会计电算化使现代财务管理搭上了信息快车，迅速提高了企业管理水平和管理效率，产生了巨大的经济效益和社会效益。但是我国的会计电算化工作起步较晚，尚处于生长发育期，因此产生了一些不可忽视的问题。
一、会计电算化中系统存在的问题会计电算化系统不同于一般的应用软件，它是会计信息系统与企业管理、业务流程的有机结合。但由于财会工作自身的特点，现阶段我国会计电算化工作缺乏统一的规划和组织协调，内部控制制度仍不完善，存在着许多问题。
(一)重视账务功能，忽视管理与监督功能
一直以来，我国的会计工作主要从事事后核算，事前的分析预测和事中的控制很难进行。会计电算化的运用和发展可以极大地发挥电子计算机卓越的计算功能，将财会人员从繁重的算账、报账工作中解脱出来，把主要的精力放在加强财务管理方面。然而，我国实行会计电算化的单位却存在着重视报账功能忽视管理及监督功能的现象。财务软件的材料核算、工资核算、固定资产核算等模块功能较强，而具备管理型功能的成本核算、财务指标分析体系以及资金供求预测、财务状况实时监督等模块，根本没有设计或内容过于简单，功能不全，并且查询功能也不健全。限制了许多管理与监督功能的有效实现，因此未能充分发挥会计电算化对加强财务管理方面的功能。
(二)应用会计电算化后，相关制度没有及时修改与调整
现行的财务会计制度主要是以手工核算为基础的，应用会计电算化后，从账户设置、账户管理、登记方法和账务处理程序到会计工作的组织、会计系统设计、内部控制的方式和会计档案的保存介质和方法都发生了变化，必须根据会计电算化的特点，将财务会计制度做出相应的修改。
(三)会计电算化档案管理制度不完善
由于许多单位实行会计电算化时间较短，对会计电算化档案的组成内容不甚了解，缺乏管理经验，造成存储会计档案的磁盘和会计资料未能及时归档，或者已经归档的内容也不完整。没有及时制定相应的会计电算化档案保管人员职责，造成会计档案被人为破坏或自然损坏，乃至单位会计信息泄密的情况发生。有些单位对会计数据备份管理未形成制度，随意性大，一旦会计电算化系统出现故障，会计数据也将无法恢复。
二、解决问题的对策
鉴于企业会计电算化是一个系统工程，并不是财务部门单一的计算化问题，我们在面对上述问题的时候，就应当系统全面的来研究解决的问题对策。
(一)加强电算化系统管理的组织机构建设与制度完善
企业实行会计电算化以后，系统正常、安全、有效运行的关键是企业管理机构的设置和正确的操作程序，建立严密的组织机构体系与制度保障措施。这其中包括：
合理设置组织机构
企业实现了会计电算化后，应对原有的组织机构进行适当的调整，以适应计算机会计系统的要求。财务内部控制的关键在于不相容职务的分离，计算机会计系统与手工会计系统一样，对每一项可能引起舞弊或欺诈的经济业务，都不能由一个人或一个部门经手到底，必须分别由几个人或几个部门承担。企业用于计算机会计系统的计算机应尽可能是专用的，企业应对计算机的使用建立一整套管理制度，以保证每一个工作人员和每一台计算机都只做其应该做的事情。计算机会计系统有关的资料应及时存档，同时要建立起完善的硬件保障与系统维护体系，加强档案管理与文件备份工作。
