美国政府问责局（GAO）根据授权，对国防部F-35战斗机可持续性规划工作进行审计。2014年9月，GAO发布名为《F-35战斗机的可持续性：战略、风险和成本估算》的报告。该报告对国防部在两个方面的进展进行评估：一是国防部研发F-35战斗机可持续战略的情况，包括明确与承受能力和战备水平相关的潜在风险;二是针对项目的使用寿命周期，研究可靠的运营与支持成本估算。GAO分析了计划文件和成本估算，并与国防部和承包方的官员进行了面谈。
F-35“闪电-2”战斗机准备替代空军、海军和海军陆战队的多种现役战斗机。这是迄今为止支援能力最强、技术最先进、杀伤力最大、生存能力最强的战斗机，也是美国国防部最昂贵的武器系统，预计投入成本约1万亿美元。美国各军种正在对今后4年内部署和维护F-35战斗机的能力进行规划，而国防部正致力于研发可持续战略，使该项目在使用寿命周期内具备承受能力和执行能力。
GAO在审计中发现，国防部目前已经或者正在研究几项计划，并且在进行一些分析。这些计划和分析将组成完整的F-35可持续战略。该战略预期在2019财年完成。F-35年度运营与支持成本，预计比几种传统战斗机的年度成本总和还要高出很多。国防部已对F-35项目采取了一些降低成本的措施，提出了建立该项目持续承受能力的目标。但国防部并未通过各军种的预算来确立这些目标。因此，这些目标并不能代表各军种的承受能力，也不能为国防部的成本节约工作提供明确的指标。此外，国防部没有完全解决影响到承受能力和战备水平的几个问题，包括影响到可持续战略研发的战斗机可靠性和技术数据权限问题。
现在尚不清楚国防部F-35项目运营与支持成本估算是否反映了该项目最可能产生的成本。国防部有两个关于F-35战斗机56年使用寿命周期运营与支持成本的初步估算，每个估算总计均在1万亿美元左右。这些成本估算较为综合全面，包括国防部要求的全部项目要素，并且按照标准运营与支持成本估算结构来组织实施。但是，这些估算在少数假设方面也存在一些缺点，特别是没能进行建立完全可信度所需要的全部分析。例如，估算没有运用能够反映未来F-35燃料使用情况的燃料燃烧速率的合理假定。而且，其中一个估算没有运用关于零件更换率和储存维修费用的合理假定。当国防部采取措施来减少成本估算中固有的不确定性时，官员们并未通过关键分析来判定与估算相关的风险水平。
GAO建议国防部能够更好地理解承受能力的限制因素，关注影响可持续性、承受能力和战备水平的三方面风险，并采取措施提高成本估算的可信度。国防部对绝大部分审计建议表示赞同，并声称已经在进行某种形式的不确定性分析。GAO仍然相信，建议的分析有助于更全面地理解估算中的不确定性。 2014年7月，美国国防部主管采办的副部长肯德尔在F-35下线仪式上讲话。
尽管国防部当前的成本估算确定了大部分的支持费用，并且为影响成本的相关假设提供了论证，但还有一些要素可能被低估。在某些领域，例如燃料燃烧速率，这种低估可能在使用寿命周期造成数十亿美元的误差。因此，国防部有必要进行不确定性分析，准确掌握该项目的当前及未来状况。国防部还计划采购2400多架F-35战斗机，因此有必要使该项目的进程更明智、更理性、更具承受能力。武器系统的支持费用在使用寿命周期的开销中所占比例通常达到70%。如果国防部不能研发出具有可行性的可持续战略，应对关键的风险，改进成本估算，那么就会在并不掌握该项目长远财政需求的情况下，向国会提交近期投资要求。
以下是关于改进国防部F-35项目支持计划和使用与支持成本估算的建议：
一是帮助国防部研发具有承受能力的F-35可持续战略。建议国防部长指示负责采购、技术与后勤的副部长指导F-35项目执行官针对各军种的预算情况，确定承受能力的限制，并推动改进可持续决策，为相关需求建立优先次序，确定其他可以节省开支的领域。
二是帮助国防部应对F-35承受能力和战备水平方面存在的关键风险，提高该项目使用寿命周期的使用与支持成本估算的可信度。建议国防部长指导F-35项目执行官采取以下措施：
* 使国防部能够更好地明确、应对和减缓自动后勤信息系统中可能影响承受能力和战备水平的性能问题，并为该系统建立性能度量程序，包括基于系统实际操作行为并与用户需求对接的性能标准和指标;
* 在战斗机实现可靠性与可维护性目标方面建立信心，通过度量法研发软件可靠性与可维护性评估程序，使项目能够监控和确定软件问题可能对整个F-35项目可靠性与可维护性产生的影响;
* 促进竞争，应对承受能力问题，通告整个可持续战略，研发长期知识产权战略，包括确定联邦政府当前拥有的技术数据权限，以及所有关键性技术数据及相关费用;
* 提高联合项目处F-35使用与支持成本估算的可靠性，明确记录与中级维护保养成本相关的假设，修订与燃料燃烧速率、零部件更换和补给站维护费用相关的假设，从而更好地反映F-35项目当前和未来状况;
* 掌握联合项目处F-35使用与支持成本估算相关的成本变化范围，对未来的联合项目处成本估算进行不确定性分析。
为了提高评估与计划估算办公室对F-35使用与支持成本估算的可信度，建议国防部长指导该处负责人采取以下措施：
* 明确记录与中级维护保养成本相关的假设，修订与燃料燃烧速率相关的假设，从而更好地反映F-35项目当前和未来状况;
* 进行不确定性分析，理解成本估算相关的成本变化范围，使之反映出最有可能产生的成本。