优化转移支付结构
《意见》突出亮点是事权调整与转移支付改革并存，特别明确了中央对地方专项转移支付的改革方向。
逐步增大一般性转移支付分配比例
《意见》提出要“形成以均衡地区间基本财力、由地方政府统筹安排使用的一般性转移支付为主体，一般性转移支付和专项转移支付相结合的转移支付制度”。这是我国转移支付改革的纲领性文件，也是一种适应性财政分权。
首先，适应中央对地方转移支付改革的要求。自1994年实行分税制财政管理体制以来，我国逐步建立了符合社会主义市场经济体制基本要求的财政转移支付制度。中央财政集中的财力主要用于增加对地方特别是中西部地区的转移支付，这有力促进了地区间基本公共服务的均等化，推动了国家宏观调控目标的贯彻落实，保障和改善了民生，支持了经济社会持续健康发展。
其次，《意见》的出台，还有一层更深层次的寓意，那就是推进中国式的财政分权。分税制改革以来，我国对税权、举债权的控制一直都集中在中央政府层面。后来，由于地方政府绕过原《预算法》第28条的规定而大规模举债，产生一系列问题，中央政府才开始尝试中央代发地方债、允许地方政府举债试点以及在新修订的《预算法》中允许地方政府可以在中央政府审批下有条件举债。不过，由于地方政府举债从评估、审批和正式推出，需要较长时间，地方政府举债制度的创新近期并不能为地方政府带来显著的财政收益。由于担心税权下沉会扰乱市场秩序，中央政府不仅不鼓励税权下放，而且要强化税权的上收。这样，通过调整转移支付结构，增大了一般性转移支付的规模和比重，相应增大地方政府自主可用财力，便成为我国财政分权的新探索。这种“财政分钱”改革将带动财政分权的改革：将部委分散直接控制变为中央政府统一调控，有效避免地方政府“跑部钱进”和各种寻租，既整合财政资源，又提高地方统筹能力。
转移支付结构优化与政府事权调整并行
与转移支付类似，政府事权和财政支出责任的划分也较为复杂。长期以来，中央和地方事权划分依据不充分、责任不清晰、支出不合理的现象较为普遍。但考虑到政府事权和财政支出的惯性运行，短期内大幅度调整政府间事权划分格局也有困难。当前和今后一段时期，应将财政支出分为中央直接支出、中央委托性支出，以及地方事权支出，以便于提高管理效率。《意见》进一步提出，“属于中央事权的，由中央全额承担支出责任，原则上应通过中央本级支出安排，由中央直接实施；随着中央委托事权和支出责任的上收，应提高中央直接履行事权安排支出的比重，相应减少委托地方实施的专项转移支付。属于中央地方共同事权的，由中央和地方共同分担支出责任，中央分担部分通过专项转移支付委托地方实施。属于地方事权的，由地方承担支出责任，中央主要通过一般性转移支付给予支持，少量的引导类、救济类、应急类事务通过专项转移支付予以支持，以实现特定政策目标。”由此可以看出，国家在调整转移支付结构的同时，也在着力调整政府间事权和财政支出责任的划分，以实现各级政府事权和财力的匹配。
规范和强化转移支付管理
明确转移支付的归属
根据“桥归桥、路归路”的原则，《意见》对转移支付的性质进行了划分，并明确了转移支付的改革取向。
一是清理整合一般性转移支付。逐步将一般性转移支付中属于中央委托事权或中央地方共同事权的项目转列专项转移支付，属于地方事权的项目归并到均衡性转移支付，建立以均衡性转移支付为主体、以老少边穷地区转移支付为补充并辅以少量体制结算补助的一般性转移支付体系。
完善转移支付的管理办法
一是加强一般性转移支付管理。一般性转移支付按照国务院规定的基本标准和计算方法编制。建立激励约束机制，采取适当奖惩等方式，引导地方将一般性转移支付资金投入到民生等中央确定的重点领域。
二是改革和完善专项转移支付管理办法。《意见》指出，逐步取消城市维护建设税、排污费、探矿权和采矿权价款、矿产资源补偿费等专款专用的规定，逐步改变以收定支专项管理办法。严格控制新设专项，以控制专项转移支付的规模。规范专项资金管理办法，做到每一个专项转移支付都有且只有一个资金管理办法。对一个专项有多个资金管理办法的，要进行整合归并，不得变相增设专项。
强化转移支付的预算管理
在预算管理方面，《意见》根据新的《预算法》、国发〔2014〕45号等法律法规的要求，对转移支付下达的具体时间作出了明确要求，使各方都有合理预期。《意见》还要求，推进一般性转移支付和专项转移支付的公开透明，并做好绩效评价和相应的预算统计工作。
规范转移支付分配和使用
《意见》指出，转移支付资金分配应规范化。专项转移支付应当分地区、分项目编制。严格资金分配主体，明确部门职责，社会团体、行业协会、企事业单位等非行政机关不得负责资金分配。专项转移支付可以采取项目法或因素法进行分配，并对项目法或因素法的适用对象作出了明确说明。对关系群众切身利益的专项，可改变行政性分配方式，逐步推动建立政府引导、社会组织评价、群众参与的分配机制。目前，中央政府着力推行的专项转移支付竞争性分配方式，符合《意见》的基本要求。
针对普遍关注的专项转移支付要求地方配套问题，《意见》明确指出，除按照国务院规定应当由中央和地方共同承担的事项外，中央在安排专项转移支付时，不得要求地方政府承担配套资金。由中央和地方共同承担的事项，要依据公益性、外部性等因素明确分担标准或比例。在此基础上，根据各地财政状况，同一专项对不同地区可采取有区别的分担比例，但不同专项对同一地区的分担比例应逐步统一规范。
《意见》对专项转移支付使用也列出了“负面清单”。除中央委托事项外，专项转移支付一律不得用于财政补助单位人员经费和运转经费，以及楼堂馆所等国务院明令禁止的相关项目建设，以防止一些地方借机增加“三公”经费支出。
