在市场经济条件下，政府专项资金属于公共财政的范畴，其对社会投资的基础性、带动性、引导性、调节性作用至关重要，能发挥“四两拨千斤”的乘数效应。审计的根本目标是维护人民群众的根本利益，审计的首要任务是维护国家经济安全、保障国家利益、推进民主法治。在专项资金监管过程中要树立科学的审计理念，适应新形势加强资金监管，要及时揭示和反映乱作为、假作为、不作为、慢作为等问题。要持续关注中央八项规定和国务院“约法三章”的落实情况，加强对专项资金从管理到使用各个环节的审计监管，促进厉行节约和规范管理。树立科学的审计理念，加强对财政专项资金使用与监管，保证专项资金的安全、优质、高效尤为重要。
一、要创新审计理念，切实做到依法审计
审计的基本工作方针是“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”。 现代国家审计是经济社会运行的一个“免疫系统”，要求我们在专项资金监管各个环节树立科学的审计理念，坚持以科学发展观为指导，以推进法治、维护民生、推动改革、促进发展为出发点和落脚点，提高主动性，发挥建设性，坚持开放性，全面履行法定职责。在涉及民生领域的专项资金监管过程中要在把握人民群众需求的基础上突出民生重点，进一步突出对公共财政、公共服务、公共管理、公共环境情况等方面的审计监督，让群众放心。要认识到：审计工作必须坚持以科学发展观为指导，审计的根本目标是维护人民群众的根本利益。要树立绩效审计理念、文明审计理念，切实加强对权力的制约和监督，敢于问责，善于问效。要创新审计理念，以审计行为的文明为基础，进一步营造依法有序、和谐高效的审计环境，构建和谐的审计关系。
二、要准确把握审计的基本特征，运用科学的审计方法
一要制定科学完善的审计方案。工欲善其事，必先利其器。不要把审计实施方案的制定看成是一种形式或是可有可无的事情，更不能错误地认为是浪费审计时间的徒劳。在进行专项资金审计监管时首先制定科学全面的审计实施方案能起到事半功倍的作用，编制科学全面的审计实施方案，要把握两方面的关键内容，一是要正确评估重要性水平，二是科学研判审计风险。审计过程中必须运用重要性原则提高审计质量降低审计风险，这样才能既保证审计工作质量，又同时能降低审计成本，提高审计工作效率。我们要正视审计风险，审计风险的存在是客观的，回避审计风险不是科学的态度，要在审计实施过程中切实提高工作质量，最大限度降低审计风险。如果被审计单位固有风险和控制风险低，则审计检查风险高，这时应扩大审计检查的内容，必要时调整审计方法，以获取更多的审计证据，以保证将审计风险降低到可接受的水平。因此，制定科学完善的审计方案尤为重要。
二是优化审计人力资源配置，合理安排审计组人员分工。审计工作内在的特点决定，一个审计项目的实施完成，必须依靠审计组全体成员的分工协作，共同努力。但是，由于审计人员的学识水平、专业水平、工作经验是不一样的，各有所长，各有所短，这就需要在专项资金审计过程中，准确把握各项资金来源和用途，合理安排审计组人员分工，才能有效提高审计效率。在人员分工时应充分考虑到实际情况，按照“人尽其才，优势互补”的原则，做到优化审计人力资源配置，合理分工，必要时可以聘请各方面资金管理专家参与该项审计工作。
三要把握审计的基本特征，切实提高审计监督效能。通过审计发现的问题揭示风险并做出处理，发挥审计的批判性作用。在揭示问题、查处问题的同时，更好、更多地提出解决问题的办法和措施，才能发挥审计的建设性作用。审计工作要立足服务，坚持监督。监督是手段，服务是目的。通过对问题的揭露和违法犯罪的查处，一方面维护经济社会秩序，保护人民利益；另一方面促进制度的完善、法制的健全和体制的改进。监察审计部门要经常开展对各单位重点专项资金使用情况的监督检查，发现违规挤占、挪用的问题一律严查，并追究相关人员的责任。
四要立足主动性，坚持适应性，跟踪审计整改。要适应形势发展和要求，主动调整审计工作思路，主动改进审计工作方法，主动查处审计发现的问题，主动分析存在问题的原因，提出整改的建议和意见。进一步加强审计和财政监督，严肃查处贪污、截留、挤占、挪用、骗取专项资金等行为。建立内部监控机制，对资金管理、运行中的风险隐患进行全面排查和防范。通过近两年的系统专项资金审计监督检查，强化了各地对专项资金监督检查重要性的认识，立足主动性，大力宣传相关法律、法规，提高按规定使用专项资金的自觉性，在监督方面取得显著成效。跟踪审计整改，建立健全专项资金管理内部控制制度，严格规范会计核算行为，大力推行专项资金管理使用领导责任制，加大审计监督问责力度，强化专项资金监管，“真查、真纠、真处”，有力地打击套取财政培训补贴、挤占挪用、违规操作等行为，切实保障和维护国家经济安全。
