我国《高等学校会计制度(试行)》，自1998年1月1日开始颁布实施以来，对于规范高校会计行为，加强财务管理发挥了重要作用。但是随着市场经济的发展和高校改革的不断深入，高校会计环境发生了许多新变化，现行的高校会计制度势在必改。
一 收付实现制方法核算的收入不真实
现行高校会计制度规定按收付实现制原则核算高校收入，因此在账面上只能反映已收到的学生学费、住宿费等，而对于应收学生还没有缴纳的学费、住宿费等在财务账上不予反映。另外，本会计年度收到以前年度学生的学费、住宿费等作为本会计年度的收入，这样的会计处理方式与当前要求核算学生的相关成本不协调。再者，应收账款也不能真实反映学校的已收学费和住宿费、应收学费和住宿费、欠缴学费和住宿费等。
为了全面了解高校学费和住宿费等的收入完整性，建议改收付实现制为权责发生制，取消应收及暂付款科目，设立应收账款、其他应收款、预付账款等科目。在应收账款科目中设立二级明细科目核算应收学费和住宿费等类收入。财务人员在每学年开始时，根据学生的注册和报到情况、收费标准等资料统计学生应缴的学费、住宿费收入并确认为该学年收入总额;增加应收账款(学费、住宿费等)，同时增加应缴财政专户款。当实际收到学费和住宿费时，增加货币资金科目，减少应收账款(学费、住宿费等)，当上缴财政专户时，减少应缴财政专户款，减少货币资金科目;当收到财政返拨学费时，增加货币资金科目，同时增加收入教育事业收入一一学杂费收入。当遇到学生退学、减免学杂费时，可根据实际发生金额调整相关科目。
其他应收款科目核算教职工个人借款及应向职工收取的各种垫付款等款项。预付账款科目核算订购设备预付给供应单位的款项。
二 没有设置固定资产折旧的相关科目
固定资产不计提折旧，不能真实反映固定资产的价值。现行《高等学校会计制度》只要求高校提取修购基金，而不要求提取折旧。修购基金按照事业收入和经营收入的一定比例提取，与固定资产的价值损耗情况没有联系，不能反映其实际的价值。提取修购基金不会减少固定资产的账面价值，这就造成高校固定资产虚高，财务状况不真实。没有固定资产清理科目，不利于高校财务部门对出售、报废、损毁资产的管理。由于高校会计制度不设固定资产清理科目，一方面高校固定资产出售、报废或发生毁坏时直接冲减固定资产和固定基金科目，取得的价款或变价收入直接记入专用基金一修购基金科目，这种处理方法不能综合反映固定资产清理中的收入、支出以及清理后的净损益;另一方面不设固定资产清理科目，不利于高校财务管理。
三 国家对高等学校的基本建设投资会计核算，未能纳入高校会计核算
这种规定使高校内部形成了两个会计主体，一个核算教育事业活动，一个核算基本建设投资。使得任何一个会计主体都只能反映高校经济活动的一个方面，违背了会计核算的基本要求和原则。尤其是近年来，高校招生规模不断扩大，基建投资迅猛增长，很多建设项目靠学校贷款解决，贷款本金及利息由学校财务偿还。由于基建会计独立核算，同时贷款利息由学校支付，不列入基建财务费用，造成学校负债状况不实，基建项目成本核算不准确。
应将基建会计并入高校会计进行核算，在资产类设立工程物资、在建工程两个一级科目。工程物资核算高校为基建工程准备的各种物资实际成本，在建工程核算高校进行基本建设发生的实际支出。在收入类的财政补助收入下设基建拨款收入，核算本年度财政为学校拨入的基建专款，年末转入基建结余的贷方。在支出类取消结转自筹基建，增设基本建设支出，核算在本年完工的基建项目的全部支出，项目完工结算时从在建工程转入本科目的借方。年末转入基建节余的借方。在净资产类增设基建结余科目，贷方余额表示完工工程的累计拨款额，借方余额表示完工工程学校自筹资金数，年终将其余额转入事业基金。
