尽管加工贸易对国民经济发展具有巨大的正面作用，但是，与任何事物一样，有其利也有其弊，加工贸易也会带来一些负面影响。对加工贸易作用的评价，从加工贸易在我国发轫之初，就存在不同的观点。
近年来，随着中央政府重视打击走私，这种争论达到了前所未有的程度，并对有关政策的走向产生了影响。 对于加工贸易负面作用的认识，有些是客观存在，有些则是由于看待问题角度的失误，存在夸大甚至强加于加工贸易之嫌。
无论如何，看待像加工贸易这样重大的事物，关键要从大局出发，比较其利弊得失。分析存在的问题，不是为了“一叶障目，不见泰山”，否定加工贸易发展的必要性和合理性，而是为了解决问题，引导加工贸易更好地发展。
因此，对于存在的问题，需要认真地分析。
一、关于加工贸易“飞料”走私问题 我国的加工贸易政策规定，对加工贸易进口料件实行“保税”监管政策，即用于加工贸易出口的料件进口时，免征关税与增值税，出口时不退增值税。以加工贸易名义进口的料件，若用于生产内销产品，要补交关税与增值税。
对于采用部分国内中间投入品的加工贸易出口，出口退税实行“免、抵、退”政策。应该说，这是在当前我国增值税率和关税水平较高的情况下，发挥我国比较优势充分利用国际市场的一个明智之举。
正是实行了这些政策，才使我国加工贸易得到了长足发展。但是，少数不法分子受利益驱使，利用加工贸易进行走私犯罪活动。
不法分子采用虚报品名、规格、数量，进口以多报少，出口以少报多，高报单耗，以次充好，甚至采用“假单证、假印章、假签名”等“三假”手段，从事走私勾当，将保税进口的货物在国内倒卖。1997年开展严打走私运动以来，连续几年破获了大量以加工贸易之名进行的走私犯罪活动。
据海关统计，1997年查获30万元以上的加工贸易走私大要案401起，合计案值33.3亿元，分别占全国海关查获大要案总数的36%和总案值的54%。1999年查获加工贸易走私大要案47起，合计案值28.7亿元，分别占全国查获走私案总数的39.5%和总案值的53%（邵祥林、王玉梁、任晓薇：《未来国际贸易的主流》），第82页，对外经济贸易大学出版社，2001年）。
2000年全国海关共查获加工贸易渠道走私案件752起，案值25.4亿元，虽然案件数只占全部走私案件数的7%，但案值比例高达42%。2001年上半年，海关调查部门立案的走私案件，涉及加工贸易的案值，仍达到总案值的42.7%;海关缉私警察立案的走私案件，加工贸易的案件呈明显上升势头，共立案148起，增长48%，案值12.5亿元，增长76%，擅自倒卖保税料件、成品、甚至减免税设备是走私的主要形式。
从海关查获的走私案件看，利用加工贸易走私案占较高的比例。但是，能否据此认为加工贸易就是走私最重要的渠道呢?答案是不确定的。
据国际经验，查获的走私案值，一般约为实际走私案的10%，甚至更低。在查获的走私案件中，不同方式的走私，被查获的难度不同，因此，不能简单地从已查获的走私案件中的比例，来推算不同方式在全部走私案件中的比重。
加工贸易走私，由于必然在海关留下有关单据，因此，与那些“闯关”走私案相比，以加工贸易之名走私的案件，事后仍然可能查获，所以，当大规模开展打击“走私”活动时，对以往的案件，加工贸易走私更易被查获。因此，我们尚不能从近几年海关查获走私案中加工贸易走私所占的比重来推论其在全部走私渠道中的比重。
也许所查获的以加工贸易方式走私金额占较高比重，只是说明这种走私更易被查获。 走私活动的猖獗，不是因为实行加工贸易政策，而是由于过高的关税和增值税造成的巨大利益的刺激，以及监管手段的落后和官员的腐败。
只要上述诱发走私的原因存在，不管是否实行加工贸易政策，走私都是不可避免的。 开展打击走私活动以来，海关加强了对加工贸易进口的监管，同时，通过保证金台账“实转”等方式，试图防范加工贸易走私，取得了明显的成效。
但是，也应该看到，现行的监管手段降低了通关效率，对正常的加工贸易活动，特别是交货期很短的高端产品的加工贸易活动产生了一些负面影响。这说明，沿袭这种传统的方法加强监管，成本与收益是不对称的，必须探索新的监管思路与监管方法，在提高监管效率的同时，更加方便加工贸易进出。
二、关于加工贸易出口与贸易磨擦问题 加工贸易的快速发展，使我国与贸易伙伴之间的贸易关系出现了新的变化。有观点认为，加工贸易出口快速发展，引发出两个问题，一是与有关国家之间的贸易不平衡问题，二是所谓的贸易磨擦问题。
中国加工贸易的快速发展，得益于东亚新兴经济体对我国转移出口导向型的制造业。日本和亚洲“四小龙”都大幅度向中国转移了生产制造能力，这些企业原本就是以美国市场为主要出口市场的，移到中国后，由于充分利用了我国生产要素低廉的优势，很多企业的竞争力进一步增强，因此，对美出口进一步增加。
中国加工贸易的发展，在东亚新兴经济体、中国和美国之间形成了独特的“三角贸易”关系:中国从日本和“四小龙”进口料件，在华组装后出口到美国市场。因此，在很短的时间内使中美之间贸易不平衡问题突显出来。
按照美方统计，2000年中国已经取代日本成为美国贸易逆差最大来源国。深入分析中美贸易不平衡问题，有几个问题需要指出。
第一，中国对美贸易出口的大幅度增长，实际上是取代了以往东亚其他经济体在美国的市场份额，并没有直接威胁美国本土的企业。例如，1986～1988年间，美国鞋类进口的60%来自中国台湾和韩国，中国大陆只占2%。
到1999年，这两类产品进口国的位次完全颠倒过来，美国从中国台湾和韩国进口的鞋类仅占2%，而从中国大陆进口的鞋类所占份额上升至60%。玩具和体育用品的情形也相类似。
1985年，美国从中国香港、台湾和韩国对该类产品的进口占60%以上，中国大陆仅占6%，到90年代末，所占份额数刚好相反，中国大陆占60%，香港、韩国和中国台湾减少至6%。（N."Lardy，IntegratingChinaintoglobalEconomy"，Chpt.5，TheBrookPress，200
2)。第二，由于香港的转口贸易，中美两国对双边贸易的统计都出现了误差。
在美国的统计中，经香港对大陆的出口，被统计为对香港出口，而非对中国大陆出口;而中国经香港对美出口的产品，按原产地原则，仍然被统计为自中国的进口。中国的统计恰好相反。
因此，美国统计的双边贸易逆差夸大了实际情况，而中国的统计则低估了贸易不平衡状况。有关研究表明，中美贸易逆差应介乎两国统计之间。
第三，中美贸易不平衡，并非中国保护市场造成的，实际上，近10年来，中国市场是美国出口增长最快的市场之一。1990～2000年间，美国对中国的出口几乎增长了四倍，1990～2000年，美国企业对中国出口的增长速度大大超过了其他出口市场，到2000年，中国成为美国在全球的第八大出口市场。
但是，不管原因何在，中美贸易不平衡使我国在对美谈判中处于不利地位。特别是，一些美国政客出于政治动机，夸大中美贸易不平衡问题，以期在对华交往中取得主动地位。
中美贸易不平衡的主要影响，并不是像一些论者所宣称的，影响了一般贸易的对美出口，实际上，美国借中美贸易不平衡对中国出口产品直接采取的限制措施并不多，除少数纺织品受配额限制外，绝大 多数产品并没有直接受到限制措施，主要原因就在于，加工贸易出口快速增长导致的贸易不平衡，只是转移了其他东亚经济体对美贸易的顺差，并没有直接威胁美国本土企业。而且，很多中国加工贸易企业对美的出口，本来就是美国在华投资的企业，或者美国企业在华的“代工”企业的产品。
这种贸易不平衡的主要影响，主要体现在美国在双边贸易谈判中，以贸易不平衡为武器，要求中国加大开放市场、保护知识产权的力度，加速了我国市场开放，对国内企业形成了一定的竞争压力。但是，从长远来看，市场开放对我国经济效率的提高、竞争力的增强是利大于弊的。
第二方面的问题则是贸易磨擦问题，或贸易伙伴针对中国产品采取的不正当保护措施。最为突出的是中国出口产品在国际市场遇到的反倾销问题。
目前，针对中国产品的反倾销诉讼已经超过500起，中国已经成为全世界被反倾销最多的国家。不少国家将反倾销作为贸易保护主义的手段，对中国出口产品滥用反倾销措施，使我国出口形势空前严峻。
不少学者与官员认为，之所以出现这么多对华反倾销，是因为加工贸易出口增长太快造成的。但是，国家经贸委委托国务院发展研究中心对外经济研究部最近完成的一项反倾销研究课题的调查表明，我国被反倾销的产品绝大部分是由一般贸易出口引起的，针对我国加工贸易出口的反倾销案例不到全部对华反倾销案例的5～10%。
加工贸易出口之所以不易被反倾销，基本原因在于，加工贸易出口大多仍利用了外方原有的出口渠道，出口量、价格均由外方控制，不会出现一般贸易出现的乱打价格战的情形。这一研究成果显示，以往对加工贸易的评价，夸大了其导致贸易磨擦的负面作用，实际情形并非如此。
三、关于加工贸易与一般贸易的关系问题 有观点认为，加工贸易的发展挤压了一般贸易发展。在进口方面，对加工贸易设备与中间投入品进口实行保税政策，使我国进口纳税产品比重很低;在出口方面，加工贸易挤占了一般贸易出口市场份额。
这种观点是值得商榷的。
(一)关于加工贸易与进口关税收入的关系，以下几点需要明确 第一，对加工贸易进口免征关税，是合理的。加工贸易进口最终会包含在出口产品之中，如果对加工贸易进口征收关税，就会扭曲进口投入品的价格，使我国出口产品国际竞争力下降。
第二，关税对总税收贡献的下降主要是由降低关税水平引起的。我国算术平均关税水平从1985年的44.3%（N."Lardy，Integrating China into global Economy"，Chpt.5， The Brook Press，200
2)下降到2001年的15.3%，降幅为66%，但同期关税占全部税收的比重只从10%下降到5.5%。 第三，关税比重降低的原因还在于其他方面的减免税。
我国有四大类产品不纳关税，一类是加工贸易进口，二类是外资企业设备进口，三类是技术改造等进口减免税，四类是外国政府与国际组织的馈赠。1998年我国进口应税品比重只有19%，加工贸易进口占总进口比重为48.9%，外资企业投资项下进口占10.3%，二者合计为59.2%，通常馈赠进口不到1%，因此，技术改造等免税进口占到20%。
也就是说，在应该缴纳关税的一般贸易进口中，政策性免税进口额达到一半以上。关税收入比重的降低，这类政策性减免也是一个重要原因。
(二)加工贸易挤占一般贸易出口市场的观点，是难以成立的 第一，加工贸易出口市场是一个开放的竞争性市场，即使中国不发展加工贸易，这部分市场也不会自动地留给一般贸易出口。从事加工贸易的外国投资者可以在其他国家，如东盟国家加工出口。
因此，中国发展加工贸易并没挤占一般贸易市场，只是挤占了其他发展中国家在第三国的市场。从过去10多年来中国和东亚其他经济体的不少劳动密集型产品在美国市场份额的增减，可以看得很清楚。
第二，加工贸易的发展有助于增强一般贸易出口产品的竞争力。首先，加工贸易具有很强的技术与管理方面的“溢出效应”，加工贸易的配套企业的竞争力，因此得到很大的提高。
竞争力提高后，这些配套企业可能同时也为一般贸易出口企业配套。这样，一般贸易出口企业的产品质量也会相应得到提高。
而且，加工贸易配套企业制造能力的发展，还为一些新产品的发展提供了基础，有利于扩大一般贸易出口。例如，深圳中兴就是利用“珠三角”地区很强的配套能力，发展了程控机等电信产品，大量出口。
其次，随着国内配套企业形成对进口料件的替代，一些原来的加工贸易出口变成了一般贸易出口。 第三，加工贸易配套企业的竞争力提高以后，有些企业具备了直接出口的能力，直接采取一般贸易方式出口。
因此，加工贸易出口与一般贸易出口的关系，并非此消彼长的关系，而是相辅相成的关系。加工贸易的发展，实际上是有利于促进一般贸易出口的。
