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在企业所得税法领域，我国实行的是内外有别的双轨制，即对外资企业适用的是《外商投资企业和外国企业所得税法》，对内资企业适用的是《企业所得税暂行条例》。这种“内外有别”在形式方面主要体现在二者分别立法，而且效力各异，对外是法律，对内是行政法规；在实质方面主要体现在企业所得税的征税主体和收益权主体不同、税率不同、税前扣除标准不同、对资产的税务处理不同、税收优惠政策不同等等。由此导致内外资企业在所得税负担方面存在很大差异。
“双轨制”的存在是一种权宜之计，而不是长远之计，其存在的合理性基础在于能在一定时期、一定程度上吸引外资，推动本国经济发展，但从长远来看，特别是从市场经济体制的基本要求来看，“双轨制”不应当长期存在，也不可能长期存在。两个企业所得税的合并是WTO的国民待遇原则的要求，是市场经济进一步发展的要求，是税收公平原则的要求，也是消除恶性国际税收竞争的要求。
国民待遇原则表面理解是对外商的待遇不低于本国国民，即对外税收优惠不违反国民待遇原则，但这一原则的实质是不同国籍的投资者之间的平等待遇与公平竞争，以消除国籍歧视与限制。对外商实行特殊的税收优惠政策是发展中国家吸引外资、促进本国经济发展的重要手段，在其发展的初期也起到了一些作用。但是随着经济的发展，这些优惠政策的效用越来越受到质疑。首先，这种优惠政策导致国家税收的大量流失，阻碍了国家提供公共物品、促进经济社会发展职能的充分发挥；其次，税收优惠产生效果必须以投资国承认“税收饶让抵免”为前提，如美国不承认这一原则，导致给予美国投资者的优惠实际上进入了美国的国库；再次，高质量的投资所看重的往往不是税收优惠，而是基础设施、法治环境等等，税收优惠对于大型跨国公司不具有吸引力。遵循WTO所倡导的实质性国民待遇原则，企业所得税法的合并势在必行。
我国市场经济发展的初期需要一定资金的投入，需要刺激部分市场主体的活力，对外税收优惠政策收到了很好的效果。但是随着市场经济的进一步发展，对于统一市场、公平竞争的呼声越来越高，为了全面建设小康社会，我国的市场经济强烈需要公平竞争机制的形成。而内外有别的两套所得税制度严重阻碍了内资企业与外资企业在同一起跑线上进行竞争，导致市场竞争秩序的混乱，价格机制难以合理发挥资源配置的功能。更由此带来了很多假合资企业、短期效应企业等副产品，更加不利于市场经济的健康发展。为了建立统一、完善的社会主义市场经济体制，必须实行内外一致的企业所得税制度。
税收公平原则是税法的基本原则之一，它强调具有相同税收负担能力的主体应该缴纳相同的税款。而内外两套税制显然是与这一原则背道而驰的，它不仅损害了税法的公正性，而且也大大影响了税法在现实中的实效。很多内资企业拖欠税款、偷逃税款的一个重要心理因素是缺乏对税法的尊重与信仰，凭什么让我比别人（外资企业）多纳税？对外资的优惠，就是对内资的歧视，一个遭受歧视的孩子是不可能心甘情愿地“赡养”父母的。
各国争相对外资进行税收优惠也导致了恶性国际税收竞争。恶性国际税收竞争的结果是扭曲企业的投资决策，导致全球资源配置的紊乱，加剧国际税收逃避，最终结果是各国税收收入都大量减少。欧盟与OECD都出台了针对恶性国际税收竞争的报告和政策，在国际经济一体化不断发展的今天，任何进行恶性税收竞争的国家都将被逐出世界经济的大舞台。虽然我国并没有成为公认的进行恶性税收竞争的国家，但是，很多国家对我国的对外税收优惠政策都是颇有微词的。为了避免被认定为进行恶性税收竞争的国家，我们需要实行内外一致的企业所得税。
但是，统一内外资企业所得税也并非一朝一夕之事，必须考虑税收法定原则的遵循、外资企业的承受能力、税收政策的连续性等一系列的问题，必须选择恰当的时机。
税收法定原则是世界各国税制改革所遵循的基本原则，在我们建设法治国家的征程中更加需要贯彻这一原则。企业所得税法作为涉及企业基本财产权的法律，应当由全国人大或者全国人大常委会进行立法。由于我国《外商投资企业和外国企业所得税法》是由第七届全国人大制定的，因此，作为取代两个现行企业所得税法的《企业所得税法》必须由全国人大立法，而不能由全国人大常委会立法，因为全国人大常委会无权废止全国人大的立法。根据基本的立法程序，提交全国人大的立法草案要在全国人大常委会审议通过，目前，《企业所得税法》（草案）虽然已经提交全国人大常委会，但是并未经过讨论和通过，也没有列入今年3月5日召开的十届人大三次会议的议程，因此，《企业所得税法》最早也只能在2006年的人大四次会议上审议通过。
当然，在税收法定原则背后还有一个外资企业的承受能力问题，合并以后的企业所得税法将降低内资企业的所得税率，而提高外资企业的所得税率，这对于外资的引进以及外资企业的投资决策都会产生深远的影响，必须慎重行事。对于两税合并以后所可能带来的问题必须做好充分的准备，不能草率行事。
在法治社会，法治的一个基本功能是保持稳定，增强法律主体的预期。如果法律制度朝令夕改，各种市场主体无所适从，也就不会有长远的计划、理性的投资，也就根本不会形成市场经济，因此，市场经济中各种法律制度的稳定性是非常重要的。新企业所得税法草案刚一开始起草，就引起了内资企业与外资企业的阵阵骚动就是一个明证。目前我国企业所得税立法步骤比较缓慢实际上就是给企业转变预期留出足够的时间，这也表明了我国法治国家建设取得了一定的成效，法治社会的稳定性要素已经逐渐在人民和立法者的心中生根发芽。
