研究内部机构的设置，首先需要确立以什么样的研究方法来观察和评价基层检察院内部机构的设置。笔者以为。一是辩证唯物的方法，用联系的、发展的、全面的观点来看待研究对象；二是系统论的方法，将基层检察院作为一个整体的大系统，各个内部机构是其子系统，互相影响、整合、联系、制约，架构成基层检察院：三是比较研究的方法，比较之下能有更好的发现，有助于判断和结论。
其次则应界定好检察权的性质、职权范围和理想化的运行目标，研究内部机构的设置才能有的放矢。
检察权的性质和职权范围是内部机构得以存在的基点。在明确了两个基点后。我们要预设检察权理想化的运行目标，即检察权的运行要达到什么样的目标，才能符合自己的地位和社会的期望。笔者认为人、事、权调配运行协调高效而富有权威的组织架构是我们所期望的。
一、传统的基层检察院内部机构设置存在的问题
问题一：称谓杂乱，名不符实。基层检察院内部机构的称谓有局、处、科、室、队等。以科为多，从规格和级别而言，实则大部分确定为已经消亡的正股级，等于没有级别，只有反贪污贿赂局、反渎职侵权局、政治处(高配)为副科级。值得注意的是“高配”，其机构并没有升格，其结果也只是最低级的副科级。这是沿用我国行政机构层次结构和管理模式的结果。宪法规定人民检察院与同级人民政府均由同级人民代表大会选举产生，说明了检察机关与同级人民政府是平行的国家机关。不存在隶属关系。因此不能将检察机关等同为政府下属部门。参照我国现行省、市、县、厅、处、科的行政组织纵向结构，根据国家行政序列确定检察机关的规格和级别，这与人民检察院的宪法地位和基层人民检察院的职能作用极不相称，弱化了检察权的司法性和独立性、权威性，本身就是法治时代的一个悖论。由于内部机构称谓混乱，不利于确定内部机构的规格和级别，而且基层检察院的反贪污贿赂局、反渎职侵权局、政治处虽称“局”、“处”，但无“局”、“处”的权力和级别，是一种事实上的虚假称谓，颇有关起门来称大王的意味，从而降低了检察机关在人民群众心目中的地位。名不符实的另一表现是内部机构的名称不能有效涵盖其工作职能。比如，将两个同属刑事检察工作的业务部门分别取名为侦查监督和公诉，其实公诉科对侦查工作也进行监督，公诉科的审判监督职亦不能在名称上有所体现。推之于监所检察科、控告申诉检察科等均存在此类问题。
问题二：科室过多，力量失衡。以笔者所在基层检察院为例，在编人数70余人，合同制人员近20人(均归办公室管理)，设有政治处、纪检组(监察室)、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局(下设两科)、反渎职侵权局(下设一科)、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科(举报中心、刑事赔偿办公室)、职务犯罪预防科、法律政策研究室、案管中心、办公室、法警队等15个内部机构，还设有多个派驻检察室(兼职)。科室人数由1人至11人不等。排除副检察长以上人员，平均每个科室4.4人。现有八项职权五个部门行使，而实际上存在了三倍左右的内部机构。因内部机构多，科室大小失衡，小科室如监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科职务犯罪预防科、法律政策研究室、案管中心，只有两人左右，少时一人，多时三人，大科室如公诉科，则有十人左右。科室太小的最直接后果是：力量薄弱，困于守成，难于进取，有任务时力量不足，闲时又无事可做，有的科室任务重，需要加班加点。而有的科室则无所事事。基层检察院内设科室领导职数通常3人以下设一职。4至6人设一正一副。7人以上的设一正二副。机构多，科长、副科长，分管领导也随之增多，这也成为力量失衡的一种表现，以反渎职侵权局为例。设科员两人，科长一人，副局长一人，局长一人，如果算上分管检察长、检察长，一线干活的人少。二线发号施令的多，层层审批，比拟为“十羊九牧”亦不为过。因设置有较多的行政主管式带“长”位置，而带“长”在现阶段检察体制内是评价人们身份、地位和能力的的重要标志，且能带来现实利益，如掌握一定的资源和权力，薪酬的增加等，因此成为多数普通检察工作人员的追求和首要选择，使一些能力、政绩平庸的干警在平衡之下容易登上带“长”职位。甚而败坏了检察队伍管理风气。
问题三：分工过细，职能重叠。其实二者是矛盾的，分工细，应该是职责明晰，各司其职，不应存在交叉重叠的问题，但由于检察权的职能分解在实践中过于细致，时而按照办案的流程和环节设置了平行的互不统属的内部机构，如侦查监督部门、公诉部门与监所部门，时而按照受案范围的不同设置内部机构，如反贪污贿赂局、反渎职侵权局与民事行政检察科，没有统一的归属原则，割裂了检察职能的内在联系。造成重复劳动，影响工作效率。
二、传统的基层检察院内部机构设置存在问题的成因
1，法律因素和历史因素。现行《人民检察院组织法》第20条是国家基本法律对基层检察院内部机构的法律性规定。确定了一个对应原则，通俗而言，即为上行下效，上下对口。虽然法律规定为“可以”而非“必须”，但权力本身存在着自我扩张的属性。基层检察院的内部机构设置基本上机械地与上级检察院内部机构相对应，很少主动精减。而且有时主动与地方协调增加内部机构设置，间接地解决基层检察人员职级待遇过低问题。未考虑检察权运行的特殊规律和实践操作。基层检察院内部机构的设置问题肇始于这一原则，我们现在研究内部机构的设置，实质即是对这一原则的否弃。在当时的历史条件下，法治理念尚未深入人心。检察机关的定位不清，内部机构的设置受历史条件的制约和影响，不可能达到现在人们的理想，在今天历史条件已经发生变化的情况下，基层检察院的内部机构自然应当应时而变。
2，行政化思维和模式的影响。这是检察权独立与行政权惯性至上的冲突和张扯，进一步说，是司法权与行政权的冲突，是司法机关行政管理模式带来的后果。苏力说，“由于面临着无法避免的内部行政事务，法院内的行政管理有其合法性和必要性”基层法院和基层检察院同属司法机关，有着相似和可比之处。甚至可说，检察机关的行政事务比法院的行政事务更多，科室的设置和人员的分配。从一方面说明了工作任务繁、杂、滥，另一方面则模糊了司法性，变成了行政主导性，这是历史传统，也是检察机关的领导体制所决定。但如其文中所言，司法机关有行政管理的制度需求，但并不必然导致司法机关强烈的行政化。如果说苏力是从微观的角度发现了司法机关行政化。那么笔者以为，宪法赋予检察院法律监督的超然地位，处于“纸化”状态，并没有得到实际的贯彻执行，检察权没有实质的话语权，谈不上独立行使检察权。权力的行使是个立体系统，不是平面文字。所谓“现官不如现管”。在实际的制度运作中，现有制度的设定者以阶梯状的次生制度层层消解了宪法的规定。让独立行使检察权成为空中楼阁，实际演化为行政的附属。这是大的层面或者说外部层面。小的层面或者说内部层面，如对带“长”的行政主管职位的追逐，对内部机构的职级定位，从纵向来看层层审批制度。从观念到实有制度和行为，无不带有强烈的行政传统色彩，使检察权泛化为行政权。
3，检察权平行配置的结果。所谓检察权的平行配置，是指检察权在不同的受案范围、案件的不同环节设置了相应的内部机构，分别行使相应的检察权，互不统属，相互独立，有如铁路警察，各管一段。但笔者认为现行的内部机构分工过度，制约则远未达到应有目的，成为事实上的虚假命题。制约的目的是什么，防止权力滥用。检察机关的权力从外部着眼，基本没有最终的决定权，受制于公安机关和审判机关，从内部着眼，因为实行的是审批制。个人甚至部门亦不享有决定权，办案中，案件要经过办案人员、部门行政领导、副检察长或检察长等多个审查、审核、审批环节，复杂的甚至还要经检察委员会讨论决定。如果产生了权力滥用，现有的内部机构能否起到制约作用?实际中又制约了什么?从人力资源的合理有效利用与分布的角度而言。检察职权的平行配置，使检察资源不能得到合理利用，机构臃肿，政出多门，人员组织、调配与整合困难，基层检察院每一个岗位的内容丰乏不均，利益的不同，人心或懈怠或内争，不能充分调动每一个检察人员工作的积极性，以提高检察工作效率和质量。因此，研究基层检察院内设机构设置，使其合理化、规范化已势在必行。
注释：
[1]苏力：《送法下乡――中国基层司法制度研究》，北京大学出版社2011年版。第47页。