随着社会不断的发展，我国农田水利工程环境问题越来越严重，起初我国相关部门并没有对该问题给予足够重视，直到生态系统破坏，环境问题变得越来越严重，才加强了农田水利工程的建设，意识到只有保证自然生态环境，才能促进我国农业快速发展，提高农民的经济效益。
1 我国农田水利工程与生态系统现状
1.1 过渡开采并使用地下水
现阶段，我国水利工程在开展过程中主要以大面积灌溉方式进行灌溉。随着社会不断的发展，人们的生活水平逐渐提高，对于水资源的质量要求也在逐渐增加。传统的灌溉方式已经跟不上社会发展的脚步，尤其出现一些水资源浪费、水污染的现象，使地表中的水分很难供给人们正常使用，为了解决这一问题，我国专业技术人员开始大规模的开采地下水，但是在开采过程中出现了一定的不足，主要体现在农业灌溉中造成了水资源的污染和破坏。
1.2 大面积的石头与混凝土应用
水利工程在进行过程中，主要以大面积的石头与混凝土进行应用，从而导致地下水资源不能很好进行渗透，但是这种水利工程可以有效的减少水资源流失，并在一定程度上提高水资源的输送率，但是这种水利工程不能满足现代农业发展的需求。现阶段，社会在发展过程中人们非常重视对自然生态环境的保护，而这种水利工程很难将一些自然资源进行合理利用，因此，我国专业技术人员要加强相关研究并制定全新的解决措施。
1.3 灌溉方式不科学
不合理的灌溉不仅仅会对自然生态环境造成很大的污染，还不能满足农作物的生长，影响农作物的产量与质量。另外，不合理的灌溉还会将农作物中的农药冲刷掉，并使其流入到附近的水资源与土壤中，久而久之就会对水资源与土壤造成污染。导致其中的养分流失，打破原有的生态平衡，造成生态环境污染。
2 农田水利工程与生态系统协调发展的有效对策
要想从根本上解决生态系统污染问题，就需要将水利工程与周边的生态系统相连接，并根据二者的发展现状制定对应的解决措施，只有这样才能实现农业健康发展，保护自然生态环境，提高社会经济效益。
2.1 优化排水灌溉工程
不同排水灌溉方式就会产生不同的排水效果。因此在对农作物灌溉时，应该按照国家指定要求进行创新、完善，只有这样才能从根本上优化我国现有的灌溉方式，节约水资源，促进水资源合理利用。将传统的灌溉方式进行优化还可以有效的减少灌溉方式对自然环境的破坏，促进我国农业快速发展。
2.2 合理利用农田周边的河湖
自然生态环境在发展过程中常常会形成大大小小的河湖，这些河湖中具有一定的物质，这些物质在生长期间会与自然生态系统进行交换，从而对自然生态环境产生很大的影响。而农田周边也有着这样的河湖，这些河湖可以将其中的水分渗透到土壤中，并为农田提供充足的水分，保证农作物快速的生长。同时这些河湖还可以有效的减少地表流失，缓解一些洪涝现象。随着社会不断的发展，人们为了农田周边拥有重组的河湖就通过人造水系的形式开垦，这不仅不会为人们的生活提供良好的帮助，还会破坏着人们生活环境。要想解决这一问题就可以采用退耕还林、退耕还湖的方式进行处理，只有这样才能保证自然生态系统的发展。
2.3 对农田地区的土地进行调整
要想从根本上增加土地对自然生态环境的调节能力，就需要将现有的土地进行调整，只有这样才能提高土地在使用时的多样性，并为农田水利工程和生态系统的发展提供良好的基础保障。做好土地的调整可以净化土壤中的污染物，保证农作物可以健康、安全的生长。而在对农田平整时，要根据农田的运行现状进行适当的调整，如果过度的人为干预就会导致农田对自然生态环境造成一定的副作用。
3 总结
随着社会不断的发展，农田水利工程对于农业的发展起到了非常重要的作用，这对于自然生态系统来说也不例外。要想保证自然生态可以良好的发展下去，就需要将农田水利工程中的不足进行修正完善和创新，只有这样才能解决其中的不足，为社会提供一个良好的自然生态环境。
