1.城市水环境治理存在的问题
1.1城市水环境建设缺乏系统规划
在水污染控制的决策过程中，不能恰当地协调水环境-经济-社会之间的关系，或者对于水环境的功能、效益的认识不足，导致了水环境受到损害；在规划技术上缺乏系统的规划指标。现有的水环境系统规划还没有形成完整的、系统的理论，规划方法和规划指标体系没有体现城市水环境的系统性特点，缺乏可行的技术规范；在规划实施上缺乏规划实施监管技术支持。
1.2自净能力承载不了污染的力度
系统生物多样性指数越大，系统越稳定，系统能量越大，物质流动速度越快，水体的自净能力也就越强，系统的纳污能力越强。如果排入环境中的污染物总量超过水生态系统的自净能力，污染物进入水体后，有机碳被分解成二氧化碳移出系统，而氮、磷等营养盐则被留在系统中，继续参与水生态系统中的物质循环和能量循环。氮、磷等营养盐积累到一定程度后，就会造成藻类大量生长，生态系统失衡，物质循环阻塞，有机物和营养盐积累，最终会导致生态链断裂，水体黑臭。
1.3土地资源短缺引发与河争地
由于城市社会经济的发展，用地紧张矛盾日益突出，与河争地现象严重，全市水域面积骤减．此外，城市的地理位置决定了城市河道断面普遍偏小，且河岸多采用直立浆砌石护岸，坝闸控制水位不高，不仅河道槽蓄量偏少，水环境容量小，也使河流自然属性改变，导致水流缓慢，水体自净能力降低，容易诱发水环境恶化。
2.南宁市城市水环境治理现状
南宁市区内水系发达，邕江与其众多支流及周边水库、池塘，构成了以邕江为主干的庞大水系网络。目前南宁市水环境治理还主要采用清淤、截污、驳岸等市政工程手段。2008年，南宁市城乡环境综合治理工程包括：内河生态环境整治工程和城乡污水处理厂项目两大项目类。2006-2008年，关闭了邕江边上4家年产3.4万吨以下规模的蔗渣造纸厂等措施并举，实现了重污染行业治理设施全面升级、排入邕江等河流的污染物全面下降。2009年，南宁将建设重大工程，将南宁市区内所有湖泊河流连通，南宁将成为水上威尼斯，打造“中国水城”。但是，虽然城市水环境治理取得了不错的成效，南宁市水环境治理还存在着各种问题，比如：治理污水时的二级出水氨氮值偏高；污水治理设施建设滞后；污水处理能力和设备运行负荷水平偏低；一些污水处理厂的处理能力低下，没有充分发挥作用等。
3.南宁市水环境的治理与保护对策
3.1制订科学的城市水务规划
城市水务规划是对城市涉水项目的综合规划，涉及防洪、城建、供水、排水、水环境、航运、旅游、水土保持等方面。根据南宁市城市水务规划的特点，制定如下的水务规划：第一，科学建设南宁市供水水源。在科学合理调配水资源的基础上，应充分论证治污、引水、节水三个方面，提出科学的城市规模意见和工业经济发展产业结构布局导向意见。第三，水域功能规划要明确。城市水域功能涉及蓄水、排水（污）、航运、码头、旅游、休闲等功能，要全面规划，安排好水域与沿岸陆域的各种功能，水域应作为城市发展的一条蓝线严格管理，避免南宁市建设的无序性和重复浪费；并成为城市一道亮丽的风景线。第四，河网水环境要确立。南宁市河网密布，却成天然垃圾场，要把改善河网环境，作为主要规划内容，全面规划，通过治污、整治、引清、控制调度、加强管理等有效的措施，达到改善环境的目的。
3.2建设水景观
水是渗透于城市之中充满灵性的景观要素。要根据南宁市水系格局，充分利用邕江及郁江这一宝贵历史遗产，重点围绕邕江及郁江沿江地带建设风景区、邕江两岸水系生态圈建设以及加强邕江生态景观风貌带建设等方面，依托于水、借助于水来塑造城市的品格，重点打造的“中国水城”总体规划方案为一江，两库，南、北贯城渠，五环，18内河方案。通过建设连通渠，形成五大环城水系，简称五环：灵湖环、相思环、南湖环、凤凰湖环、五象环。这“五环”经过的地方都可以简称成为南宁市的水景观，融合水、自然景物、人文建设、景观社设施的建设的水景观将会成为亮丽的风景线。同时，为了继续改善及修复江水、湖泊生态环境，需要开展一些生态修复和生态净化工程建设。这类措施主要有：入江及入河口净化工程、邕江与郁江区生态湿地建设与恢复、邕江底泥的环保疏浚、邕江水生植物的打捞清除、流域面山水源涵养区的生态保护与恢复、引水调水以增加邕江及入邕江河道的生态补水量等等。
3.3建立城市水环境治理的社会参与机制
城市水环境治理在性质上属于公共事业项目，需要工程技术、管理制度、社会资本三个方面共同支撑、协调发展。因此，南宁市的水环境治理过程中，政府应注重社会资本的建立和利用，加强社会凝聚力，提高民众对政府的信任，培养民众对社会的责任感与参与积极性，从而为生态与社会的和谐发展奠定良好的群众基础。把流经南宁市区的河流作为一个整体的系统来看待，不人为分割其有机联系，维持河流之间的连通与循环，保证水的流动性。把河流治理看作是一项生命工程，河流健康与否是河流治理的终极目标。一条健康的河流包含着多样性的生态系统，如水生植物、动物、微生物等，相互构成完整的食物链，彼此间维持着良好的平衡。