人是一切制度设计的出发点和最终落脚点，以人为本是一切制度设计应当遵循的基本原则。个人所得税制度作为直接以个体的人为纳税主体的制度更应当强调以人为本。以人为本的核心是对人的尊重，尊重人就是强调人与人之间的公平，而我国个人所得税制度还没有很好地处理纳税人之间的公平问题。
从整体制度来看，我国个人所得税实行分类所得税制，对不
同种类的所得实行不同的税收政策。同样是依靠自己劳动赚取的报酬，但税收待遇不同。例如，一个月薪2000元的工人由于工资、薪金所得尚未超过个人所得税的费用扣除标准，因此不需要缴纳个人所得税；而一个没有工作、靠打散工赚取劳务报酬的下岗工人在取得2000元劳务报酬时，则需要缴纳240元的个人所得税。这显然对条件优越者施加了较轻的税收负担，而对处境艰难者施加了较重的税收负担。
我国个人所得税几乎全部依靠代扣代缴制度来征收，也就是说向个人支付所得的单位和个人应当代扣代缴个人所得税。由于税务机关对单位的控制力度较大，而对个人几乎没有控制，因此凡是由单位支付的所得，代扣代缴个人所得税的状况就比较好。而凡是由个人向个人支付的款项，代扣代缴个人所得税的状况就比较差。由于工薪阶层的收入几乎全部来自工资，而税务机关对单位代扣代缴个人所得税控制得比较严，因此工薪阶层偷逃税款的可能性非常小。但那些收入主要来自劳务报酬的人，由于大部分劳务报酬都是现金支付，而且税务机关对支付劳务报酬的监管远小于对支付工资的监管力度，依法足额纳税的比例非常小。这样就在客观上造成了工薪所得与劳务报酬所得实际税负的巨大差异。
根据个人所得税费用扣除标准相关规定，对于工资、薪金所得，不管男人、女人，不管青年、中年、老年，一律扣除2000元，对于劳务报酬、稿酬、特许权使用费、稿酬等，无论纳税人付出多少劳动，一律扣除800元或者20％。靠流血流汗每月挣2000元劳务报酬的苦力与每月收取2000元房租的人的扣除标准是一样的。这种“一刀切”的制度没有考虑人的差异，是不合理的。
还有一个问题是，对个人取得的各项所得，仅能按照统一的标准扣除个人的生计费用，至于这个人的其他家庭成员的生计费用并不在税法考虑的范围之内。一个典型的7口之家（一对夫妻赡养4位老人、养育一个孩子）可能只有一个人在外工作，一家人都要靠这一个人吃饭，但在征收个人所得税扣除生计费用时，没有考虑其余六个人的生计费用。
为了真正体现以人为本的原则，我国个人所得税法需要进行重大改革。一是改分类所得税制为综合所得税制。综合所得税制不考虑所得的性质与来源，将所得都视为同一种性质的所得予以征税，适用的税率和扣除标准都是相同的，从而避免对取得不同种类所得的纳税人实行差别待遇。二是改定额和定率扣除为个别扣除。综合所得税制下的扣除不是“一刀切”的定额或者定率扣除，而是根据纳税人的不同情况分别扣除不同的费用，也就是个别扣除，每个人扣除的数额都是不同的。在综合所得税制下，是以个人还是以家庭为纳税单位，由纳税人自由选择。纳税人的扣除费用由基本生活费和其他特别支出扣除费用组成。基本生活费可以保持目前的每月2000元水平或者适当降低。以家庭人数确定具体的扣除数额，如标准的7口之家每月扣除14000元，而没有老人赡养的3口之家每月扣除6000元。纳税人其他合理的、必要的开支只要有合法的凭据都应当作为特别支出予以扣除，如医疗费、托儿费、学费、健身费、交通费、通信费、房贷利息、公益捐赠等。
