国家审计署曾多次强调过国家审计免疫系统理论：审计是国家政治制度的重要组成部分，审计就是国家经济社会运行的免疫系统，是民主法治社会的良性产物，也是推进民主法制社会的工具。这一观点将国家审计新的内涵予以阐明，也使得审计工作的外延得以拓展，具有很强的实践性和可操作性。认真领会和努力探索审计免疫系统论的实践价值，可进一步促进审计事业的健康发展。随着高校内部管理体制的不断改革及经济责任的日益明确，使高校内审工作面临着新任务。保障教育投入和教育资源的合理利用及高校内部经济活动健康、有序地开展，最大限度地提高资金的使用率，更好地发挥其免疫功能，使高校内部审计最大限度地为高校的教育教学服务，是当前高校内部审计工作的首要任务。
高校内部审计是高校内部审计机构和审计人员，根据学校内部管理的需求，依照国家法律法规和人们认知方面的一些标准，对其所属的单位的财务收支以及经济活动进行独立的审查、考量、分析和评价，确认其履行经济责任及配置、管理、使用学校资源的经济性、效益性和效果性，明确相关经济责任，做出审计结论，并对相关部门和单位提出相应的改进意见，使管理更加富有科学性，以便提高学校资金使用效益。高校内部审计是一种有效的监控活动，其重点是监控高校资金使用的经济性、效果性和效率性，在绩效评价的基础上挖掘高校未被利用的经济潜力，以实现产出大于投入的目的，从而协助提高高校的办学水平和资金的使用率。
高校内部审计的目标表现在：在投入方面，表现为资金使用方面的节约情况，利用物质资源、恰当配备教师及管理人员的情况;在管理方面，表现为机构设置科学性程度，办学机制的灵活性程度，管理手段的先进性程度;在效果方面，表现为培养出的人才的数量和质量如何。所以高校内部审计最根本的目的就是对学校有限资源的利用效果进行评价，进而促进资源的科学化管理，更好地履行其经济责任，协助寻找管理方面的漏洞，防止造成没有必要的损失和浪费，进一步挖掘高校的工作潜力，以便更加充分的利用高等教育资源，提高教育经费的使用质量，提高经济效益，实现高等教育资源的合理配置，间接协助高校提高办学水平和管理水平。
有些高等学校由于资产内部控制制度的不健全及执行不力，往往缺乏对那些容易接近或经常接近资产的部门、人员的有效监督，导致盗窃、挪用、贪污资产等行为时有发生，造成国有资产的大量流失和浪费，因为资产都具有一定的价值和变现能力。建立内部审计机制，近年来一些高校发生了不少干部违法违纪事件，经济案件也多有牵连。这当然与机制和体制、制度等有关，但也与管理监督弱化及高校内部审计工作不到位有关。加强高校内部审计工作力度，坚持标本兼治、综合治理、惩防并举、注重预防的方针，可以从高校经费的管理，资金的筹集到具体项目的组织实施进行全过程、全方位的监控，保证高校资产的安全性和完整性。通过建设工程跟踪审计、财务收支审计、经济责任审计、专项审计、绩效审计等工作，建立健全制度与监督并重的惩治和预防腐败的体系，才能有效地从源头上预防和治理高校腐败事件的发生，真正把高校内部审计的免疫功能发挥到应有的极致。
高校内部审计在构建和谐民主的校园文化、倡导高校民主政治氛围方面功不可没。随着高校民主政治进程的不断加强和推进，广大教职员工越来越希望对学校事务拥有知情权、监督权和参与权。高校内部审计依法通过对本校会计资料及资产等项目的检查与审核，从财政收支和财务收支的合法性和真实性、效益性等方面对学校事务进行监督，审核干部经济责任履行情况，检查高校目标实现情况，合理评价高校办学的社会效益和经济效益，有力调动教职员工参与管理的主动性和积极性。高等学校通过强化内部审计工作，架起了领导与广大教职工沟通的桥梁，建立了良好的干群关系，使高校能够迈上在诚信、和谐的气氛中健康发展的快车道。
目前，我国高等学校内部审计机构的设置主要有两种类型，一是与纪检、监察合署办公;二是设立独立的审计机构。部分高校将纪检、监察、审计合署办公，使审计工作的独立性受到较大的影响。另外由于大部分合署办公的部门负责人不太熟悉审计业务，不利于其领导并组织本单位的内部审计工作，不利于其履行内部审计计划的拟定上报、项目计划的审批、项目实施的督导、审计报告的签发和审计质量的控制与检查等职责。高校内部审计受到本单位行政领导的干预和监督，影响到其独立性乏多方面的原因，高校内部审计工作目前主要仅限于预算、决算项目的常规性、强制性审计等等。在对日益发展壮大的高校进行全方位、全过程的监督方面这类审计很难做到，特别是基建投资项目投入资金量大、建设周期长，若资金使用不当、管理不严，监督缺位或监督流于形式，都极易成为腐败滋生和蔓延的土壤。对基建项目的审计长期以来基本上是事后的审计监督方式，这样的监督往往是找到了管理漏洞，但问题已无法纠正，正可谓亡羊补牢，为时晚矣，虽然查出了损失浪费，但损失已难以挽回。随着高校内部体制改革的逐渐深化，高校内部审计思路狭窄的弊端日益突出，亡羊补牢固然需要，但防患于未然则显得尤为迫切。
近年来各高校发生的违纪违法案件，都或多或少与本单位内部控制的范围不全面、内部控制执行弱化、监督制约机制不健全等等有关，未能达到国家规定的内部控制的要求。主要表现：一是内部控制范围不全面。有些高校往往强调对财政性资金的内部控制，反而弱化对预算外资金的内部控制;部分高校未将二级单位财务和校内结算中心纳入内部控制的内容，控制不严、监督不力;二是内部控制的内容不全面。如有些高校未建立决策机制等内部控制制度和重大建设和投资项目论证，导致对外投资决策频频失误，造成资产方面的损失;三是内部控制执行不力。有些学校尽管建立了内部控制制度，但这种制度形同虚设，未能发挥好监督约束的功用。
高等院校审计中存在的问题是不容忽视的，高校的审计工作应该紧紧围绕高校健康有序发展这一工作重心，充分发挥其免疫作用和预防、提示功能。坚持以促进学校发展为中心，以人为本，把关心和维护好学生的利益为出发点，真正把高校内部审计的免疫功能发挥出来，把抵御风险的作用体现出来。坚决纠正侵占学生利益的违规行为，切实维护好高校内部环境的安全。
高校内部审计作为保障学校经济健康运行的免疫系统，是高校内部管理的重要组成部分，在高校内部管理中具有不可替代的重要作用，是对经济管理活动和一般行政监督管理的再监督，能够及时发现倾向性、苗头性问题，提前起到预警的作用，是保证高校整体工作健康、安全发展的重要部门。正确认识内部审计的重要地位，有助于激发高校的各级领导对内部审计工作的思考，促使其对内部审计工作重要性进行深层次的再认识，最终对内部审计工作予以重新定位，从而有助于内部审计工作地位的最终提高，切实将高校内部审计的免疫功能和作用发挥出来。
当前高等学校内部审计实现转型的一个有效渠道是积极开展以提高办学效率、效益和效果为目的的管理审计和效益审计。现阶段高校内部审计人员应围绕学校办学目标，以增加资金的使用价值为重要取向，在财务工程审计、收支审计、专项以及审计经济责任审计等方面下大功夫，结合高校改革和发展过程中的重点、难点和热点问题，从校办企业改制、基本建设投资、后勤服务资金运作、经营性校产管理等方面入手，开展效益审计，维护学校的经济利益，协助学校提高办学实力。对重点建设经费、科研项目经费等有效性开展管理审计，引导资金的规范管理。
目前，高等学校内部存在管理松散、控制措施缺位的现象，高校健康、良性发展潜在的风险依然存在。高校内部审计部门可以借助熟悉学校各类业务和管理环节等优势，选择投融资管理、招投标管理、采购管理、财务管理、设备管理、校办企业管理等业务管理工作为工作重心，检查规章制度的建立健全情况，查找制度缺陷，强化制度执行，分析风险成因和潜在危害，切实协助学校管理层提高防范风险的能力。
审计是经济社会运行的保障，维护国家安全、保障国家利益是国家审计永恒的主题。高校内部审计部门要充分发挥预防、揭露和查处等免疫功能，保证高校资金使用的安全性，维护高校的经济利益。应该认真查处、解决可能存在的不安全因素和苗头，把危险和矛盾消灭在萌芽状态中，确保高校的安全稳定，真正将审计免疫系统的特点和作用发挥好。高校内部审计工作是高校强化内部管理的重要手段，内部审计只有立足于学校的改革和发展这一需要，以提高经费使用效益为目的，努力提高审计工作的质量和效果，才能发挥有效作用，高校内部审计的免疫功能才能真正落到实处。