近年来，我国农民专业合作社得到了快速发展，但合作社发展呈现异质性、多样性的特点，水平参差不齐。如何促使农民专业合作社和其他各种类型的农民合作社遵循合作社的基本原则，实现健康可持续发展，需要从几个方面加以重视。
农民专业合作社可持续发展的底蕴来自于合作社的理念、价值观和人文精神的培育。世界各国合作运动的实践证明，农民合作社的发展是市场经济的产物，但其健康可持续发展绝不仅仅取决于经济因素，它和农民民主意识的觉醒、人文精神的发育有着密切关系。合作社内含的民主机制和人文基础是合作社保持生命力的根本所在。民主控制原则就是要培育社员的参与意识和民主意识，重要的是决策的过程，通过观点的碰撞，最后达成共识、形成决策，这就是合作社文化的建设。没有这个建设，合作社即使发展起来，也会走形、变味，甚至中途夭折。中国农民组建或加入合作社，在很大程度上不是追求某种理念，而是因为合作社可以满足社员需求，保障和增进他们的经济利益。但这种具有浓重功利主义色彩的合作社的盛行必然影响合作社的健康可持续发展。我国合作社能否可持续发展，取决于农民社员民主意识的发育、人文精神的觉醒及对合作社理念的执著追求。在很大程度上，也与农村基层民主制度的发展与完善密切相关。只有在我国经济民主和政治民主不断发展壮大的制度环境下，合作社才能真正健康发展，而不是发展为异化的、充满实用主义的合作社。
农民合作社可持续发展需要理论创新、法律修订和合作社企业家的涌现。回顾现代国际合作运动一百多年来的发展历史，合作社的基本原则处在不断地发展、修订与完善之中。中国合作社的理论工作者要从中国的基本国情出发，随着社会经济生活的变化，对合作社的基本原则和技术细则作出符合中国具体国情的理论创新及诠释。尽管我国《农民专业合作社法》已经对合作社的基本原则、成员构成、组织机构和法律责任等作了规定，但该法还是处于社会转型期的一部法律，它应在正确理论的指导下，随着形势的变化和合作社的发展而不断修改和完善，为合作社制度安排上的探索提供法律依据。合作社的创立与发展既需要具有奉献精神和崇高理念的先驱者、思想家，也需要善于经营的合作社企业家。如要推动合作事业的发展，就需要一批富于献身精神、长于市场竞争的合作运动的实践者。没有优秀的合作社企业家，就不可能有成功的可持续发展的合作社。
充分保障农民社员利益的产权制度和有效的激励机制，是合作社可持续发展的重要条件。社员合作理念的形成及民主意识的养成，与他们和合作社资产及经济活动之间的关联度有直接关系。近年来，一些合作社在这方面进行了有益探索。如黑龙江省克山县仁发农机合作社实行以土地分配为主，国家投资收益平均量化及公积金记在个人账户等同投资，建立了清晰的产权制度，保障了社员利益，促进了合作社的健康发展。合作社理论界有一种观点认为，在合作社的集体积累中，不可分割的资产比例越大，脱离社员控制和监督的财产就越多，合作社和社员之间的距离就越远，最终结果是社员不再关心合作社发展。从现实来看，合作社允许社员自由退出，如果认可退社社员对合作社发展壮大所作的贡献应获相应的回报或补偿，就应使所有的合作社资产都有主;同时，合作社在创立和发展过程中，会不断有新社员加入，如果有一部分产权模糊的资产，这就意味着新老社员对合作社的资产净值享有同等的权利，而这种人人有份、人人又没份的权利不利于进一步调动老社员的积极性，也不利于新社员的创业。
正确处理政府扶持与合作社内生发展之间的关系，是合作社能否可持续发展的关键所在。中国农民合作社的发展实践表明，如果没有政府的财政支持，农民作为所有者主体的合作社很难发展起来。政府要作为第一推动力，使合作社度过艰难的起步阶段。但政府的过度扶持又会损害合作社自身发展的主动性。实践中，地方政府在鼓励和倡导创立合作社时，往往给合作社提供许多优惠条件。其结果是，合作社的创办者往往不是从最初的理念出发，不再是为了实现社会公平之类的目标，而是将合作社视为获取政府拨款和优惠政策的名目。治本之策是使合作社提高自立的程度，合作社摆脱依赖性、获取内生发展动力的一个重要条件是合作社的财政独立。合作社必须努力使越来越大比重的财政资源由合作社内部产生，使政府扶持的比重持续下降。
