近年来，在科学发展观指引下，我国流域水污染防治工作得到逐步加强，在推进重点治污工程建设的同时，更加注重流域污染防治管理体制和运行机制的完善，注重行政、经济、法律与工程技术手段的综合运用与协调配合。从2007年开始，全国开始出现污染减排“双下降”的趋势，重点流域水污染防治工作取得新的进展，体制机制在流域水污染治理中的作用逐步凸现。
随着我国工业化、城市化进入快速发展时期，流域水污染防治目标与转变经济发展方式、建设资源节约和环境友好型社会的要求还有相当大的差距，特别是一些长期存在的体制性障碍和机制不活的问题亟待解决，加快建立与我国社会主义市场经济体制相适应的流域水污染防治体制机制,任务艰巨，意义重大。1 当前流域水污染防治体制机制存在的几个主要问题目前，我国流域水污染防治还存在诸多问题，政策与法规体系尚不健全，资金投入不足，公众参与缺乏，技术支撑体系薄弱等等，但最根本的问题还是管理体制没有完全理顺，运行机制不够协调，突出表现在以下几个方面：1.1部门协调问题未根本解决，运转有效的统一综合治理机制尚未形成流域水污染防治是个典型的涉及多个部门的事情，在现有的流域水污染管理体制框架中，有环保、水利、发改、建设等数个部门参与，以环保部门为主。
多部门协作本身并不是问题的根源，目前的问题是，以环保为主的这个作用没有充分发挥出来，部门冲突、特别是环保部门与水利部门在流域水污染防治领域缺乏更有效协作，已成为流域水污染防治管理面临的主要体制问题之一。水利和环保的部门冲突在流域管理中有集中体现，涉及规划、水质监测、机构、水量调配和污染物总量控制、跨界污染管理监督、水污染纠纷调处等多个方面。
在流域管理上，双重管理体制矛盾突出，如七大流域管理机构均设置了水资源保护局，名义上接受水利部和国家环境保护部的双重领导，但事实上是水利部派出机构的性质，这制约了流域机构在水污染防治方面的作用。从部分流域的管理实践来看，目前部门协调的难度要高于地区协调的难度。
淮河十几年的治污实践表明，环保和水利两部门共同牵头的领导小组有名无实，是“十年淮河治污”效果不佳的重要体制原因之一。1.2中央与地方在污染治理上的权责划分和监管机制尚不健全在中央和地方关于水污染防治的管理关系上，我国实行分级管理，即以行政区划为单位，各区域的环保部门承担主要的水污染防治职责，而上级环保部门对地方环保局只有指导权。
由于地方环保部门是地方政府的职能部门，导致它容易成为地方利益的工具，不论是数据监测、污染控制，还是建设项目审批上都要被地方政府左右，而上级环保部门的监督也无法逾越当地政府的权威，如被国家环保部门责令关闭的企业却为当地政府庇护。国家环保总局对地方环境管理的监督尚无力打破地方保护主义。
在现行的以GDP为核心的政绩考核指挥棒下，地方政府往往以经济发展作为优先考虑，对国务院制定和颁布的环境政策难以落实到位。近两年来，国家环保总局加大了对地方的监管力度，相继推出了“区域限批”和“流域限批”等强有力的行政惩罚手段。
但从长期来看，需要建立健全流域省界断面水质责任制和污染物总量控制排放责任制，使中央奖惩地方的标准明确、公开、公平，为地方的水污染治理工作提供稳定的预期和长期的激励。1.3流域管理体制与区域管理体制结合不够我国经济社会管理体制是按照行政单元划分的区域管理体制。
流域管理有其自身的特点和规律，无论是水资源管理，还是水污染防治管理，都需要以流域为单元统筹规划和治理。新《水法》规定，水资源管理实行“流域管理与行政区域管理相结合”的管理体制。
我国目前的水污染防治管理体制是以行政区域管理为主的，流域水污染防治管理十分薄弱，在体制安排上存在较大缺陷。虽然《水污染防治法》也强调了水污染防治中流域管理的重要性，但实践中水污染防治主要是“以地方行政区域管理为中心”的分割管理。
例如，主要污染物减排的约束性指标是按省区分解的，并未分解到各流域。这种忽视流域的污染指标分解方法科学性不足，无法有效地将水污染减排与流域环境质量的改善建立联系，容易形成各行政区污染责任不清，相互推诿责任，导致严重的越界水污染问题。
1.4政策体系还不完善，手段还不尽协调
