在市场经济体制下，卫生系统的会计工作只是静态反映单位的经济活动，被动执行国家的法规政策，其职能具有明显的局限性。
随着医疗卫生体制改革的深入，特别是医疗保险制度的逐步完善，卫生机构面临优胜劣汰的市场选择，这就要求卫生事业机构必须从管理体制、内部运行机制等方面，进行深入全面的改革。在改革中特别是要加强医院财务管理，规范医院的财务行为，以促进医疗卫生事业的健康发展。
一、强化市场观念，树立现代化的财务管理意识。随着卫生行业竞争的日趋激烈，作为医院管理队伍重要组成部分的财务管理者，必须具有创新精神，掌握现代化经济管理方法，如利用投入产出分析、量本利分析、技术经济分析等，采用经济预测、可行性研究和综合效益评价等技术方法，精心理财，提高卫生会计的科学管理水平。
二、加强财务管理，提高现有资金的使用效益。财会人员要改变把钱管好、万事大吉的传统做法。在严格按照资金管理的各项规章制度基础上，选择灵活的资金使用方法，充分利用现代化管理手段，加速各项资金运转速度，保持资金的良性循环，对重大的开支项目要算好帐，在合理调度资金的基础上，对各项资金实行定额管理，防止呆帐、坏帐和资金沉淀，盘活资金存量。同时，做好流动资金的分析和信息反馈，树立资金效率意识，采用科学的结算方式，办理资金结算业务，管好、用好手中的资金，使有限的资金充分利用起来，达到保值、增值的目的。
三、加强收入与支出管理，积极拓宽收入领域，严格控制支出范围。医院收入包括财政补助收入、上级补助收入、医疗收入、药品收入和其他收入。在收入管理中应从以下几方面加强管理：
1、严格执行国家规定的收费标准，使用财政部门统一监制的收费票据。
2、医院的收入要全部入帐，任何部门或个人不得私设小金库，必须纳入统一的核算体系。
3、医院收入原则上当日收入当日结算，使收入的资金置于安全管理之下，任何人不得以任何借口将公款挪作他用。
4、拓宽收入的范围，积极开展各项创收活动。如开展便民门诊、家庭护理等一系列活动。医院支出包括医疗支出、药品支出、其他支出和财政专项支出四项。
支出管理中应从以下几方面加强管理：
1、严格执行财务规章制度，维护财经纪律，严格执行批准的支出预算。
2、节约支出、严把支出报销关。医院按照国家规定的财政、财务制度和开支标准及开支范围，由财务人员对单据、凭证进行初审，对不合格的单据、凭证及时提醒院领导拒签。对办公费、业务费、专项资金和其他零星开支，实行分管院长审批制度，不经批准的一律不准报销。
3、严格管理程序，建立有效的制约机制。总之，财务人员必须树立统收统支的观念，实行收支两条线，分别核算，分别管理，同时坚持总量控制、结构调整的方针政策，努力提高医疗收入的比例，降低药品收入的比例，逐步改变以药养医的现象。
