一、改革过程中存在的问题
国库集中支付制度改革涉及到中央和地方的众多预算单位，是一项系统性的复杂工程，其在推进过程中暴露出很多问题，既有制度自身的问题也包括相关配套制度。这些问题影响了改革的进一步深化，是当前改革的重点与难点，同时也是下一步拓展改革的着力点。
(一)制度运行中存在的问题
目前，国库集中支付制度的设计和运行存在一些问题，主要可以归纳为以下三个方面。
1、改革在中央和地方缺乏整体性。我国的国库集中支付制度是分阶段推行的，这就使得中央和地方的改革进程并不一致。总体来说，中央层级的改革进程要快于地方层级，到2007年底，国库集中支付改革已经基本覆盖了全部的中央一级预算单位。就地方层级而言，国库集中支付制度无法完全推行开来，部分资金没有纳人集中支付的范畴，尤其是一些二级预算单位的资金。而且各地的经济实力悬殊、具体运行过程中的财政体制不同，地方和地方之间的改革模式也存在差异。这种改革深度和广度的差异性在很大程度上阻碍了改革的进程。
2、乡镇级别的代理银行增加了资金运行的潜在风险。我国国库集中支付制度明确了中央银行和各机构的分工，即将单一账户统一设立在中央银行或其分支机构，由中央银行对资金的具体工作进行管理，相关的机构只需行使国家金库的职能。然而由于地域差异，部分地区现在还没有中央银行及其分支机构，尤其是很多发展滞后的乡镇地区。这些代理银行受财政部的委托直接面向大量的预算单位，因此其业务水平、管理能力以及服务意识都直接影响着改革的成效。此外，财政资金要求的安全性与商业银行的盈利性存在天然的冲突，在商业银行开设单一的账户从三个方面增加了财政资金的风险:一是市场风险通过商业银行的传导机制渗透到财政资金的运行过程中，使得财政资金承担一定的市场风险;二是在资金紧张时期，商业银行为了缓解资金压力，维持自身的正常运转，很可能会挪用财政资金，增加了财政资金的不安全性，使其承受了商业银行的挪用风险。三是国库资金转移到商业银行增加了资金调动的时滞风险，商业银行实际掌握着财政资金，致使中央银行进行宏观调控时不能及时有效地调动，不利于调控职能的发挥。
3、改革的具体执行过程中存在违规操作。在对一些省级单位进行例行检查时发现，违规支付的现象比较普遍，有些甚至严重违反了相关的制度规定，对财政资金的安全运行产生了较大影响。具体表现在以下方面:一是现金的使用超出范围。公务上制度的推行可以有效地规范现金的支用，降低腐败现象发生的可能性，然而在实践过程中，有些单位并没有积极推行和使用公务队仍采用传统的现金报账方式。这些单位利用多种名目套取现金，有的以出纳的身份提取办公费、差旅费备用金等报账，有的则通过化整为零、逃避监控、拆分支付等手段连续多次地提取现金并转存实有资金账户或违规发放职工福利。二是支出要素填报不规范。有些单位混用公用、人员和专项这三类经费;有的则随意填写经济分类科目，不能准确地表达支付事项，使得支付要素之间缺乏基本的逻辑关系。
4、信息不对称，集中支付存在潜在风险。集中支付的风险主要体现在以下两个方面:一是国库支付体系的信息系统不完善，信息化程度不高，具体表现为:没有在代理银行、预算单位、执行机构和国库部门之间实现联网，无法实现信息共享，加大了汇总通报的工作量，政策的制定和执行之间存在时滞;各部门和机构应用不同的软件，很多数据在处理时没有规定统一的口径，存在大量的重复劳动，降低工作效率。二是市场信息不充分。我国还没有实行完全的市场经济体制，信息不对称的现象比比皆是，这就在一定程度上诱发了寻租行为，滋生腐败。具体表现为:预算单位或相关工作人员伪造信息骗取资金，例如提供虚假的收款人账户、伪造合同和用款申请、伪造收款人等手段;乡镇级别的代理银行及其工作人员私自转移国库资金;预算单位和基层的代理银行相互勾结或者双方的工作人员合谋骗取国库资金或者转移财政性资金。
(二)相关配套制度存在的问题
国库集中支付制度相关配套制度的不完善，也在一定程度上阻碍了改革的进一步深化。国库集中支付改革是一项系统化的工程，不仅需要国库系统内的有关管理办法、管理细则之间相互配合，也需要相关配套制度的协调，为国库集中支付改革提供方便。相关配套制度存在的间题可以从以下几个方面进行分析。
1、法律法规不完善，改革的执行和监管缺乏法律依据。目前国库集中支付制度的改革依据主要是一些国务院、财政部或者中国人民银行颁布的文件，如《财政国库管理改革试点方案》、《财政部关于深化地方国库集中收付制度改革的指导意见》等，这些文件只是一些规章制度，并没有上升到法律层级，这就使得改革丧失了法律层面的权威性。另一方面，国库管理改革要求国库部门加强对财政资金的管理，然而中华人民共和国预算法并没有明确授权相关部门对预算单位集中账户的资金变动进行实时监控，只是规定了各级财政部门要担负监督检查预算单位改革执行情况的责任。这种只规定义务不授予权利的规定容易导致相关部门执法过程中的尴尬地位。
2,部门预算的编制和管理不够规范。财政性资金要根据预算单位的用款计划进行划拨和集中支付，而用款计划的科学合理与否则依赖于部门预算的编制。然而，目前我国的部门预算并不成熟，其编制和管理还存在很多间题，主要体现在以下三个方面:一是单位层级的预算编制比较粗糙，大部分预算单位直接根据下一年度的宏观数据如财政收支状况并结合单位自身的业务特点进行编制，并没有细化到具体的项目，预算支出无法进行逐笔核定。二是预算的弹性太大，单位在执行过程中经常进行追加和调整。三是预算缺乏预见性，计划和预算相脱节。目前的做法是各级财政将预算分配到各司局，各司局再按二级单位进行二次分配，汇总则从下而上进行，这就使得预算的编制缺乏必要的统筹协调，管理呈现碎片化，进而影响了则政支付的计划性。
3、政府采购制度不够规范。在预算单位的各项支出费用中，采购支出占了比较大的比重，在很大程度上会影响预算的执行。不过这部分的支出也是较难控制的项目，因此对采购支出进行有效地管理和控制，是预算管理的重要部分。当前的政府集中采购将物品和服务采购都纳人了管理的范畴，虽然政府采购的范围全面，但实际执行的效果并不理想。主要原因是预算单位的集中采购规模较小，呈现随意化、碎片化，不能充分发挥集中采购的规模效应。
二、改革存在问题的原因分析
导致我国国库集中收付制度改革出现问题的原因是多方面的，其中制度问题也是影响改革效果的重要原因之一，具体表现在以下几个方面:
(一)观念滞后，认识不到位
国库集中支付制度的优越性之一就是能大大提高资金效率并降低滋生腐败的可能性。但有些单位负责人和财务人员的观念滞后，没有从内心认可改革的重要性，对改革饱有一定的抵触情绪。他们认为改革限制了单位灵活使用财政资金的自主性，不利于具体业务的执行，更重要的是缩小了单位在资金管理方面的权利范围，因此不能积极主动地参与和推进改革。
(二)相关配套制度本身存在缺陷
科学、规范、有效的部门预算制度，是国库集中支付制度进一步深化改革的前提和基础。然而，我国的部门预算也在不断地完善推进，在执行过程中存在很多间题，具体体现在以下三个方面。
1,预算不够细化，定额和标准缺乏代表性。现行的部门预算在编制时一般是制定一个总额标准，而并没有对各具体账户的核算进行细化，这就使得各账目不能真实地反映具体的支出情况，也不能为定额管理提供有用的数据支持。另一方面，每年参考的预算定额和支出标准是在往年决算数据的基础上进行简单平均得出的，不具有代表性，与实际状况存在一定的差距。同时，编制预算的业务人员能力有限，很多单位的预算一般是由财务人员兼任，而没有设立专职的预算岗位。
2,预算执行时弹性太大。每年的部门预算时依照法律法规编制的，原则上具有很强的刚性，一旦表决通过了就应该严格执行规定的支出范围和标准。然而我国的实际情况是，各地区不同部门在执行预算时表现出了很大的弹性，往往会颁布一些地方层级的文件、制定一些内部的标准从而扩大预算的支出范围和标准，严重弱化了预算的约束作用。很多单位没有建立有效的内部控制机制，部门开支的随意性太强，先花钱后报账的现象屡屡发生，这种缺乏计划性的资金使用大大降低了资金的利用效率。
监督管理机制不健全。我国部门预算的编制和执行特点决定了这一制度的两低特性，即低透明度和低参与度。具体的预算内容在单位属于内部机密，因此单位在编制部门预算时，参与的人员有限，编制完成后也不会对外公开，这就使得预算的编制过程缺乏有效的监督;预算草案通过人大表决后，对外公布的是各类别项目的总额，具体的各项支出社会公众无法获知，这使得预算的执行过程缺乏有效的监督。另一方面，社会公众缺乏参与意识，很少主动关注部门预算的信息，这在一定程度上部门违规的可能性。
(三)执行主体素质不高
与传统的分散支付模式相比，改革以后的集中支付制度实行财政直接支付和财政授权支付相结合的支付方式，其中前者占主导地位，后者起着辅助的作用。支付方式的改变使得相关的业务操作也发生了变化，这需要财务人员不断学习最新的业务知识，提高业务能力。然而实践过程中，一些财务人员自身的基础较差却不注重学习，还有一些业务素质较高的财务人员恃才傲物也不注重知识的更新，这些执行主体没有完全理解国库集中支付制度，很容易出现违规操作，从而阻碍了改革的步伐。尤其是在一些基层的预算单位，每月用款计划的制定需要在大致估计下月具体支出的基础上进行，这要求财务人员有一定的经验分析能力;用款额度的全年分配和使用也要求财务人员具有一定的规划和前瞻能力。
