一、国库集中支付制度的优势
第一，国库集中支付制度的建立，将学校的学费和住宿费等收入直接缴入国库，使其不得直接用于学校的财政支出，高校所需经费必须由财政部审核后统一拨资金到商品供应商或劳务的供应商，取代以往的将资金直接拨给高校的做法，减少资金的流通环节，提高了工作效率，还在一定程度上限制了贪污腐败行为，推动高校资金使用的规范化。第二，国库集中支付制度要求高校本年度所拨付的至今必须本年度使用完，在非特殊情况下不得将资金转付到下一年使用，因此高校在编制项目资金计划时必须要严谨细致的将每个项目的用途及所需资金写明，将所需的资金控制在一个合理的范围。这就使得高校在资金使用过程中要严格的按照规定开支，大大降低了高校财务管理的风险。第三，国库集中支付制度还要求高校必须细化预算并完善预算指标体系，科学合理的安排财政预算，使年度支出确保在规定的预算范围内，再由各主管部门层层审批，合格后经国库直接拨付。这就要求高校项目负责人要严格把关，按照审批后的预算报表开支。这有利于提高高校的财务预算管理水平，提高国家对高校财务的监管力度，进而规范高校财务管理，促使高校的财务管理科学化、规范化，实现高校财务管理的现代化改变。
二、现阶段国库集中支付下高校财务管理存在的不足
(一)财政资金的安全性不高
目前我国国库集中支付的整个过程都依赖于网络，所有环节都必须在网络中完成，这势必要求高校要有一个通畅的网络环境、一套完备的财政信息管理系统以及良好的数据对接系统。首先，我国国库集中支付体系中虽然已经有一套资金信息管理的模型，但是我国计算机网络还没有真正的普及，不同职能部门之间的计算机联网也还存在一定的难度，建立健全计算机网络系统为国库集中支付制度提供保障势在必行。其次，国库集中支付的所有环节都依赖于计算机网络，国库集中支付系统的所有数据都在计算机中存储，这就给其安全性带来隐患，即使对此设置了处理限权和加密等措施，但数据的安全性还是受到人为因素及不可抗拒等因素的影响，因此如何完善集中支付系统的安全性必须等到相关的重视及解决，增加财政资金支付的安全性及可靠性，推动国库集中支付的安全运行。
(二)审批程序复杂
国库集中支付制度要求高校所需资金的计划书要经过各层级主观部门的审批，这就高校财务资金预算的审批及资金结算滞后进而导致财政支出数据失去真实性。首先，在此制度下，国库集中支付对申报及审批有严格要求，资金使用计划的上报和审批程序十分繁琐复杂，从上报到审批要经过各层级主管部门的多重环节审批，这就需要大量时间，季度容易造成高校的资金结算滞后。其次，相关层级主管部门对归垫资金的批复也是十分缓慢，这就很大程度上影响高校财务工作的正常及有序开展，并对财务支出信息的真实性带来相应的影响。
(三)高校资金使用及筹集等条件受限制
国库集中支付制度对高校的资金来源方式也做出了一定限制。以前高校的融资渠道十分广泛，高校可以通过学生缴费、政府财政补贴、银行信贷等多种方式集资，而且政府的财政资金直接拨付给高校，高校对其进行合理的调配使用，自由度高。但是在国库集中支付制度下，高校的融资方式受到极大的限制，并且资金直接拨付给商品供应者和劳务供应者的方式，使得资金不再由高校安排使用，大大降低了资金使用的灵活性。首先，高校学生所缴纳的学费、住宿费等都不得直接使用，必须将其统一缴入国库，高校对所缴纳资金没有使用权，其所需资金必须按照标准进行审批，并且高校不得擅自调度各项目间的资金，这极大限制了高校资金的使用。其次，国库集中支付制度还要求高校在银行只能开设零余额账户，政府部门的财政经费直接拨到该账户上，高校对资金调度并没有实际权利，其实际权利在其上级主管部门。因此高校对资金的调度和使用上受到很大限制，进而使得高校承担风险的能力降低，导致银行对高校的信贷额度大幅度下降，缩小了高校的融资渠道。最后，高校归还银行的贷款也必须经过审批等程序，不得将零余额账户中的资金作为归还银行信贷的资金。贷款资金的审批更是要经过复杂的程序才能完成，由于国库集中支付制度作为一种新制度，许多会计师对相关的业务流程并不熟悉，导致申报时间拖长不能及时还银行贷款，影响高校的信誉，从而加大了融资的困难度。
(四)支付程序繁琐
国库集中支付制度实施后对计划申报和款项支付等方面做了很大调整，每一项业务如需正常支付必须要在国库支付系统中申请，这使得财务工作难度和工作量剧增。另外零余额账户资金的使用受限，其资金不能办理托收承付，高校平时的水电等费用也许逐月办理支付申请，繁琐的支付程序使得工作量增加的同时还增加了财务工作的难度。
三、高校如何克服制度下的不足，提高财务管理水平
(一)完善计算机网络体系
国库集中支付的每一个环节都依赖于网络，并且国库集中支付体系的数据也存储于计算机中，因此加强计算机网络体系建设是国库集中支付体系的迫切需求。政府应该完善计算机网络体系，培养专业技术人员，提供一个安全稳定的网络环境，并且加强操作人员素质培养，减少操作过程的人为因素影响，及时更新计算机设备，完善计算机网络数据对接系统，提供安全可靠的信息交换平台。
(二)简化审批手续
国库集中支付制度要求资金申请要通过各层级主管部门审批，审批程序较为繁琐复杂。对此首先要求财政部门提高工作效率加快预算指标审批的速度，对部分环节进行一定程度上的简化，缩短预算指标的审核时间。其次，高校应积极与上级主管部门联系，对可能由于延误出现的问题给予第一时间的反映，以取得最好的解决办法，从根源上防止问题的产生。最后，提高高校对资金的支配权利，在国库集中支付制度下，高校没有对资金的实际支配权利。政府应该允许高校从银行零余额账户中支付高校在运营时所形成的水电费用及银行信贷，减少不必要的工作。
(三)拓宽高校融资渠道
提高高校的融资能力，加强高校与银行的合作。首先，强化高校的预算管理体系，充分发挥预算管理在学校财务管理中的作用。其次，加强政府与高校之间的合作，提高高校应对风险的能力。最后，加强高校与银行的合作，使其建立信誉合作伙伴管理，提高高校的信贷能力。国库集中支付制度是我国财务管理的又一重要内容，国库集中支付制度在实际运行中面临着诸多不利因素的挑战，对此无论是政府还是高校都应该积极提高管理水平，从而达到高校办学的真正目的。
