洞庭湖是我国首批加入国际《湿地公约》的7块重要湿地之一。近年来，由于种种原因，湖泊的面积逐年缩小，湖床不断淤积抬高，导致湿地大范围缩减，地势淤高，湿地功能和生态环境发生巨大的变化。
为遏制湿地生态环境的破坏，促进生态系统的良性循环，大幅度减轻洪涝灾害，推动湖区经济和社会的健康、持续发展，必须制定相应对策。控制污染保护湖区水环境洞庭湖为吞吐性湖泊，其水质状况与入湖径流量的大小和水质有很大关系。
一般而言，丰水期水质稍好，平水期次之，枯水期较差。从采样综合评分来看，营养状况年际变化不显著。
但从20世纪90年代以后，随着人类活动的增强，湖区周边工业尤其化工和造纸工业的迅速发展，水质恶化趋势日益明显，水体富营养化增强。为此，要保护和改善洞庭湖区的湿地环境，控制污染物的排放，防止湖区湿地生态恶化。
必须采取以下措施：① 开展洞庭湖湿地周围污染源的类型、排污途径及其最大排污量的调查，并对其排污种类、时间、范围、总量进行规定和限制，对排污超标部门、企业和单位予以约束和处罚，并限期整改，对那些严重污染环境的单位，要坚决实行关、停、并、转。② 合理调整产业生产结构，严格控制污染排放大的工业企业发展，制定严格的工业污水排放标准，实行污染物总量控制，同时积极发展绿色农业，减少农业面源污染；③ 加快湖区城镇污水处理厂建设，控制生活污水向湖区湿地排放，禁止向湖区水域倾倒垃圾、废渣；④ 控制湖区船舶流动污染；⑤ 防治酸雨污染。
退田还湖确保分蓄洪功能由于对洞庭湖区洲滩的大量围垦以及地势低平湿地的过度排水，导致洞庭湖区湿地面积逐年减少，同时，来源于“四水”、“三口”的泥沙大量淤积于湖底，湖泊水体萎缩，湿地结构改变，对洪水的调节能力也随之衰退，洪涝灾害连年发生。为此须采取以下措施：① 对于那些临近江湖，地势低且防洪设施不配套的地方要有计划、有步骤地退田还湖，实施开发性移民搬迁，将影响行洪调蓄的民垸迁出，恢复和最大限度地维持洞庭湖湿地自然生态过程和生态功能，以提高洞庭湖的调洪蓄洪能力；②应改变易造成水土流失的土地利用方式，防止水土流失，减少泥沙淤积；③ 加强生态防护林和水源涵养林的营造，对湘、资、沅、澧四水上游地区实行封山育林，建立水土保持型生态农业体系，减少入湖泥沙淤积量；同时区分不同地区、不同自然社会条件，结合退耕还林还草和农田基本建设进行流域综合治理，这也是减少泥沙淤积的最根本方法。
加快湿地保护立法在生态脆弱的湖区，大力发展教育，提高人口素质和生态意识，使湖区人民懂得人类与自然生态和平共处的辨证关系，提高湖区居民对湿地生态系统结构和功能意义的认识，逐步培养生态道德文明，并逐步树立生态哲学观、生态伦理观、生态价值观、生态文明观、生态法治观和生态审美观等整体生态观。这是目前改善洞庭湖区湿地生态环境的最好投资和重要战略。
切实贯彻《环境保护法》、《野生动物保护法》等法律法规，强化对湿地生物多样性保护的监督管理，使湿地生物多样性的保护纳入法制化轨道，走可持续发展的道路。根据我国湿地保护的现状，洞庭湖湿地保护的立法有待进一步完善，应以《中华人民共和国环境保护法》为指导，结合洞庭湖区实际情况，制定专门的法规，如完善《湖南省湿地保护条例》的相关内容，出台《洞庭湖湿地保护条例》等。
优化湖区产业结构产业结构调整与优化是湖区湿地生态系统得以恢复和重建的根本保证。农业是整个洞庭湖地区的支柱产业，根据洞庭湖区湿地资源状况与区域经济特点，以可持续发展理念为指导，依靠科技，实施向集约农业、持续农业、生态农业、立体农业、循环农业、特色优质农业的战略转移是洞庭湖区湿地生态恢复与重建的关键。
洞庭湖区工业结构性污染突出，其中造纸、化肥行业是湖区主导行业，同时又是污染大户，无污染或少污染的高新技术产业比重很小。因此，应加强高新技术产业对传统工业产业的改造，促进资源密集型的粗放重化工业结构向资金密集型、智力密集型的集约化工业结构转变。
扶植或组建规模化的造纸业生产基地，组建化肥生产企业集团，通过市场调节并辅以行政措施，淘汰污染严重和效益低下的小氮肥厂。建立跨区域生态管理模式洞庭湖水系跨多个地区，四水、三口与区间河流形成了复杂的江湖关系，水系河流的分布客观上需要加强流域统一
