一、关于立法程序的改革问题
我国目前的立法程序还存在着诸多不能令人满意的地方，主要有:
1. 立法提案权主体过于狭小。目前，全国人大的立法提案权主体主要包括全国人民代表大会主席团、全国人民代表大会常务委员会、国务院、中央军事委员会、最高人民法院、最高人民检察院、全国人民代表大会各专门委员会、一个代表团或者三十名以上的代表联名; 全国人大常委会立法提案权主体主要包括委员长会议、国务院、中央军事委员会、最高人民法院、最高人民检察院、全国人民代表大会各专门委员会、常务委员会组成人员十人以上联名。可以看出，立法提案权主体范围非常有限，而且，其中诸如人大主席团由于组织松散、人大代表团由于代表联名等原因，在历史上几乎从未提出过法律案，这就使得提案的主体变得更为狭小了。我国作为人民当家作主的民主国家，立法是最能也最需要体现民主精神的，提案权主体的局限性显然与立法民主精神不符，因此，扩大立法提案权主体应该是《立法法》修改的一项重要内容。从历史实践来看，中国共产党就曾经向全国人大提过立法案; 从世界范围来看，不少国家都规定党派、社团，甚至一定数量的公民联名都可以向议会提出法律案。所以，扩大立法提案权主体的范围，应该成为未来改革的一个方向。
2. 立法审议问题。我国目前的立法审议主要是代表团审议、专门委员会审议、法律委员会审议，结合了大众民主审议和专家审议两种审议类型，貌似规定得面面俱到，但实际上审议质量却不高。主要由于一些体制性的问题，造成人大代表的审议动力不足、审议能力不高、审议时间不够等，特别是由于人大代表行政化的原因，人大的审议往往缺少足够的甚至是必要的辩论与交锋，而是流于领导讲话式的单向度交流。困难在于，立法审议的问题更多在于环境的问题，并不是单纯的立法程序可以解决的。
二、关于立法规划的灵活性问题
新的《立法法》第五十二条增加了关于立法规划的规定，引起了不小的争议，可见立法规划的地位确实有些尴尬: 没有规划，立法就失去了计划性; 规划太死，立法又失去了灵活性。首先应该认识到，立法规划是有积极意义的。立法有两个最基本的原则，一个是民主立法的原则，另一个是科学立法的原则。立法规划就是科学立法的一种体现，没有科学的统筹安排，一个国家的立法必然杂乱无章，法律之间必然缺乏相互关联和照应，可能使得法律的最终实施效果大打折扣。但是，立法规划又可能带来严重的负面作用。根据学者梁存宁的考察，我国立法规划已经造成了所谓的提前投票效应，即立法规划的存在，使得国家机关的提案总是按照规划或年度立法计划来进行，而对于人大代表提出的比较具有机动性的提案，几乎从未有被列入大会议程的例子，只有极少数代表提案被列入下一年立法计划。一个立法项目不能列入立法规划，在目前的立法程序中基本上没有进入立法议程获得审议的机会，这就是立法规划的提前投票效应。由此可见，立法规划其实起着提案通行证的作用。问题在于，此前的立法规划在《立法法》中并没有获得一个合法的身份，也不是通过民主程序加以制定的，那么，它扮演这么重要而关键的角色就更没有道理了。《立法法》新增加的第五十二条看到了实践当中立法规划的问题所在，想要将立法规划纳入《立法法》，给立法规划一个合法的身份，同时，难能可贵的是，修正案还考虑到了立法规划的民主性问题，要求编制立法规划和年度立法计划，应当认真研究代表议案和建议，广泛征集意见，科学论证评估，根据经济社会发展和民主法治建设的需要，确定立法项目。
但是，新《立法法》第五十二条也还存在一定的问题，立法不仅要考虑到计划性，还要考虑到社会需要和社会紧急情况的出现，即立法还应该具有一定的灵活性，因此，立法规划不应规定过死。从过往的立法实践来看，立法规划虽然基本封死了人大代表的提案，但是对于国家机关的提案，还是网开一面的，比如，八届全国人大常委会通过了7 个规划外提案，九届全国人大常委会通过了14 个规划外提案，这就是立法规划灵活性的一面。考虑到立法规划已经被规定在《立法法》中，它的刚性得到了保证，那么，它的灵活性也应该得到强调。所以，建议在第五十二条里面增加一款: 全国人民代表大会及其常委会立法，可以根据任期立法规划和年度立法计划来进行，但是应该保证一定的灵活性和开放性，积极回应社会形势变化和民众呼声。以此来回应灵活性问题。说到立法规划，还有一个问题不能忽视，就是立法规划到底应该如何规划。建议采取整体性立法规划模式，即在作立法规划时，一并规划相应的配套法律。事实上，我国很多法律规定非常好，但是实施起来却不尽如人意，原因就在于配套法律没有立好。比如，在制定反腐败的法律时，可以一并制定或修改配套财产公示法、商业的反腐败法、刑法的相关条文，以及财务会计方面的法律等，只有各个相关制度相互配套，某个单行法才不会孤军作战 再比如，在制定或修改《立法法》时，也要一并制定或修改人大代表组织法、人大代表议事规则乃至宪法等。这就要求立法规划要具有一定的整体性。
三、关于违反上位法的审查问题
本次修法的一大亮点是新《立法法》第七十二条扩大了地方的立法权，尤其是把较大的市的立法权扩大到所有设区的市，这样做是有积极意义的。但是，这也带来一个潜在的危险: 即地方立法违反宪法和上位法的问题。尽管新《立法法》注意到了这一点，将较大的市制定地方性法规的权力限制在对城乡建设与管理、环境保护、历史文化保护等方面的事项上。此外，存在违宪和违反上位法问题的还有新《立法法》第一百零四条对于最高人民法院、最高人民检察院司法解释的规定。该条要求最高人民法院、最高人民检察院的司法解释应当主要针对具体的法律条文，并符合立法的目的、原则和原意，并向全国人民代表大会常务委员会备案。
值得注意的是，新《立法法》对违反上位法的审查机制并没有作出实质的修正，仅仅在第一百条里增加了全国人民代表大会专门委员会、常务委员会工作机构的审查权限。所以，我国违反上位法的审查机制仍然是主动审查和被动审查两套机制: 主动审查机制主要是立法机关的上级机关或监督机关进行主动审查，改变或撤销下位立法; 被动审查机制主要是根据特定主体的申请，对下位法进行合法性审查。对于行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例而言，国务院、中央军事委员会、最高人民法院、最高人民检察院和各省、自治区、直辖市的人民代表大会常务委员会可以要求审查，而其他国家机关和社会团体、企业事业组织以及公民则只能建议审查。这套违反上位法的审查机制看起来似乎很完善、很科学，但实施效果却不尽如人意。多年以来，国务院、中央军事委员会、最高人民法院、最高人民检察院和各省、自治区、直辖市的人民代表大会常务委员会要求审查的例子极少，而其他国家机关和社会团体、企业事业组织以及公民的审查建议则大多被搁置。所以，出现了许多上位法与下位法相互矛盾的规定，隐性违反上位法( 比如违反上位法精神和原则) 的情况十分常见，最高人民法院、最高人民检察院的许多司法解释也有违反上位法的情况。从事情的性质来说，下位法违反上位法的情况最好就是交给法院来处理。这是因为，实践当中，下位法违反上位法极少有那种赤裸裸的下位法字面上冲撞上位法的低级错误。而情况较多的是下位法的规定隐性地违反上位法的原则或精神，比如，很多下位法或司法解释借着将上位法具体化，偷偷地改变了上位法的精神，这方面的一个例子就是《劳动合同法》和《劳动合同法实施条例》。《劳动合同法》的精神比较偏向保护劳动者，但在遭遇企业的阻力之后，《劳动合同法实施条例》的许多条款开始限制劳动者的权利。
下位法违反上位法不仅大多时候是隐蔽的，而且有时不遇到具体的案件，两个法条之间的冲突可能根本就看不出来。正是因为下位法违反上位法有时要借着案件才能突显出来，所以，纸面上的例行审查就很少能够审查出什么来，最好就是交给法院根据具体案件情况来审查。如果不对宪法及政治体制作相应改革的话，就《立法法》修改而言，欲借机建立一套以法院为主的司法审查机制是不现实的。不过，仍然有两个思路可以采取: 一是在现有审查机制上，扩大要求审查的主体范围。目前，要求审查的主体范围主要有国务院、中央军事委员会、最高人民法院、最高人民检察院和各省、自治区、直辖市的人民代表大会常务委员会，建议主体范围扩大到所有的法院、检察院、一定数量的专家或公民等。二是在人大内部设置一个宪法问题委员会，专门处理有关违宪和违反上位法问题。
