从宏观经济层面来看，在目前外贸形势不明朗的情况下，GDP 的增长主要依靠消费和投资的贡献。而近年来投资增速下滑，其中政府主导的公共基础设施投资空间逐渐减少、居民房地产需求与投资走向供大于求、而成长空间巨大的企业投资却缺乏动力。从税收角度考虑，合并纳税制度能够帮助企业缓解投资的顾虑。
在现行的税收制度下，绝 大多数企业是各自以孤立的纳税人身份缴纳企业所得税，盈利全额纳税，亏损不需纳税、但也不允许和同一集团内的其他公司盈利相抵。而在合并纳税的规则中，母公司和其投资的多个子公司之间，可以将各自经营产生的盈利和亏损合并到一起，将盈亏互抵后的金额作为多个企业总体的应纳税所得额。由于盈亏互抵的作用，显然合并后的应税额会低于现行税制下的应税额。请注意，只有产生投资行为、也就是形成公司间控股/持股的关系后，合并纳税才能适用。
从长远来看，合并纳税可以为更进一步的税制改革打下良好基础。除了前面提到的促进税务资产可流动性和实现合伙企业合并纳税等方向外，未来还可以将合并纳税的对象从国内投资扩展到境外投资。目前，“走出去”企业境外投资设立分支机构产生的亏损是无法和境内公司的盈利相抵消的，如果将合并纳税的范围扩大到境外投资项目，将是对“走出去”和“一带一路”战略政策的强有力支持。此外，合并纳税引发的财政分配方式变化或许可以作为未来分税制改革的铺垫。比如将目前涉及国家和地方财政分配的所得税完全归为国家财政收入、对流转税则扩大地方财政分成的比例。分配方式的变化可以相应促成税务机构设置的变化，比如不必在各地分设国税局，而是在各省划分若干大区，在大区级别设立国税局，从而有望优化税务机关的人员结构、提高税务官员的技术水平并全面系统、科学地改善税收征管效率，进一一步夯实税收公平、公开、公正的基础。
通过合并纳税的方法，可以达到结构性减税的目的，让那些积极从事投资的企业享受到减税的好处，从而激发更多的企业进行投资。通过包括税收在内的多种手段提高整个国民经济中的投融资效率，引导巨额的储蓄注入实体经济中。
