改革开放以来，在狂热追求经济发展的过程中，我们忽视了对生态环境的关注，长期的投机与侥幸最终导致了无法忍受却又必须面对的环境危机。在雾霾天气逐渐成为我国广大地区常态天气的背景下，环境问题引起了全社会的高度关注，并被上升到国家战略高度，党的十八大提出:面对资源约束趋紧、环境污染严重、生态系统退化的严峻形势，必须树立尊重自然、顺应自然、保护自然的生态文明理念，把生态文明建设放在突出地位，融入经济建设、政治建设、文化建设、社会建设各方面和全过程。党和政府的高度重视将我国环境污染犯罪治理工作提升到一个新的高度，但是环境污染犯罪的生成机制决定了其治理必须遵循一定的规律。疾风骤雨式的治理可以在短期内组织社会资源实现治理目的，但是，由于治理成本高昂以及没有考虑环境污染犯罪的成因，这种治理方式注定难以长久。环境污染犯罪的演变和发展由其基本的犯罪规律所决定，要从根本上治理环境污染，必须选择相对合理的策略进行配合，才能达到最佳的治理效果。
治理主体:政府主导与公众参与的平衡
长期以来，我国基于国家至上和国家权力无限的观念，奉行国家本位模式。其最大特点是行政机关在犯罪治理中居于垄断地位，政府是环境污染犯罪治理的主导力量。犯罪治理的政策主要来自于政府的政策和方针，治理策略也会随着政府政策的变化而变化。而政策往往具有相当的灵活性，这就导致治理具有很大的不确定性。在政府本位的治理模式中，依附于政府政策的法律制定、执行的可预测性和稳定性不能得到保障，同样的犯罪行为随着政策的变化会导致不同的后果。由于治理政策经常变化，导致治理的效果大大降低。另外，国家本位治理模式认为对环境污染犯罪的处理是国家的事情，政府是犯罪治理的直接责任人。在环境形势恶化期间，为了维护政府的权威，树立公信力，政府往往会违背犯罪治理的基本规律，采取专项整治或治理等方式，集中投入司法资源和社会资源对环境污染犯罪进行整治，反而造成社会资源的更多滥用和浪费。
环境污染犯罪的发生涉及诸多因素，其犯罪原因是一个多层次的复杂系统。治理环境污染犯罪必须注意观察与环境污染犯罪的发生有密切联系的各种社会关系，重视对环境污染犯罪原因的控制。由于环境污染犯罪治理所涉技的因素众多，单靠政府无法应对环境污染犯罪发生的诸多因素。因此，治理环境污染犯罪应该是整个社会的共同责任，必须动员整个社会力量。不论是作为社会组织管理者的政府，还是作为社会组成部分的社会团体、组织以及公民个人，都是环境污染犯罪治理的主体。当然，社会公众参与到环境污染犯罪治理并不是否定国家在环境污染犯罪治理中的作用，而是在强调国家的引导作用、明确政府责任的同时，充分发挥社会公众在环境污染犯罪治理中的作用，推动环境污染犯罪治理的主动性。在现代社会，国家并不会主动介入社会生活，传统行政法手段或刑罚手段往往只在发生了危害社会秩序或他人人身财产安全之时才对污染行为加以规制，是一种消极的被动控制。但是，环境污染具有破坏范围广治理恢复困难的特点，这就要求必须在污染之前就进行主动控制。可以说，环境污染的特殊性客观上促使环境污染犯罪治理的革新，这种革新反映了环境污染犯罪治理模式应该是一种以预防为前提的治理模式，转变集中表现在社会公众与政府协同合作。社会公众与政府的协作可以充分调动社会多元力量和运用多种社会控制手段，既重视打击环境污染犯罪，又注重事先预防和控制环境污染犯罪。
公众参与到环境污染犯罪治理中对环境污染进行非政府的控制是环境污染犯罪治理的发展趋势，政府和社会的协同合作应该成为新时期我国治理环境污染犯罪的基本方式。我国推动公众参与环境污染犯罪治理，可从以下几个方面入手:第一，培育公众参与环境污染犯罪治理的意识与热情。公众参与环境污染犯罪治理最根本的问题是如何激发公众参与的意识和热情。在司法实践中，经过参与个案经验的积累，公众参与的意识和热情正逐步提高，但是，从整体上看社会公众参与环境污染犯罪治理的意识和热情还是难以满足环境污染犯罪治理的要求。为了提高社会公众参与的意识和热情，一方面可以发挥媒体的推动作用，特别是在网络化时代，媒体不仅可以提供环境污染犯罪信息、宣传环境污染犯罪的严重后果，从而激发公众参与的热情，也可以为公众参与提供良好的途径和平台;另一方面，政府应采取各种措施鼓励公众参与环境污染犯罪治理，例如，可以通过奖励的方式鼓励公众参与到环境污染犯罪治理中。
第二，建立环境污染犯罪信息公开制度。公众只有在知情的前提下才能参与，知情权是公众有效地参与环境污染犯罪治理的前提与基础。为了保障公众的知情权，必须建立和完善犯罪信息公开制度，可以使公众了解环境污染犯罪的规律、特点，从而提高犯罪治理的有效性。犯罪信息公开也可以引起公众对环境污染犯罪问题的关注，激起强烈的社会舆论，提高公众参与犯罪预防的责任感和自觉性山。因此，应当采取适当的措施，建立环境污染犯罪信息公开制度，为社会公众获取信息提供必要的保障。
第三，完善环境刑事司法制度。在环境刑事诉讼中，可以提高被害人的诉讼地位。环境污染犯罪案件在我国是公诉案件，只有检察机关才有权提起刑事诉讼，对犯罪人进行起诉。但是，环境污染犯罪与其他刑事犯罪的性质显著不同，其侵害的对象具有不特定性，涉及的区域广，危害程度极大，且难以回复。因此，可以赋予被害人在环境刑事诉讼中的自诉权。同时，环境刑事诉讼过程要符合司法民主与公开的要求，将社会公众参与到诉讼过程中，既确保社会公众分享到司法权，又有助于把公众的良知引入刑事司法，使得刑事司法更加接近公众情感，从而激发公众参与环境污染犯罪治理的热情。
治理体制:环境行政执法与刑事司法的衔接
环境违法行为与环境污染犯罪行为的危害程度不同，在性质上并无差异，但危害程度的不同就导致了法律后果和处理机制的迥异。在我国法律体系中，环境违法行为与环境污染犯罪行为在处理机制上具有绝对的区别:环境违法行为由行政机关处理，环境污染犯罪行为由司法机关处理。这种治理体制貌似明确，但是，由于行政执法与刑事司法各自形成封闭的体系，没有形成顺畅的衔接渠道，直接导致对环境领域犯罪行为的追究受阻。
在环境治理领域，行政执法与刑事司法不顺畅的主要原因在于在治理的权力分配不合理，行政权过大，制约了司法权。在司法实践中，公安部门虽然可以独立地对涉嫌环境污染犯罪的案件进行立案侦查。但是，由于环境污染本身的复杂性，无论是对环境污染行为、危害结果的调查，还是对因果关系的认定都不同于其他的刑事案件。由于公安机关对环境污染缺乏专业知识和收集证据的能力，导致公安机关事实上对环境污染犯罪案件材料的来源主要依赖于环保部门的移送。根据《关于环境保护行政主管部门移送涉嫌环境污染犯罪案件的若干规定》，环境保护行政主管部门在查处环境违法行为的过程中，发现有符合移送条件的案件，应当立即指定两名或者两名以上行政执法人员组成专案组专门负责，核实情况后提出移送案件的书面报告，报经本部门正职负责人或者主持工作的负责人审批。决定批准的，向同级公安机关或者人民检察院移送手续;决定不批准的，应当将不予批准的理由记录在案。按照这一规定，环保部门对环境污染案件是否移交司法机关具有重要影响，他可以根据自身的判断来决定对涉嫌环境污染犯罪的案件是否移送给司法机关。从程序看，行政机关对环境污染案件具有较强的筛选功能，完全有可能过滤一些案件，从而导致一些环境污染犯罪行为难以进入到刑事司法程序。事实上，在我国一些社会影响很大的环境污染案件无法进入司法程序，很多都是由于环保部门的不作为所造成的。
在现有的治理体制中，由于行政执法不严，导致刑事司法承担着很大的压力。环境状况的持续恶化促使社会推动刑事司法强势介入到环境污染治理领域，《刑法修正案(八)》对污染环境罪的犯罪构成进行了修改，降低了成罪标准，扩大了法网。刑事司法的强势介入取得了一定的效果，据不完全统计，自最高人民法院、最高人民检察院《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》出台后的半年内，环保部门向公安机关移送了近300起涉嫌环境污染犯罪案件，超过近5年的总和;公安机关已立案侦办247起此类案件，相当于过去10年立案总量。通过刑事司法倒逼环境行政严格执法的方式，尽管在短期内具有一定效果，但是，过分使用刑罚手段也会过度透支司法信用，从而助长不法分子的投机心理。环境污染犯罪治理体制改革的核心问题还是如何解决环境行政执法与刑事司法的衔接问题，从而推动行政机关与司法机关应对环境违法犯罪行为的协调性。
协调环境行政执法与刑事司法关系，可从以下几个方面入手:第一，建立专业的环保警察，即在公安机关内部设立专门的环境污染犯罪追诉机关。目前，国内一些省份已经开始了设置环保警察的尝试，例如河北省于2013年9月18日成立了全国首支环境安全保卫总队。环境警察机构的建立既是用刑事手段保障环境行政执法的权威性和效能，又避免了行政机关与司法机关之间因为立场、角度的不同而产生冲突。
第二，构建环境行政执法与刑事司法一体化的信息平台。环保部门、公安机关、检察机关可以借助电子化办公系统设置联合执法系统，由行政机关与公安机关将各类环境污染案件信息录入系统，在案件线索、行政处罚结果、法律文件、数据规定及案件处理程序上，逐步实现环保部门与公安机关、人民检察院信息联网共享。环境违法信息平台建设既可以强化司法机关对环境行政执法的监督，也可以提高环境行政执法与刑事司法的公开与效率，从而更好实现行政执法与刑事司法的对接。
第三，加强检察机关对环境行政执法的监督。检察机关是我国法定的法律监督机关，可以对环境行政的执法活动进行监督。检察机关的监督可以包括日常监督和专项监督:日常监督是根据信息平台对录入系统的环境污染案件的执法情况进行全程监管，促进环境执法人员严格履行环境监管的职责;专项监督是检察机关定期对环境执法机构的案卷进行抽查、评查，以考虑案件办理是否合法、有效，有无存在该移送而不移送的案件。
治理手段:刑罚与其他治理手段的协调
从国外的经验来看，犯罪治理应当是合理使用多种手段的系统性治理策略，单纯依靠某一因素或某一手段无法达到犯罪控制的预期目的。在我国，政府是环境污染犯罪治理的直接责任人，由于行政手段和刑罚手段具有猛药的作用，短时期内效果比较明显，因此，刑罚手段与行政手段是治理的惯常手段，而其他手段基本不受重视。同时，在当前行政执法与刑事司法不顺畅的法律制度背景下，行政处罚方法与刑罚方法相互脱节，各自为战，未能对环境污染的治理形成应有的合力。刑法理论一般认为，刑法具有谦抑性，只有当其他法律不能调整某种社会关系时，才由刑法予以调整;只有当其他法律不足以抑止某种危害行为时，才由刑法予以处罚。我国刑法对犯罪的规定模式是立法定性又定量的模式，只有行为的社会危害性达到一定程度才能由刑罚制裁。在环境污染犯罪治理中，由于污染行为轻重有别，所以处罚也应该有区别。环境行政法对一般的环境污染行为进行处罚，而刑法对严重的环境污染行为进行处罚。
从技术层面上讲，各个法律各司其职，共同起到治理环境污染犯罪的作用。但是，由于我国行政法观念不发达，特别是行政执法不严的情况下，导致刑法在环境污染犯罪的治理中面临着很大的压力:既要担负防止一般环境污染违法行为发生的任务，又要预防严重环境污染犯罪行为的发生。人们本来希望通过这样的立法模式来缩小刑法介入社会生活的范围，但现实的使命又使得刑法不得不广泛地介入到社会生活之中。刑罚只是犯罪治理的手段乙.，只有其他手段不足以解决社会纠纷之时，刑罚才能介入。正如德国刑法学家李斯特所说的最好的刑事政策就是最好的社会政策，仅靠刑罚手段不足以抑制犯罪。在任何司法体系中刑罚并不是唯一阻止环境污染行为的有效方法。刑罚总是作为不得已的最后使用的方法，并且可以结合其他(行政、金融等)法律规定使用。当一个适度的刑罚和其他法律手段相结合一起使用时，才会发挥有效的作用。
环境污染犯罪治理的手段应该是多元化的，是合理使用法律、行政等手段的系统性治理策略，具体表现为综合运用各种手段，对环境污染犯罪行为给予全方位的阻断。在环境污染犯罪治理中，要使各种治理方法协调，可以从以下几个方面入手:第一，完善环境污染犯罪的刑罚结构。我国环境污染犯罪治理的刑罚手段比较单一，监禁刑与非监禁刑比例失衡。有限的刑罚手段显然难以合理打击犯罪，无法满足惩治环境污染犯罪的需要。尽管在我国《环境保护法》中也规定了一些行政处罚方法，但是，这些行政处罚方法在功能上显然无法与刑罚方法相提并论。除了监禁、罚款等传统的刑事制裁外，应设置既能补偿环境危害，又能去除因破坏环境而获得的经济利益的其他手段，例如责令限期治理、责令补救或恢复环境等。
第二，严格环境行政执法。环境行政执法的乏力不仅影响了环境行政执法的效能，而且使环境污染犯罪过于依赖刑罚手段，反而降低了刑罚预防的效果。严格环境执行执法一方面需要提升行政执法机关的执法能力，另一方面需要加强外部的监督。三，推动社会公众积极参与环境污染犯罪治理。非刑罚手段的使用侧重对污染行为背后的问题、动机和背景情况进行考虑，而对这些因素的考察依赖社会力量。只有社会公众参与到环境污染犯罪的治理中，非刑罚的治理手段才能和刑罚手段相配合有效地制止环境污染犯罪。