随着我国社会市场经济的快速发展与构建社会主义新农村的实际需求，我国农村合作经济组织的建设需要面对来自各方面的挑战。
一、农村合作经济组织的作用
1.发展农村经济
农村合作组织对于发展现代化农业、维持农村改革开放成果与保障农民的经济利益有着直接作用，主要围绕着流通、经营与金融领域，农村合作经济组织可以为各家各户提供产前、产中、产后以及资金调动、产品流通、原材料生产、采购、加工、经营销售等各方面的需求服务，有利于稳定农村改革开放政策的实施成果。农村合作者可以通过进行社会呼吁，提升农产品的保护意识，防止出现价格波动引起直接的经济损失。
2.增强农民的综合素质
新型农村合作经济组织属于农民的联合体，需要不断增强社员的综合素质。农业结构体系的规划调整、科学技术的成果转化、先进技术的大力普及、生产经营和管理水平的提升，这些方面都是与社员综合素质息息相关的。目前对于农村劳动力的分布状况，只有小学学历的人员占据了总劳动力的比例十分高，这种发展状况无法很好地适应未来阶段农业的设备化、机械操作化与信息化的各项具体要求。
3.为农村经济的发展提供各种的优化模式
合作制的具体内容十分广泛，农村合作经济组织的形式也是呈现多样化的，将计划经济和市场经济充分结合起来，有可能开创出新型农村合作经济组织的多种优化模式，有利于更好地带动农村社会的稳定发展。
二、农村合作经济组织的存在问题
1.政府政策和我国农村发展脱节
在发达的国家之中，有超过80%的农民都会加入一个以上各种不同类型的农村经济合作社，在农民中超过1/3比例的生产资料主要是通过农村经济合作社进行采购的，超过1/3比例的农产品主要是通过农村经济合作社达到加工与销售目标。我国农村合作经济组织的数量规模以及农民加入农村合作经济组织所占总农户的比例相对比较低。对于发展农村合作经济组织的具体过程，我国各级政府都需要积极主动地设置各种政策措施确保农村合作经济组织的快速稳步发展。
2.管理水平和文化素质在农村合作经济发展中处于弱势
根据相关部门的统计结果分析，在我国现阶段的农村合作经济组织中，接近一半左右的农村合作经济组织缺乏相应的财务管理机制，58%缺乏财务审计机制，59%缺乏执行章程，82%缺乏民主议事机制。大部分研究说明，伴随着合作经济组织规模的不断扩展，因为制度缺失或者混乱导致农村合作经济组织无法维持良好的发展趋势。
3.农民传统意识对合作经济组织发展的影响
农业社会饱含了千百年以来我国丰富形式的传统文化，在社会市场经济的影响下，农民的文化意识形态不断出现一些变化情况，然而保留大部分传统形式的意识形态，这就直接决定了我国的农村合作经济组织需要处于一种特殊形式的农业社会文化中不断发展。我国农民的整体法律意识相对比较薄弱，这和传统文化对农村的实际性影响存在着一定的关系。在一部分农村当中，农民解决村里各项事务与纠纷主要依赖于在农村中的威望，其相应行为在较大程度上会直接受到道德、舆论与周围环境社会网络的限制作用。在一部分企业加农户形式的农村合作经济组织体系中，经常会产生农户违反合约规定的现象，而企业又因为监督成本过高而无法很好地控制农村具体的投机行为，这也是一部分企业加农户形式的农村合作经济组织不能正常运行的主要原因。目前阶段我国大部分农民规避风险的意愿应当大于其获得更多经济收益的意愿。农民属于弱势人群，抵御风险与承担风险的能力相对比较弱，特别是一些依赖于农业得到经济收入的农民。因为农民在长期阶段都处在小农经济的传统农业环境中，其本身存在着一定程度的思想与认识局限性问题，从而忽视对经济财产的权利意识与参与管理的实际义务，缺乏以人为本的理念。
三、农村合作经济组织的发展对策
1.增强有关的制度建设
设置相关的新型农村经济组织的执行法律，逐步确立新型农村合作经济组织的法人地位。由于农村合作经济组织存在着立法滞后的相关问题，合作社相应的法人地位没有具体明确，导致正常形式的经营活动与合法权益无法得到充分的保障。在一方面，大多数地区的工商部门对合作社没有进行具体的登记，然而只可以在相应的民政部门进行社团登记处理，使其无法以合作社法人形式的独立经济实体组织落实各方面的经营活动。在另一方面农产品的贸易国际化发展很快，其竞争非常激烈，合作社具体的法人地位无法得到很好的确立，在反倾销环节中占据着不利地位。
2.加大宣传培训与试点示范力度
我国农民的人均受教育程度相对比较低，这直接限制着新型农村合作经济组织的实质发展。在引导农民建设农村合作经济组织的过程中，即使政府部门无法一手包办，然后这并不意味着和政府部门无关的，反而应该是政府部门的重点工作事项。各层政府部门需要大力宣传建设新型农村合作经济组织在发展农村经济与市场经济过程中的关键性作用，合作经济组织可以更有效地抵抗风险，借鉴国内外操作成熟的相关经验，组织举办各种基本形式的知识讲座，有利于解决农民对新型农村合作经济组织的认识性问题。
四、总结
农村合作经济组织属于一种企业形态，其具体的组织规模化发展需要进行相应的优化重组处理，通过合作经济组织兼并与联合的作用，有利于构建大规模的新型农村合作经济组织。
