目前，我国的政府采购工作处于边起步、边摸索阶段，因而在采购资金的管理和使用上存在许多不规范的地方，客观上要求建立完善的国库集中收付制度，构建政府采购资金国库集中收付制度的思路。建立政府采购资金集中收付制度的总体思路是：以公共财政和效益财政理论为指导，以提高效益和防范风险为目标，以资金控制为核心，以预算管理和全程监督为手段，实行政府采购资金的财政统一集中收付管理。其运作要点可概括为“设立一个专户，实行两个分离，强化三个控制，建立四项制度”。
1、设立一个专户。政府采购资金收支都由设在国库或国库指定代理银行的账户反映，各单位和部门的政府采购资金收付都通过这一账户集中办理。在国库集中收付制度下，政府采购支出一旦发生，采购资金由国库单位一账户直接拨给商品和劳务供应商或工程承建单位，不存在现行分散支付制度下层层转拨、多个环节转账的问题。各单位可根据自身职能的需要，在财政门批准的预算额度内自选决定购买何种商品和劳务，但必须经政府采购机构公开采购，其资金由国库集中支付。这样，资金是部门的，所有权和使用权没有改变，仅仅改变了采购方式和支付方式而已。
2、实行两个分离。（1）政府采购资金与业务经费分离。预算单位的人员工资由财政直达个人账户，业务经费由财政划拨给预算单位自行支付，或通过会计结算单位自行支付，或通过会计结算中心集中管理。改革过去采购资金与业务经费混为一做的作法，将现行财政支出中用于单位或部门的设备购置、会务、房屋修缮、车辆购置和维护、社会保险等专项资金分门别类地从总预算中单独编制，不再搞条块分割，将资金纳入政府采购专户，由国库集中支付。（2）预算编制与预算执行分离。改革过去部门上报采购计划，财政预算部门审定计划的作法，将政府采购预算编制与预算执行分开，预算部门只负责编制政府采购预算，不管政府采购预算执行；预算执行部门只按照政府采购预算具体执行。这样各司其职，才能保证政府采购预算执行的严肃性、公开性，提高政府预算执行的透明度。
3、强化三个控制。（1）强化预算控制。在政府采购预算执行中,严格按政府审查批准的 预算组织实施，除特殊情况外，一律不得变更采购项目。预算安排的政府采购收入计划也必须 确保完成，不得随意减免,无政策原因不得少收。（2）强化资金使用控制。通过国库集中收付制度，将采购项目纳入政府采购范围，按政府采购制度规定的程序规范化动作，对采购资金的拨付、使用、清算全过程进行监控。除了特殊用途外，采购资金都要通过国库直接支付给商品和劳务供应商。（3）强化项目决算控制。严格控制采购项目的支付进度,在采购项目决算未经财政部门审计确认之前，付款进度不得超过合同的75%。采购结束后，采购单位应及时办理项目决算，交财政部门（或中介机构）审计后行文确认。据财政部门审计确认的决算支出，留足质保金后方可付清项目余款。凡未经财政部门审计确认的决算支出项目，一律不准结清采购项目款。
4、建立四项制度。（1）建立预算编制制度。财政部门在编制政府预算草案时,应单独设立政府采购明细预算，以增强对单位执行政府采购的约束力，扩大政府采购规模，发挥其规模效益。政府采购的执行时间由财政预算部门根据预算情况确定。(2）建立项目审批制度。各单位根据工作需要和财力情况，向财政部门提交年度采购预算计划，财政部门再根据资金支付能力，区分轻重缓急，提出审核意见报同级政府批准后实施。(3）建立操作控制制度、通过明确的操作管理程序，在预算、采购、付款、核算、决算的各个操作环节，财政、单位、采购中心、国库之间实行相互牵制和内部控制制度,有效防范违纪违规风险的发生。（4）建立项目会计核算制度。为考核政府采购项目预算执行情况，监督采购质量，提高资金使用效益，财政部门应对政府支出进行单独核算，以节约采购成本，减少财政性支出。相关的配套改革措施：政府采购资金实行国库集中收付管理，是一项系统工程，需要进行相关的配套改革，以保证这项改革的顺利进行。
