技术企业所得税优惠政策的公告披露。2013年4月20日,公司董事会在《2012年度报告》中披露：由于母公司经营范围扩大，直营占比持续提高,导致收入规模增长，且研发方向规划将进行较大调整，并经地方相关主管部门税收评估与沟通，公司不再申请2013年享受国家高新技术企业所得税优惠政策。近日，经与当地税务主管部门进行初步沟通，当地税务主管部门认为母公司若2013年度研发费用占总收入占比小于3%，则2013年度不能享受国家高新技术企业所得税优惠政策。
研发费用辅助账未设置或设置不规范的，不得享受加计扣除
2013年12月31日，北京市国、地税务局联合下发的《关于加强高新技术企业研究开发费用税收管理有关问题的公告》明确规定，高新技术企业应设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，按规定对研究开发费用进行辅助核算，没有研发费用辅助账或研发费用辅助账设置不规范的不得享受高新技术企业所得税税收优惠。由此可见，设置研发费用辅助账，用以证明研发费用的真实性和准确性，已经成为高新企业认定及维持的关键要素。因此，新技术企业应设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，否则，不得享受高新技术企业所得税税收优惠。按照规定，企业研发费应独立核算，从原始凭证到记账凭证能够相互佐证。企业要建立规范的研发费用辅助账，在税务等部门检查时方能对研发费用的真实性和准确性进行有力的证明。研发费用归集应符合要求，包括会计科目设置、归集、分配准确;无擅自将非研发费用支出列入研发费用情况;非专门用于研发的设备和房屋的折旧分摊合理;未将对外支付的技术使用费列入研发费用;企业申报跨年度研究开发费用的确认和计量准确，无故意将部分费用集中计入某一年度，以达到高新技术企业认定条件的情形等。
优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，持有关证件及资料到主管税务机关进行备案后，方可按15%的税率进行所得税预缴申报。高新技术企业在进行复审期间，可在其高新技术资格有效期限内暂按15%的税率预缴当年企业所得税。《北京市地方税务局关于印发〈企业所得税减免税备案管理工作规程(试行)〉的通知》中《企业所得税减免税备案管理工作规程(试行)》第六条第一款规定：列入事先备案的减免税项目，纳税人应向税务机关报送相关资料、提请备案，经税务机关登记备案后执行。对需要事先向税务机关备案而未按规定备案的，纳税人不得享受税收优惠。第七条第八款规定，经认定的技术先进型服务企业为事先备案减免税项目。
减免税条件发生变化的，不再符合减税免税条件追缴税款
高新技术企业在实施税收优惠当年，减免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告;不再符合减税、免税条件的，应当依法履行纳税义务.未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。同时，主管税务机关在执行税收优惠政策过程中，发现企业不具备高新技术企业资格的，应提请认定机构进行复核，可暂停企业享受减免税优惠。高新技术企业每两年复审一次，凡经复查达不到高新技术标准的企业，不得继续享受高新技术企业的税收优惠政策高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入60%以下的，无缘享受优惠税率。
高新技术产品(服务)收入是企业通过技术创新、开展研发活动，形成符合《重点领域》要求的产品(服务)收入与技术性收入的总和。技术性收入主要包括以下几个部分：技术转让收入、技术承包收入、技术服务收入、接受委托科研收入。对于未经认定的高新技术产品(服务)收入,不得合并计算在内。高新技术产品(服务)收入比例占企业当年总收入的60% 以上，是高新技术企业认定条件之一;如果企业高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入比例低于这个标准，则无法获得高新技术企业的认定，也不能享受高新技术企业减按15%的税率征收企业所得税的优惠政策。
研发费用低于规定标准的，不能享受企业所得税优惠政策
研发费用不得低于《高新技术企业认定管理办法》所规定的标准，即：1.最近一年销售收入小于5000万元的企业，比例不低于6%;2.最近一年销售收入在5000万元至20000万元的税务运营〉不符合税收规定条件的，已享受优惠的应追缴企业所得税税款。
《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》国税函[2009]203号要求，未取得高新技术企业资格，或虽取得高新技术企业资格但不符合企业所得税法及实施条例，以及本通知有关规定条件的企业，不得享受高新技术企业的优惠;已享受优惠的，应追缴其已减免的企业所得税税款。
特定区域没有单独计算取得所得的，不得享受企业所得税优惠
经济特区和上海浦东新区内新设高新技术企业，同时在经济特区和上海浦东新区以外的地区从事生产经营的，应当单独计算其在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，并合理分摊企业的期间费用;没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。