当前的高校学生档案管理存在较多的问题，高校、学生以及社会各界的认识水平和重视程度不一，其原因也是多方面的。详细内容请看下文浅谈提高高校学生档案管理水平的理性思考。
1、在社会观念层面，随着社会竞争的日渐激烈，档案造假、履历造假、学历造假等不道德的事件时有发生，使学生档案的严肃性受到影响，难以得到应有的重视。甚至有的高校为使毕业生就业顺利，也为了学校的社会声誉，对学生档案进行篡改。[王德欣.做好学生档案工作 为大学生就业服务[J].中国档案,2005(10)：3233.]⑸虽然是个别现象，但其影响恶劣，直接降低了高校学生档案的公信力，致使学生档案在人才选拔过程中的参考价值随之降低。现在很多用人单位不再把学生档案作为选拔录用人才的依据，甚至还会发生丢失档案的情况。受此影响，高校、学生对档案的重视程度也在逐渐弱化。
2、在社会体制层面，随着我国经济体制改革的逐步推进，非公有制经济得到长足发展，逐渐成为吸纳高校毕业生就业的主要渠道。非公有制的用人单位没有人事档案管理权，事业单位、国有企业也在探索聘任制改革，人事管理逐步与市场接轨，而作为我国新型人事管理社会化模式[孙鹏红.人事代理中的档案管理问题探析[J].中国校外教育,2009(12)：136.]⑹的人事代理制度尚不完善，导致很多用人单位不过问学生的档案，以劳动合同关系完全取代人事关系。这也是很多毕业生成为弃档户的原因。
3、在管理制度层面，高校学生档案管理缺少明确的法律和制度依据。制度的缺位是制约高校学生档案管理水平提高的主要原因。1993年，国家教育委员会发布了《高等学校档案实体分类法》与《高等学校档案工作规范》，对高等学校档案划分了党群、行政、教学等十个类别，学生档案没有列为一个单独的类别。2005年，教育部颁布了《普通高等学校学生管理规定》，对学生的学籍管理、奖励与处分等提出了明确的规定，但仍没有涉及学生档案管理。作为高等学校学生管理工作在新时期的纲领性文件和主要依据，缺少对学生档案管理的关注，不能不说是一种遗憾。究其原因，主要是学生档案具有个体性，并且不在学校永久保存的范围之内，大学教育也只是学生档案生成过程中的一个阶段。2008年，教育部和国家档案局颁布《高等学校档案管理办法》，在文件材料的归档范围中增加了学生类，主要包括学生的高中档案、入学登记表、体检表、学籍档案、奖惩记录、党团组织档案、毕业生登记表等。这体现了国家教育和档案工作行政部门对高校学生档案的重视，但总体来说比较笼统，对具体操作的指导性不强，缺少标准化、规范化的指标体系。
4、在管理操作层面，高校学生档案管理在体制机制、人员队伍、建设开发、技术应用以及学生档案意识培养等方面均存在一定的不足。
一是管理松散，缺乏协调。不同的学校管理学生档案的牵头单位不同，有的是档案馆或综合档案室，有的是人事处，有的是学生处，比较普遍的是把档案分散到学院(系)进行管理。由于缺乏一定的协调机制，容易出现各自为战和临时突击的混乱现象。而且人员、场地、经费等往往难以得到保障，使工作无法深入开展。
