当前大部分水利事业单位，存在着一方面担负着具有公共性和社会性的服务，国家给予财政补贴部分水利资金；另一方面，由于财政补助经费的不足，又必须面向市场，通过自身掌握的资源面向市场提供技术服务，通过创收来弥补财政经费不足的特点。这就决定了水利事业单位目前仍是执行事业单位会计制度，仍归属于预算会计范畴，其收入、支出必须纳入国家预算，并按国家规定编制单位收、支预算，以收定支，量入为出。其会计内部控制制度在理论和实践上需要通过建立符合事业单位特点的内控机制来达到防止财务风险，保证水利资金准确安全运用，严格财经纪律的目的。
一、水利事业单位会计内部控制的现状
（一）内控制度不健全，岗位设置不够合理。水利事业单位财务部门每一个岗位人员在内部会计控制中都履行相应的控制职责，牵制着他人的财务管理与核算工作。现实是部分单位未按内部会计控制制度要求设置足够的工作岗位，或者虽按内部会计控制制度设置了相应岗位但不严格按岗位安排人员，一人多岗、不相容岗位混岗等现象十分突出。
（二）财务人员业务素质与工作要求有较大差距。目前水利事业单位财务工作人员的业务素质与能力参差不齐，有经过国家正规财经学校（院）培养的专业人员，也有从其他岗位其他专业转至财务部门的非专业人员。各种不同学习、工作经历背景的人员对内部财务会计控制的理解与执行存在较大差异，导致矛盾重重，会计内部控制的监督控制作用受到限制。
（三）监督执行力度不够。内部审计机构也是会计内部控制制度的一部分，眼下有些水利事业单位没有按照有关规定设置内部审计机构；有些水利事业单位虽设置内部审计机构但因单位领导不重视或故意加以干涉，使得内部审计机构没有相应的权利履行其对财务管理和财务核算的监督职能，或者履行职责困难重重达不到监督效果。水利事业单位的外部监督机构包括国家财政、审计等部门，这些部门在执行监督职责时以单位资金使用及其效益为重点，很少涉及单位会计内部控制制度的设立及执行，即使涉及也是泛泛评价，不针对水利事业单位具体情况提出切实可行的整改建议。在查出问题时，往往偏重于对单位予以处罚而忽视对单位领导、相关责任人处罚；更为严重的是，有时对查出的问题以大事化小、小事化了的原则予以处理，助长了事业单位违反内部会计控制制度的不良风气。
二、完善水利事业单位会计内部控制的对策
（一）加强财务会计人员控制责任意识。水利事业单位的财务主管部门，要把财务管理和会计核算管理作为一项中心工作，精心组织，周密安排，切实抓紧，抓出成效，将会计内部控制落到实处。落实会计内部控制，要注重财务人员责任意识的灌输与培训，培训过程中，既要注重向财会人员宣传培训，更重要的是单位负责人控制思想意识的引导。还要注重向单位负责人宣传培训，通过全方位，大规模的宣传引导培训，营造出一种诚实守信、各司其责、相互监督、有条不紊的内部会计控制工作氛围。
（二）健全和完善会计内部控制制度。在控制制度形成过程，制度设计和贯彻实施等方面进行诸多创新，在制度起草坚持实行科学民主决策，确保制度的科学性；在制度设计坚持推行科学化、精细化管理，确保制度的有用性；在制度实施坚持建立科学监管机制，确保制度的有效性。
（三）强化预算管理。水利事业单位使用资金为财政资金，也就是说，单位收支的依据是经过批准的预算，预算规定了单位支出方向和支出规模水平，所以预算是会计内部控制不可缺少的手段。单位预算必须形成一套严格的程序和系统，主要表现在预算编制、上报、批准、执行、分析、考核等各个环节环环相扣。为提高预算管理水平，一是完善单位预算的调整制度，从调整时间、方法、程序等作出相应的规定；二是推行单位预算和下属各级非独立核算单位预算，要求下属各级非独立核算的事业单位编制预算，克服预算内容不实、预算约束不强和预算执行不了的情况；三是建立预算的跟踪、分析和评价制度，完善预算控制制度，确保资金的正确使用及使用的效益。
（四）加大审计监督力度，加强内部审计监督检查。首先，水利事业单位要认识内部审计机构的性质与重要性，强化其权威性和独立性。内部审计机构工作人员要不断提高自身政治素质与业务素质、加强法制观念、增强服务意识，克服困难与阻碍，对包括会计内部控制制度在内的内部控制制度进行评价，定期或不定期检查控制制度的执行情况，对控制制度缺陷及执行偏差提出合理有效的纠正补救措施，跟踪纠正补救措施的落实情况。通过内部审计的监督检查跟踪，促进单位不断改进与完善内部控制制度，正确行使政府给予的职责或提供社会公益服务。强化单位外部相关部门的审计监督检查。各级外部相关部门如财政部门、审计机关等要充分发挥对事业单位的监督检查职能，督促水利事业单位建立健全内部控制制度，定期或不定期对单位履行政府职责或提供社会公益服务的经济业务活动全部或部分进行审计检查，分析审计检查中发现的问题，帮助事业单位改进与完善内部控制制度。外部相关部门也可委托社会中介机构代为其履行对单位的审计监督职能。
总之，在当前新形式下，水利事业单位要不断建立健全内部控制，特别是内部会计控制， 保证单位会计工作有序进行，为单位更好的履行政府职能、农林灌溉及时到位等等提供社会公益服务而进行的经济业务活动提供良好的基础保障。
