从2003年起，国家行政机关陆续实行会计集中核算制，这对规范财务核算方法，加强财政资金管理，提高财政资金使用效益，维护市场经济秩序，从源头遏制腐败的产生具有积极的作用。但从近年来审计发现的问题看，有些深层次的问题仍未能得到解决，隐性问题有逐步扩大之势，给审计工作的顺利开展增加了难度。
一、利用虚开发票套取现金，设置账外账。实行会计集中核算后，一些单位为了本部门利益和发放职工福利，利用某些部门管理上的漏洞，以业务招待费、住宿费、会议费和购买茶叶、礼品、办公用品等名义从税务机关开具虚假业务支出发票报账套取大量现金设置账外账，供少数人使用或发放国家政策之外的各种津补贴。
二、利用所属二级单位和下级部门空转资金，以虚假支出套取大量现金。由于会计核算中心的会计人员身兼数十个单位的会计核算任务，身居报账单位之外，对各部门的业务情况不清楚，收入、支出和工作流程较为生疏。而且这些会计核算人员只管发票是不是税务机关开的，只要是税务机关开的都视为合规一路绿灯，管你给谁拨款，管你是什么用途都不过问，而下级部门所在地的财政统派统管办公室只负责会计核算和记账业务，至于资金如何使用，是否合规合法均不予理会，这就给那些拨款部门有了可乘之机。从近年来审计发现的类似问题看，有的部门将款拨到下面以后，派人直接从当地农村信用社提款，然后到国税部门开几份发票做账，有的将款项又从下级部门汇入上级指定的储蓄存折户中，形成事实上的小金库，供少数人使用或发放职工福利等，使国家财政资金打了水漂。
三、张冠李代 应付各种检查，将专项资金以现金形式套取出来。当前，在很多地方出现一种怪现象，国家每年都在加大扶贫支持力度，资金越拨越多，但扶贫解困效果并不理想，收效甚微。特别是国债资金、以工代赈资金、财政科技扶贫资金到了实施单位以后，有的根本就没有去实施新的项目计划，而是在原老项目上进行修修补补，待上级有关部门来检查验收时将检查组一行带到早就完工的同类项目基地上走马观花一番，然后添油加醋的汇报政绩，再到高级娱乐场所进行高档消费，最后项目就通过验收了。这些部门将此笔资金以项目开支的名义开具名种发票、领款单等予以报账，套取不义之财。
四、以学习考察的名义行旅游观光之实，挥霍国家之财。当前不少机关单位为了职工福利，在工资之外不能给职工另行发钱发物。就以学习考察的名义组织职工出去到有名胜古迹的城市去进行所谓的学习考察，少则二、三个城市，多则四至五个城市以上，有的单位部分人员连在外的门票费都用进餐发票予以报销，更有甚者将家属陪玩的费用也一并在单位报销。
五、会计核算中心与单位财务管理脱节，缺少有力的监督体系。现行会计核算中心人、财、物都隶属于财政部门，而报账单位财务管理、运行置于会计核算中心之外，使单位财务管理出现弱化现象。一是不利于单位领导及时掌握资金的使用情况，因会计核算中心不负责编制各部门月报表，所能提供的仅仅是一张简单的资金收入、支出、结存的数据，且较为抽象和不具体，不便于分清款项的明细用途;二是单位固定资产管理与会计核算中心脱节，当前很多单位新购置了小轿车、电脑、办公桌椅、沙发等高档用品，同时也变卖了不少的固定资产。从审计发现的问题看，这些大额的固定资产购置大都未登记固定资产账和资产卡片，出售资产也未登记减少固定资产账，而是由会计核算中心列作经费支出，使单位资产游离于账外，失去了对国家资产的有效监督。有的单位将固定资产变价收入不入账，或开小收大，将此笔收入置于会计核算之外，造成国有资产流失。
