一、高校内部控制存在的问题
2014年1月起，高校正式执行《行政事业单位内部控制规范(试行)》，但在执行过程中存在一定的问题。
(1)内部控制意识较弱。由于我国高校内控建设起步较晚，目前一些高校管理者对内部控制的认识还不强，导致单位内部控制意识比较薄弱。在这种情况下，内部控制容易产生漏洞，造成国有资产的浪费、流失。
(2)风险评估机制不够健全。目前，因我国高校基本上未能开展风险评估、风险识别、风险控制等相关活动，未对风险评估有足够清晰的认识，出现负债率较高，财务风险较大的问题。没有充分认识到贷款的风险，未能积极的对贷款结构、贷款规模进行科学、合理的分析和测算，未建立重大项目论证和决策机制，造成贷款金额远远超出学校的经济承受能力，还本付息压力过大。
(3)内控活动存在薄弱环节。一是内部控制建设不够完善，造成控制活动失效。目前我国高校的运行管理涉及到高校的人事、财务、固定资产、后勤、各院系的教学、科研、重大项目和合同管理等多个方面。而内部控制建设还处在研究发展阶段，造成对高校一些基建工程项目和资金的使用等监管力度不够，出现控制活动失效。
(4)预算管理不够完善。预算编制是教育财务最为基础的工作。编制是否真实合理，执行是否达到预期目标，直接关系到教育资源能否得到科学配置，教育事业能否健康协调发展。预算编制不够科学，不够全面、不够细化，造成预算执行过程管理困难，难以严格执行预算，无法做到预算的实时监控，造成预算不全面、不准确等问题。
(5)业务流程控制不规范不合理。未对资金管理、收费管理、支出管理等业务的每个环节制定科学、合理的业务流程。未能严格执行工作不相容岗位分离、相互制约、相互牵制的规定，明确每个岗位的岗位职责。未能对重大、特殊的经济业务加强检查力度，除认真审核记账凭证外，还要对审批手续是否完整、支出是否符合规定等进行重点审查。未建立经费审批管理办法，对三重一大项目未实行集体决策。
(6)固定资产管理较为薄弱。高校的固定资产大多是通过政府采购的方式予以配置的，资产的登记制度相对完善，但在管理上仍存在一定不足。资产管理部门未能及时按规定定期进行财产盘点，导致账实不符，固定资产流失现象较为严重。
(7)信息与沟通不顺畅。目前高校内部信息沟通主要存在着信息不完整、汇报不及时，数据不公开等问题，信息使用者很难准确及时掌握各项任务目标的完成情况，信息质量较低，导致决策失误;同时信息沟通未能及时反馈，直接影响到学校各项管理工作的顺利开展;高校同级不同部门的管理层之间的信息沟通，主要存在信息着不能共享等情况。
(8)内部监督体系不够完善。内部监督是高校内部审计部门对内部控制系统的有效性进行的监督。内部审计部门是高校内部的机构，处于高校的领导之下，缺乏一定的独立性和权威性，而且内部审计人员有限，造成高校内部控制监督作用不能充分发挥。
二、对高校内部控制建设的建议
(1)加强内部控制建设意识。校级领导层和管理层要引起足够的重视，把建立健全财务内部控制制度作为完善内部管理体制的关键环节来抓，努力把学校的各项经济活动全部纳入到内部控制范围中来，引导全体员工共同参与到管理活动中来，营造良好的内部控制环境。
(2)健全风险评估制度。进一步增强学校管理层的风险控制意识，提升风险控制能力，降低风险和减少损失;主要负责学校的重大决策、重大政策、重大融资项目以及重大改革等重大事项的风险评估。对每个运行管理中的重大事项，都要通过深入细致的调查和研究，进行反复的科学评估，为预测评估财务风险、债务风险等各类内、外部风险提供准确可靠的资料。准确评估风险。对可能出现的各种风险因素进行逐项分析预测，科学、客观地做出评估，增强财务风险防范能力，切实加强银行贷款管理。
(3)进一步加强内控管理。一是进一步完善预算管理。根据新预算法的要求，建立健全全面规范、公开透明的预算制度，充实全口径预决算体系，在年度预算基础上，逐步实现中长期滚动预算，严格预算的编制、审批、执行和调整过程，加强对预算的管理和监督，提高预决算编制科学性，强化预算法律责任制度，强化预算约束，使学校的有限资金充分发挥最大效益。
(4)明确岗位职责分工。在业务层面，不断健全财务决策机制和审批制度，杜绝随意决策、越权决策行为;完善不相容职务分离制度，实行重要岗位人员定期轮换以及不同岗位间的内部牵制制度。建立财务风险管理责任制，把财务风险管理责任落实到具体的学院、部门及个人，并实施严格的奖惩制度。
(5)规范、科学、合理设置业务流程，防范风险。规范财务管理是学校财务工作的首要目标和内在要求。进一步规范报销、收费、资产管理、基建项目的控制流程，抓住关键风险点，进行有效防控，并完善财务管理制度。加强财务管理制度建设，贯彻执行已有的财务规章制度，不断补充和完善学校财务制度，为财务问题落实解决提供重要保障，同时能有效规范、约束学校的经济行为。
(6)进一步加强固定资产管理。全校的固定资产统一由职能部门资产处负责管理，要运用信息化管理手段，搭建财务、资产信息平台，对资产的购置、使用、报废实行全过程的实时管理和动态监控，达到资源共享，提高资产的使用效益。要严格执行政府采购、招投标制度，完成论证、审批、订立合同、验收、付款等每个环节。做到资产领用要登记，资产使用、保管落实到人，并保证使用中要认真做好定时盘点，报废时按照要求履行必要的审批程序，真正做到账证相符、账账相符和账实相符。
(7)加强信息与沟通。以信息化建设为抓手，进一步完善校园信息化建设平台，确保信息沟通渠道畅通，各单位和部门的信息只要上传到指定系统内部，各级管理者通过按照权限登录就可以查阅;同时也要不断完善信息反馈机制，及时拿出意见和建议，为信息沟通提速。
(8)进一步完善内部监督体系。要不断完善和加强高校的监督制度，充分发挥外部监督和高校内部监督的作用。政府部门要充分发挥职能作用，做好内审计划，有重点的进行审计，做到把问题解决在萌芽中。在高校内部监督中，还应进一步发挥内部审计机构的重要作用，不断提高审计人员的专业水平，对重大资金投向，实行事前审计、监察全程监控;充分发挥校级财务机构的监督和业务管理作用。