当前生物技术包含了新兴生物技术以及传统生物技术。传统生物技术是通过使用细胞工程、基因工程乃至人工改造生物等方式完成物质生产及新兴技术的处理。现代生物技术在环境保护中的应用，显著提升了环境治理的能力，对环保技术的推广十分有利。
1 我国自然环境中的问题
随着经济的不断好转，我国在工业生产中投放了较大的人力及财力，令我国经济迅速增长。不论通过工业生产还是居民消费能力，均获得了显著的成效，可是这些发展严重影响了自然环境。在解放初期，工业能力十分落后，运用的机械设备较为落后，技术水准也无法与发达国家持平，我国工业生产均为高能耗生产方式，大量的生产耗费了我国的自然资源，在发展当中，技术能力逐步追上发达国家的脚步，可是保护自然环境的意识依旧未在百姓心中根深蒂固，经济发展依旧在原本方式中进行，不论作为工业生产还是农业生产，均会严重影响到环境，在遭受人为破坏后，诸多特有的稀有资源均会枯竭，自然环境让人们逐渐意识到，无节制的开发以及破坏会对社会的发展节奏造成影响。所以我国开始执行可持续发展的战略目标，把经济发展以及环境保护相融合，实现共同发展，在确保资源的前提下，强化治理环境污染工作，且寻求出可以替代的能源，确保人类所依赖的环境变成社会长期发展的保障[1]。
2 生物工程技术的特点
我国当前的环境污染状况因为历史遗留问题诸多，并且现代化生产以及生活排放量较大，令环境保护治理工作难上加难。现代化生物工程发展为环境保护工作给予了全新的路径，也因为近些年生物工程技术在环境污染治理中获得了诸多成绩令其收到了重视。生物工程技术透过运用生物制剂把污染物从环境内进行分解和清除，在这一过程里不具备二次污染，并且获得良好的处理，其应用价值十分重要。通过环境系统分析，生物工程技术引用的生物制剂，对环境造成了一定的影响，透过对总体生态环境失衡的协调，令环境获得保护，所以环保功效十分明显。生物工程技术十分灵活，可以依照各种污染物的特征，融合基因工程的先进技术有目的地进行治理，而且从实践中完成可持续发展的保护，逐步在环境保护以及污染治理中展现出良好的优势。
3 生物工程技术在环境保护中的应用
3.1 生物技术在水处理中的应用
生物技术可以改善水体质量，并且能够进一步治理水源的污染。在改善水体质量方面，大量运用了生物技术。污水内具有诸多有毒成分，其中具有较多复杂的物质。运用微生物本身的新陈代谢等方式，可以把水体内的一些有毒物质排除，以此令水体内的有害物质变成无毒物质，令水体获得净化。固体化酶技术则成为运用最为普遍的一种污水处理技术，大多透过物理或化学等方法将水溶性酶与固态不溶性载体相融合，以此把酶变成无法溶于水却依旧具有催化活性的衍生物，以此有效处理污水内的有机污染物。
3.2 生物技术在废气净化中的应用
生物技术已经长期使用在水环境治理当中，可是在废气治理中时间较短，研究也十分有限。在20世纪80年代末，生物技术在工业废气净化中的运用已经变成诸多学者分析的重要所在。目前较为成熟的废气生物处理方法与传统处理方法对比，具有诸多优点。
3.3 生物技术在固废处理中的应用
固废指的是城市中的生活垃圾、污泥乃至工农业的生产废物等。通过生物技术，可以把固体废弃物通过无害化、资源化、减量化进行解决，以便令其可以用在农业生产当中，以此真正变成以废为宝。通常生活垃圾堆肥工艺能够分成好养堆肥以及厌氧堆肥两种，而当前最为推崇的则为高温好氧堆肥工艺。透过高温好氧堆肥工艺获得的腐熟肥料可以将土壤进一步改良，提升肥效，令城市生活垃圾资源化，最终保护环境。
3.4 生物技术在土壤污染治理中的应用
在治理土壤污染时，生物技术大多使用在修复重金属污染当中，也就是通过微生物乃至植物的作用，净化和消减土壤内的重金属，从而减少毒性。透过生物作用，将土壤内的重金属变成化学形态，以此令重金属固定或降解，透过生物吸附的方式，提升有机质的含量，令生态结构获得改善，从而对土壤的固定尤为有利，以免水土流失。
4 生物技术在环境保护中的前景
4.1 微生物脱硫技术的研发
煤在燃烧时会排除诸多有毒气体SO2，对空气造成污染。假如通过微生物将煤中的无机硫以及有机硫脱去，则能够良好控制煤在燃烧时排放有害气体。日本已经透过运用氧化亚铁硫杆菌将H2S脱除，并且脱除率为99.99%。在处理燃煤時，可以把微生物脱硫技术以及浮选工艺相融合而完成煤与黄铁矿的分离，实现清除或减少燃煤排放SO2。并且，微生物还能够使用在石油的脱硫当中。微生物脱硫技术和高活性脱硫菌种的研发及培育，结合清洁技术的分析将会备受瞩目，并且也会变成处理原煤燃烧产生SO2污染的最佳方式[2]。
4.2 其他技术开发
（1）水污染治理工艺需要持续完善。好氧及厌氧工艺相融合、无公害化的生产工艺过程乃至特殊功能的微生物培养分析等层面成为未来需要努力的方面。
（2）研发难降解污染物处理技术。医疗废物、橡胶制品以及塑料等一些均为难降解的污染物，研发这些技术成为当前生物技术发展的一个主要方面。
（3）生物传感器的研制。生物传感器能够自动执行连续监测，分析环境污染的发展形势，探寻环境内的污染物变迁乃至降解规律，查询出污染物突变的原因，了解污染物的来源，以此令环境检测更为灵敏、便利。
（4）与其他技术的结合。生物技术的发展无法脱离科学技术，与其他相应科学技术的融合能够提升处理的效果，提高处理的效率。
5 结语
生物工程技术在环境保护中的应用，显著提升了环境的治理能力，提升了环境保护，减少了环境污染。在生物工程技术的深入下，生物工程技术会愈发醇熟，在环境保护中的应用也会愈发普遍，必定会加快城市的健康化发展。
