推行“大包干”极大地推动了中国农业的发展，成功地解决了１２亿人口吃饭的问题，但并没有解决中国农业质的飞跃问题。“大包干”时期的中国农业是传统农业，“大包干”之后的中国农业仍是传统农业。今天，我国农村面临的重要问题已经不是农民的温饱问题，而是增收问题。
中国加入ＷＴＯ之后，以粗放经营为主的中国农业和质量不高而价格高的农产品将受到冲击，在这种情况下，我国很多农区农民的收入不仅不会增长，反而很可能有所下降，我们要看到这个问题的不可回避性和严重性。大部分地区、大多数农民增收的问题在近期内难以解决。
税费改革和以往的做法相比，“费改税”确实是一种具有很大改革性的重要措施，它至少从法律的角度规范了农民负担的税额及征收办法，应该说在一定程度上可以杜绝长期以来让农民苦不堪言的“三乱”现象，至少为基层政府巧立名目向农民收费制造了障碍。但是，税费改革只是税收体制内部的一种改革，并没有改变国家在农村实行的财税制度，税费改革不会缩小城市和乡村过于悬殊的差别，并且税费改革也难以推动农村剩余劳动力的大量转移。目前，农村最突出问题之一是大量的农民隐性失业，每年有上亿的民工辗转奔波于城乡之间。要从根本上彻底解决农民负担过重的问题，关键还是要千方百计地寻找增加收入的渠道，只有通过增加收入增强农民的承受力，农民负担过重的问题才能得到彻底解决。税费改革只是一种缓解矛盾的手段而不是目的，大幅度地增加农民收入，才是彻底解决“三农”问题的治本之策。
“三农”问题的改革途径和重点
农民问题的核心之一在于如何处理好国家与农民、政府与农民的关系。中国农村的制度和政策究竟如何变革与调整？这个“革命”应该从规范税收、财政制度开始的，继而进行户籍制度、乡镇机构改革、由经济体制改革推动政治体制改革，从而带动社会进步。
抓紧改革户籍管理制度。目前仍在实行的户籍管理制度是２０世纪５０年代后期为适应计划经济体制的要求而建立起来的。把农业户口和非农业户口严格区分开来，城乡之间形成不可逾越的鸿沟，成为“城乡分治，一国两策”的制度性条件，这也是造成目前城市化严重滞后于工业化，产生诸多社会问题的制度性原因，这是同建立社会主义市场体制的目标相悖的。要进行农村第二次改革，户籍制度的改革应是重要的一个方面。２００２年以来，广东、浙江、湖南、河北等地相继出台了本地区改革户籍制度的地方政策。但户籍制度涉及到户口流动、迁移等全局性的问题，必须由国家来决定。
进一步改革农村土地制度。农村实行家庭联产承包制，把土地的使用权交给农民，解放了生产力，农民称之为第二次解放，这是２０年来农村稳定、发展和农业形势好的基础。但是，一些乡、村两级干部，从家族、家庭和个人或小集团利益出发，要求发包的土地可以变动，实际上他们仗着是土地所有者的代表和行政权力，对承包土地自做主张，随意变动。直到１９９８年十五届三中全会再次重申土地承包３０年不变，要进行第二轮承包，在强大的工作推动下，第二轮承包工作才贯彻了下去，但问题并未解决。现在在各地农村，还有不断调整土地的。甚至有的地方乡、村两级干部背着农民把土地卖了，农民还不知情。由此引起土地纠纷，有的酿成较大的群体事件。调整、侵占、出卖土地，对农民来说是被损害、被剥夺，对干部来说是巨大利益所在，靠说服、教育是解决不了问题的。
改革现有的征地制度。随着城市化和工业化进程的加快，因征地造成的农民生活水平下降，就业得不到保障等问题不同程度地存在着。在一些地方，政府强制性征地、克扣法定补偿、推诿就业安置引发的上访和群体性事件增多，给农村稳定造成隐患。一些地方，在土地流转过程中以牺牲农民利益发展城市化、工业化和现代化的错误思路仍然十分顽固。“失地农民群体”正在形成，而且有不断扩大的趋势。一些失地农民沦为种田无地、就业无岗、低保无份的“三无游民”，生活在城市的边缘，在就业、子女就学、社会保障等方面受到歧视。在目前的征地制度下，农民丧失了双重权利。土地卖与不卖，不由农民决定；即使是农民要卖土地，他仍没有与买方平等地坐下来谈判价格的权利。按照征地制度规定，因建设占用农村集体土地的，都必须采取征用的方式，政府先把集体土地变成国有土地，然后再出让，出让的价格是市场价格，而征地时的价格只是市场价格的极小部分。而这一小部分又由集体与农民两方面来分，农民实际到手的利益少得可怜，法定的征地补偿远不足以解决失地农民的长远生计。
改革教育体制，实现城乡一体的教育体制。２０世纪６０年代初期以来，随着城乡分割的户籍制度的建立，逐渐形成了对城市中小学是一种政策，对乡镇以下的特别是村的中小学是另一种政策的体制。城市中小学教育经费由国家承担，农村中小学的教育经费由乡村、农民自筹解决。城市的中学特别是地级市以上城里的中学对农民的子女关了门，造成了城乡青年发展机会起点不平等的格局。相当多的地区，特别是中西部地区，农村中小学的教学设施简陋，教育经费严重短缺，教师工资长期拖欠，优秀教师流失，适龄儿童辍学。
改革农村医疗卫生体制。国家近些年在医疗卫生保健方面的开支很大，但占人口７０％的农村得到的经费不到１５％，这种体制的弊病不改革，农村医疗卫生等公共事业就难以改善和发展。改革开放以来，中国农村的医疗体系已随着合作社的解散而陆续解体，各地卫生院纷纷“走向市场”，却与农民渐行渐远。多数农民成为毫无保障的自费医疗群体，农民因病致贫、因病返贫的现象很多。
改革乡镇机构。加快政府机构职能转换和人员精简，解决机构臃肿、人浮于事的状况，减轻农民负担。
依法治农，用法律保护农民的权益
全世界市场经济发达的国家，都无一例外地实行依法治农的战略，而他们依法治农的根本点又都在于用法律来保护农业、保护农民的利益，从而达到农业和农村经济和稳定发展。
目前世界上—些发达国家几乎都有完善的农业立法，日本是经济法制比较完善的国家，也很注重农业立法。１９６１年颁布的农业基本法，是宣言立法，是农业“母法”，日本为实施农业基本法，专门修改具有实质性事项规定和具体措施规定的有关法律，并制定大量相配套的新法律，如农地法等２００余项法律、形成了较为完善的农业法规体系。
美国农业比较发达，农业立法也比较齐全，为了协调农业资本家的私人利益与整个资本主义制度的国家利益，国家运用立法手段对农业经济进行干预，除农业调整法外，主要有宅地法、造林法、荒地法、开垦法等。目前已形成一个以农业法为基础，８０多个农业法规为配套的农业法规体系。同时，１９８０年代后农业法已成为一个独立的法律部门。
十六大将建设社会主义政治文明作为全面建设小康社会的重要目标。坚持依法治国基本方略，是中国特色社会主义政治文明的一个显著特点。实行依法治农是实施依法治国基本方略的重要组成部分。无论是从依法治国的主体来看，还是从农业在国民经济中的基础地位来看，农业法制建设在国家法制建设中都占有极其重要的地位。
当前，在中国农村已经进入了市场经济的今天，农村市场经济能否顺利健康地发展，是发展农业、繁荣农村、富裕农民的关键，而农村市场经济要得到发展就必须依靠法制建设，实行依法治农，用法律保障农业和农村经济的发展。农村市场经济的发展迫切要求在法制建设中把农村市场经济主体的行为、农村市场运行的秩序以及国家对农村经济的宏观调控和对农民利益的保护，纳入法制的轨道，充分运用经济规律和法律规则这“两只手”的作用，来保护农村市场经济稳定地向前发展。由于受自然、经济和社会等方面因素的制约，农业还是一个弱质产业，农民的自我保护能力还较弱，农村贫困人口还为数不少，城乡“二元经济”结构还没有改变。因此，农业与农村经济的发展需要强有力的政策支持和法律的特殊保障。我国加入世界贸易组织以后，更需要运用法律手段保护与支持农业的发展。
当代中国面临着实现法治和改革的双重任务，随着“三农”问题改革的进一步深入，改革方式也应当根据依法治国的要求进行转变，由政策调控型的改革逐步转变到法律调控型的改革，实现改革与发展的重大决策与立法相结合，运用法律手段规范和调整社会不同利益之间的冲突，推进“三农”问题改革的顺利进行。
需要指出的是，农业与农村方面的立法远不能适应形势发展的客观需要，在许多领域还无法可依。九届全国人大期间，代表们提出的有关农业立法的议案就有１５７件之多，由于形势的发展变化，已经制定的一些法律也需要加以修订。
针对“三农”的核心问题，我们要先从宪法着手落实农民的国民待遇，打破不合理的户籍制度，给农民自由寻找生存空间的权利。通过制定户籍法等法律保障农民的平等权利。通过行政编制法规范乡镇的规模和编制，减轻农民的负担。通过税费立法，按照财权与事权相统一的原则，完善中央、省、市、县、乡之间财政分配体制，建立规范的农村财政体制。通过社会保障立法，建立和完善农村社会保障体系，将农村社会保障纳入城乡统一的社会保障体系，如救灾救济、养老保险和优抚安置、社会福利服务等就由中央政府承担。制定有关税法，统筹推进农业税和农产品增值税制的改革，对农业生产者分别不同情况征收个人所得税和企业所得税，调整农产品进口税收政策等。
就近期来看，还需要抓紧制定以下几件法律。农民权益保护法，主要规范：农民负担，保护农民劳动和选择职业的权利，并为农民的社会保障提供法律制度的基础。农民专业合作经济组织法，主要规范：组织形式，章程，管理、监督制度，分配制度，与政府、农村集体经济组织、村民自治组织的关系等。农村集体经济组织法，明确农村集体经济组织的法律地位，规范其组织形式、成员、财产权、经济活动、监督与管理制度、与政府和村民自治组织的关系等。
修改一些部分内容过时的法律，保护农民的合法权益。如修改土地管理法，进行征地制度创新。修改教育法和义务教育法，使教育向农村倾斜。完善村民委员会组织法，扩大和保障农民的政治权利。
