这次修改涉及的内容比较多，不仅涉及法律、法规和规章三个层面，而且涉及商标注册、管理和保护中实体和程序两方面的内容。其中主要有以下一些内容：
一、放开了权利主体
原《商标法》规定外国的自然人和法人可以在我国申请商标注册，但我国自然人除个体工商户外，均不能申请注册商标。现《商标法》第四条第一款、第二款规定：“自然人、法人或者其他组织对其生产、制造、加工、拣选或者经销的商品，需要取得商标专用权的，应当向商标局申请商品商标注册。”“自然人、法人或者其他组织对其提供的服务项目，需要取得商标专用权的，应当向商标局申请服务商标注册。”增加了我国自然人申请商标注册的规定。这一规定，意义重大，因为它使我国商标专用权的潜在主体一下子扩大了许多，使我国的商标申请具有了更加广阔深厚的源泉。
二、扩大了保护客体
原《商标法》第七条将商标构成要素限定于文字、图形及其组合。现《商标法》第八条规定：“任何能够将自然人、法人或者其他组织的商品与他人的商品区别开的可视性标志，包括文字、图形、字母、数字、三维标志和颜色组合，以及上述要素的组合，均可以作为商标申请注册。”将立体商标和颜色组合商标也纳入了我国《商标法》保护的客体范围。从而扩大了我国《商标法》的保护范围。这与世界贸易组织《与贸易有关的知识产权协议》（以下简称TRIPS）第十五条的规定是一致的。随着我国经济的进一步发展，我国对商标的保护范围还会逐步扩大。
三、完善了注册程序
（一）完善了商标注册禁用条款的内容
商标不予注册的理由包括绝对理由和相对理由。绝对理由是商标自身不能作为商标注册的情形，相对理由包括缺乏显著性，但经过使用获得显著性后，可以作为商标注册的情形，以及相对于他人商标权有冲突，不能作为商标注册的情形。原《商标法》第八条实际上没有区分这两种情形。现《商标法》对此进行了完善，将第十条规定为不予注册的绝对理由，并增加了不得将官方标志、检验印记作为商标注册等内容。为保护官方标志和检验印记等标志提供了法律依据。将缺乏自身显著性规定为第十一条，与原《商标法》相比，该条在“本商品的通用名称、图形、型号”前加了“仅有”的限定，在“直接表示商品的质量、主要原料、功能、用途、重量、数量及其他特点”前加了“仅仅”的限定，同时将缺乏显著特征的情形也作了规定。对这三种情形，如果经过使用取得了显著特征，并便于识别的，就可以作为商标注册。这与《保护工业产权巴黎公约》（以下简称《巴黎公约》）等国际条约的规定一致。
此外，《商标法实施条例》第四十九条规定：“注册商标中含有的本商品的通用名称、图形、型号，或者直接表示商品的质量、主要原料、功能、用途、重量、数量及其他特点，或者含有地名，注册商标专用权人无权禁止他人正当使用。”这表明现《商标法》虽然不禁止商标中含有商品的通用名称等内容，但并没有赋予商标注册人对这些内容的专有权。这是因为作为一项法律赋予的权利，商标专用权和专利权、著作权等知识产权一样，并不是一项可以不受任何限制的权利，也存在合理使用问题，即法律规定在某些情况下，商标专用权人无权制止他人的合理使用，以平衡权利人和其他人之间的权利和义务。
（二）增加了保护在先权利和不得抢注他人商标的规定
在有关民事权利之间发生冲突的时候，保护在先权利是一项基本原则。对商标专用权而言，在先权利不仅包括他人在先的商标专用权和在先申请权，也包括他人在先的著作权、外观设计专利权、商号权、姓名权等民事权利。关于申请注册的商标与他人在先的权利发生冲突如何处理的问题，原《商标法》没有规定得这样清楚。另外，抢注他人商标的现象，也一直是广大公众关注的热点问题。在现《商标法》第三十一条中就解决这两个问题做出专门规定：“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。”这一规定为解决这两个问题提供了法律依据。
（三）增加了部分驳回的规定
申请人申请将一个商标注册在同种类商品中几个商品上使用，存在着在部分商品上可以核准注册，在部分商品上不能核准注册的情况。原《商标法实施细则》对此没有作出规定，但在马德里国际注册程序以及其他大部分国家的商标注册程序中，部分驳回是一种重要的驳回方式，且已经被实践证明是合理的、经济的，受到申请人的欢迎。根据我国商标注册实践的需要，《商标法实施条例》第二十一条规定：“商标局对受理的商标注册申请，依照商标法及本条例的有关规定进行审查，对符合规定的或者在部分指定商品上使用商标的注册申请符合规定的，予以初步审定，并予以公告；对不符合规定或者在部分指定商品上使用商标的注册申请不符合规定的，予以驳回或者驳回在部分指定商品上使用商标的注册申请，书面通知申请人并说明理由。”同时，这条规定删去了《商标法实施细则》规定的审查意见书制度，使商标审查更加快捷。
（四）完善了注册商标的撤销程序
原《商标法》第二十七条关于撤销商标注册的规定，没有区分违反禁用条款的撤销和与他人在先权利冲突等情形的撤销，也没有对当事人申请撤销的时限做出规定。现《商标法》第四十一条对此进行了完善，规定：
“已经注册的商标，违反本法第十条、第十一条、第十二条规定的，或者是以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的，由商标局撤销该注册商标；其他单位或者个人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。
已经注册的商标，违反本法第十三条、第十五条、第十六条、第三十一条规定的，自商标注册之日起五年内，商标所有人或者利害关系人可以请求商标评审委员会裁定撤销该注册商标。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。
除前两款规定的情形外，对已经注册的商标有争议的，可以自该商标经核准注册之日起五年内，向商标评审委员会申请裁定。“进一步完善了注册商标的撤销程序。
（五）加强了司法监督
原《商标法》规定商标评审委员会作出的决定、裁定为终局的决定、裁定。当事人不能就商标评审委员会作出的决定、裁定向人民法院起诉。现《商标法》对原《商标法》的规定作了修改，规定当事人对商标评审委员会的决定或者裁定不服的，可以自收到通知之日起三十日内向人民法院起诉。将商标确权案件的终局决定权赋予了人民法院。这样修改，也符合TRIPS第六十二条的规定，即有关获得和维持知识产权的程序中作出的终局行政决定，均应接受司法或者准司法当局的审查。
四、加强了商标使用的管理
关于商标使用中的违法行为，原《商标法》第三十一条、第三十三条和第三十四条作出了规定。现《商标法》对此基本未作修改。其第四十五条规定： “使用注册商标，其商品粗制滥造，以次充好，欺骗消费者的，由各级工商行政管理部门分别不同情况，责令限期改正，并可以予以通报或者处以罚款，或者由商标局撤销其注册商标。”第四十七条规定：“违反本法第六条规定的，由地方工商行政管理部门责令限期申请注册，可以并处罚款。”第四十八条规定：“使用未注册商标，有下列行为之一的，由地方工商行政管理部门予以制止。限期改正，并可以予以通报或者处以罚款：
（一）冒充注册商标的；
（二）违反本法第十条规定的；
（三）粗制滥造，以次充好，欺骗消费者的。“
这些规定，规范了商标使用行为，规定了工商行政管理部门可以对商标违法使用行为处以罚款，但没有规定具体罚款的额度。因此，《商标法实施条例》第四十二条规定：“依照商标法第四十五条、第四十八条的规定处以罚款的数额为非法经营额20%以下或者非法获利2倍以下。依照商标法第四十七条的规定处以罚款的数额为非法经营额10%以下”。使工商行政管理部门对商标违法使用行为处以罚款时的法律依据更加充分。
五、强化了商标专用权的保护力度
（一）完善了对商标侵权行为的界定
1、完善了关于销售者侵权责任的规定
原《商标法》第三十八条对商标侵权行为作了界定。作为补充，《商标法实施细则》第四十一条对该条第（4）项作了解释，基本上包括了各种损害商标专用权的行为。但是，原《商标法》第三十八条第（2）项及《商标法实施细则》第四十一条第（1）项中有关“明知”、“应知”的限制性规定给执法工作带来了很大困难，使一些侵权行为逃避了法律的惩处。现《商标法》第五十二条第（二）项规定“销售侵犯注册商标专用权的商品”的行为，也属侵犯注册商标专用权的行为，删去了原《商标法》和《商标法实施细则》关于“明知”、“应知”的规定，完善了商标侵权行为的规定。同时，由于销售者，特别是一些经营规模很大的销售者，不可能对其销售的商品是否侵犯他人的商标专用权都一一清楚，如果让其承担所有侵权行为的赔偿责任，将不利于销售业的正常发展。现《商标法》第五十六条第二款规定：“销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得的并说明提供者的，不承担赔偿责任。”对不能证明的，则仍然应当承担赔偿责任。
2、增加了“反向假冒”侵权的规定
反向假冒是指未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的行为。反向假冒行为的定性问题曾在我国引起广泛的争论，有的观点认为反向假冒行为是一种侵犯商标专用权的行为，有的观点则对此持否定态度。原《商标法》对此未作规定。
现《商标法》第五十二条第（四）项规定：“未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的行为”，也是一种侵犯注册商标专用权的行为，从而为我们今后处理反向假冒行为提供了法律依据。
（二）加大了工商行政管理机关对商标侵权行为的行政处罚力度
原《商标法》第三十九条规定了对侵犯商标专用权的行政处罚，包括责令停止侵权行为、罚款。现《商标法》第五十三条对商标侵权行为的行政处罚进行了完善，规定：“有本法第五十二条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部们处理。工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为。没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。当事人对处理决定不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的工商行政管理部门根据当事人的请求，可以就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。”这样修改，也符合TRIPS第四十六条的规定，即为了对侵权活动造成有效威慑，司法当局有权在不进行任何补偿的情况下，将已经发现正处于侵权状态的商品排除出商业渠道、予以销毁。
这条规定有这样三个问题值得注意：
1、鉴于商标专用权民事权利的性质，明确规定发生商标侵权纠纷时，当事人双方可以协商解决，不愿协商或者协商不成的，商标专用权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。充分考虑了权利人依照自己的意愿解决商标侵权纠纷的情况。
2、明确了工商行政管理部门在处理商标侵权案件时可以没收、销毁侵权商品和专门用于侵权的工具，加大了对商标侵权人的处罚力度，有利于制止目前比较严重的各种商标侵权、假冒行为。
3、对侵权赔偿部分，明确规定工商行政管理部门可以就侵权赔偿进行调解，调解不成的，当事人可以向人民法院起诉。工商行政管理部门不能责令侵权人进行赔偿。这样就明确了商标侵权赔偿的法律性质，理顺了法律关系。
此外，该条虽然规定对侵犯注册商标专用权的，工商行政管理部门可以处以罚款，但没有规定具体的罚款数额。《商标法实施条例》第五十二条规定： “对侵犯注册商标专用权的行为，罚款数额为非法经营额3倍以下；非法经营额无法计算的。罚款数额为10万元以下。”为工商行政管理部门对商标侵权行为处以罚款提供了明确的法律依据和限制。
（三）增加了行政查处手段
原《商标法》规定工商行政管理机关可以责令停止侵权行为，没有规定具体措施。《商标法实施细则》虽然规定必要时可以“责令封存”与侵权活动有关的物品，但这对制止侵权行为是很不够的。为进一步加强对商标侵权行为的打击力度，现《商标法》第五十五条将《商标法实施细则》的有关规定上升到法里做出规定，并赋予行政执法机关查封、扣押侵权物品的权力。
（四）进一步强化了对商标专用权人的赔偿力度
1、增加了赔偿为制止侵权行为所支付的合理开支的规定
原《商标法》中有关于商标侵权赔偿的规定，但不够完善。现《商标法》第五十六条第一款规定：“侵犯商标专用权的赔偿数额，为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利益，或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。”这样，商标专用权人为了制止侵权行为所支付的合理开支，如合理的调查费、律师费等，都可以依法得到赔偿。有利于维护权利人制止侵权行为的积极性，从而更加有利于制止商标侵权行为，也符合 TRIPS第四十五条的规定，即损害赔偿费应当足以弥补因侵犯知识产权给权利持有人造成的损失，司法当局有权责令侵权人向权利持有人支付其开支。
2、增加了法定赔偿的规定
在实践中，商标侵权行为的侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失，往往难以确定，这对制止商标侵权行为，保护商标专用权人的合法利益非常不利。现《商标法》第五十六条第二款规定：“前款所称侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予五十万元以下的赔偿。”在《商标法》中首次引入了法定赔偿额的规定，并将最高限额定到五十万，有利于维护权利人的合法权益。同时，根据该规定，在商标侵权行为的侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失能够确定时，商标专用权人所获赔偿仍然应以侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失来确定，并且没有最高赔偿额的限制。
六、增加了诉前禁令、证据保全和财产保全的规定
原《商标法》没有涉及诉前禁令、证据保全和财产保全的内容。现《商标法》第五十七条规定：“商标专用权人或者利害关系人有证据证明他人正在实施或者即将实施侵犯其注册商标专用权的行为，如不及时制止，将会使其合法权益受到难以弥补的损害的，可以在起诉前向人民法院申请采取责令停止有关行为和财产保全的措施。”
第五十八条规定：“为制止侵权行为，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，商标注册人或者利害关系人可以在起诉前向人民法院申请保全证据。”
这样规定，符合TRIPS第五十条的规定，即司法当局有权采取有效的临时措施，防止任何延误给权利人造成不可弥补的损害或者证据灭失。
七、明确以商标法律制度保护地理标志
关于地理标志的保护，《巴黎公约》和《保护原产地名称里斯本协定中使用的是“原产地名称”这个术语。TRIPS则采用了“地理标志”一词，并要求各成员保护地理标志。早在1994年，国家工商行政管理局根据《商标法实施细则》的授权制定了《集体商标、证明商标注册和管理办法》，在我国首次规定以证明商标的形式来保护地理标志。
现《商标法》第三条明确规定证明商标可以证明商品的原产地。第十六条也规定对地理标志进行保护。这就从国家法律的层次上明确将地理标志纳入了《商标法》的保护体系。
为了完善地理标志的保护，《商标法实施条例》第六条规定：“地理标志可以作为证明商标或者集体商标申请注册。以地理标志作为证明商标注册的，其商品符合使用该地理标志条件的自然人、法人或者其他组织可以要求使用该证明商标，控制该证明商标的组织应当允许。以地理标志作为集体商标注册的，其商品符合使用该地理标志条件的自然人、法人或者其他组织，可以要求参加以该地理标志作为集体商标注册的团体、协会或者其他组织，该团体、协会或者其他组织应当依据其章程接纳为会员；不要求参加以该地理标志作为集体商标注册的团体、协会或者其他组织的，也可以正当使用该地理标志，该团体、协会或者其他组织无权禁止。”
国家工商总局《6号令》根据《商标法》和《商标法实施条例》的规定，主要对地理标志作为集体商标和证明商标注册的程序作了规定。TRIPS协定第二十四条第9段规定：“对于在其来源国不受保护或终止保护的地理标志、或在来源国已废止使用的地理标志，本协定无保护义务。”也就是说，如果我国的地理标志没有在我国获得地理标志的保护，世界贸易组织其他140多个成员就没有义务保护我国的地理标志。因此，使我国的地理标志尽快获得我国《商标法》的保护，对于促进我国地理标志产品出口具有重要意义。同时，也有利于扩大特色农业生产规模，有利于促进农业经济的发展，有利于提高农民收入。
八、将对驰名商标的保护提升到国家法律法规的层次
保护驰名商标是商标保护中的重要问题。《巴黎公约》第六条之二、TRIPS第十六条规定了对驰名商标的保护，世界知识产权组织的《保护驰名商标联合建议》则以更详细的规定，向其170多个成员建议对驰名商标进行保护。
1993年我国在修订的《商标法实施细则》中规定对公众熟知商标进行保护。接着，国家工商行政管理总局于1996年发布了《驰名商标认定和管理暂行规定》（简称原《56号令》），明确对驰名商标进行保护。在这次修改中，《商标法》和《商标法实施条例》增加了保护驰名商标的内容，将对驰名商标的保护从部门规章的层次提升
