在市场经济体制下，卫生系统的会计工作只是静态反映单位的经济活动，被动执行国家的法规政策，其职能具有明显的局限性，详细内容请看下文加强财务管理。
随着医疗卫生体制改革的深入，特别是医疗保险制度的逐步完善，卫生机构面临优胜劣汰的市场选择，这就要求卫生事业机构必须从管理体制、内部运行机制等方面，进行深入全面的改革。
一、强化市场观念，树立现代化的财务管理意识。
随着卫生行业竞争的日趋激烈，作为医院管理队伍重要组成部分的财务管理者，必须具有创新精神，掌握现代化经济管理方法，如利用投入产出分析、量本利分析、技术经济分析等，采用经济预测、可行性研究和综合效益评价等技术方法，精心理财，提高卫生会计的科学管理水平。
二、加强财务管理，提高现有资金的使用效益。
财会人员要改变把钱管好、万事大吉的传统做法。在严格按照资金管理的各项规章制度基础上，选择灵活的资金使用方法，充分利用现代化管理手段，加速各项资金运转速度，保持资金的良性循环，对重大的开支项目要算好帐，在合理调度资金的基础上，对各项资金实行定额管理，防止呆帐、坏帐和资金沉淀，盘活资金存量。同时，做好流动资金的分析和信息反馈，树立资金效率意识，采用科学的结算方式，办理资金结算业务，管好、用好手中的资金，使有限的资金充分利用起来，达到保值、增值的目的。
