农村税费改革是我国农村继土地改革，实行家庭承包经营之后的又一次重大改革，改革的目的是减轻农民负担。但在试点过程中也存在一些问题。例如，乡镇财政收入减少，村级收入大幅下降，乡村工作运转困难；农村义务教育财政保障有困难；税负欠公平，农民负担由地少的向地多的农户转移；计税标准不合理，计税价格与市场价格差距较大，土地面积、常年产量与实际不符；农村集体经济负债数额较大等问题。要解决农村税费改革出现的问题，关键我们要采取积极的对策，完善有关配套改革措施。
一、精简乡镇机构和人员
二、精简和优化教师队伍，合理配置教育资源
农村教师素质不高，队伍庞大，农村学校布局不合理，教育管理机构人员多，既造成农民教育负担过重，又造成县乡财政教育支出过大，据调查，目前许多县市教师工资支出约占县财政工资支出的50％以上，占乡镇财政支出的70％左右。近年来，精简和优化教师队伍，合理配置教育资源势在必行。一是采取措施精简和优化教师队伍。要严格核定编制和岗位，清退代课老师，压缩非教学人员；大力推行以竞争上岗、择优选聘为主要内容的人事制度改革，分流不合格教师。二是合理调整学校布局。现在许多地方中小学生源减少，农村交通条件也有了很大改善，为适当集中办学创造了条件，今后，加大合班并校力度，形成合理中小学学校布局，优化配置教育资源。三是改革农村义务教育管理体制。由过去的乡级政府和农民集资办学，改为由县政府负责实施和管理农村义务教育，教育经费纳入县级财政，中央和省级政府要加大对农村义务教育的支持力度，确保农村义务教育的健康发展。
三、完善乡镇财政体制，规范县乡之间的分配关系
深化乡镇财政体制改革，增加乡镇财力是解决农村税费改革后乡镇财政困难的关键一环。一是财权与事权相结合。从有利于乡镇政权建设和乡镇经济、社会事业发展出发，将 适合乡镇管理的收支下放到乡镇管理，做到乡事乡办、乡财乡理， 权责结合。二是统筹兼顾，适当向乡镇财政倾斜。正确处理县乡分配关系，合理分配县乡财力，在兼顾县级财政支出需要的同时， 最大限度地照顾乡镇财政利益，凡是从农村收取的农业税，农业特产税及其附加费，都要全部用于乡村，保证乡镇组织运转的基本支出需 求。对财力不能保证基本支出需要的乡镇，县、市、区应当视财 力情况，通过转移支付等形式予以补助。三是加强集体资金管理。税费改革后从客观上减少乡镇的财力，因此，要加强集体资金的管理，管好用好每一笔钱，集体资金不要平调、挤占和挪用，同时完善减人、减事、减费的配套措施，节约资金，防止收费反弹。
四、取消一切不合理收费，规范农村收费管理
税外收费泛滥并缺乏有效约束是农民负担过重的一个重要原因。所以，在推进农村税费改革的过程中，各地都要对涉及农民收费项目进行一次全面清理，规范农村收费管理。第一，要全面整治涉农收费，坚决取消对农民的各种乱收费、乱摊派、乱集资、乱罚款，建立健全农民负担监督机制。第二，要取消一切要农民出钱出物的达标升级活动，禁止强行征订各种报刊、书籍。第三，取消一切没有法律法规依据的行政事业性收费，对经营服务性收费进行规范整顿。对水电等具有垄断性质的经营服务项目的收费实行上限控制。第三，对农村中小学乱收费、结婚登记乱收费和搭车收费等问题进行专项治理。
五、加强农税征管工作，依法治税
要结合农村税费改革，进一步完善税收征管体制，充实乡镇税收征管队伍，提高人员素质。大力推行公开办税，定时定点征收，方便农民缴纳，提高税收工作透明度。要加大税法宣传力度，增强群众依法纳税意识。建议修改《税收征管法》，明确制定一套涵盖农税征管全过程的统一程序，增加可操作性，同时，对有能力却故意拖欠、抗税者，及时依法打击，以税法的刚性调动纳税人的纳税积极性，使农税征管迈入法律化轨道。乡镇应充分发挥本地资源优势，大力招商引资，发展二、三产业，以市场为导向，调整农村产业结构积极培植税源，增加财力，这是做好农税征管工作的前提条件。
六、优化村级干部管理体制
"上面千条线，下面一根针"，各级政府、部门布置的任务，都要依靠村干部去执行、去落实。费改税后，村级经费大幅度下降，要解决村级经费的矛盾，稳定村级干部队伍：一是大力精简村干部和村级吃补贴人员。目前农村班子膨胀太快，村、组干部过多，拿工资、吃补贴的人太多，是加重农民负担的一个重要原因。二要合理确定村干部报酬，压减基本办公经费，缓解村级收支矛盾。三是适应农村经济发展，村与村合并，扩大村级规模，减少干部人数。三是推进村民自治，实行村务公开。村内"一事一议"要实行上限控制，严格按照程序议事，得到多数农民同意，办事要量力而行。
七、妥善处理乡、村债务
现在不少乡、村都有负债，而且呈现出负债数额大、覆盖面广、利息多、增长快的特点，已成为阻碍农村税费改革和农村经济发展的突出问题。对乡镇债务，要在全面清理、检查核实的基础上，摸清债务的来源、用途和现状，区别不同债务情况，明确债务人，采取多种办法加以处理和消化。对于确应由乡镇财政承担的到期债务，要按照有关规定，建立乡镇偿债准备金，分年逐步清偿。对于不属于乡镇财政承担的其他债务，要按照"谁受益、谁负担，谁借债、谁还款"的原则，分别进行清偿。对村级债务要加强清欠工作的力度，对荒山、闲置房屋、设备等资产进行拍卖冲抵村级债务。
八、完善粮食购销政策
农村税费改革要与粮食购销政策结合起来进行配套改革，就是将农业税实征，采取农民无偿缴纳公粮的办法，以公粮代定购，同时取消粮食定购政策，在国家牢牢掌握足够的储备粮的前提下，全面彻底地放开粮食市场与价格。按照中央部署的税费改革方案测算，农业税为7%，附加税为正税的20%，亩产为450公斤，按15亿亩地算可收公粮567亿公斤，完全可以满足城镇人口的口粮（480亿公斤）。因此，可以取消定购任务，放开粮食价格。
九、稳定农村土地承包关系
稳定农村土地承包关系是这次农村税费改革的前提和基础。这是因为我国现行的农业税是按地征收，三提五统是按人征收的，实行的是"地税人费"的原则。而这次农村税费改革的主要特点是费改税，并且税一律随地走，全部摊入田亩。土地的二轮承包是农民和政府都认可了的，大多数都发了土地承包证，已具有法律效力。如何重新丈量土地，等于事实上否定了承包合同的合法性，难免失信于民，不利于农村稳定。要加强完善第二轮土地承包的各种档案资料，以土地承包清册、土地承包合同书、土地承包经营权书等资料作为核定计税面积的依据。
十、合理确定税负，体现公平负担的原则
农村税费改革涉及千家万户，因自然条件、经济发展水平的差异，农民的人均纯收入有所不同，这就要求在实际工作中做到整体上税负公平。调整农业税及其附加的征收政策是这次改革的关键，而农业税及其附加的征税额取决于农产品产量、价格和农业税税率，除农业税税率和价格外，由政府统一定价外，农产品产量又取决于农产品单产（常产）和耕地面积（计税面积）。计税价格要由政府定，因此，测定农产品单产和核实计税面积是农村税费改革的重中之重。所以，必须使用二轮承包土地面积作为征收农业税的依据，因为这个数据是和农民签订合同了的，比较准确，同时辅之实际丈量或航测进行校正。常年产量以2000年前5年农作物的平均产量来确定，一定5年不变。对不承包土地或承包土地明显偏少并从事工商业得到农村居民，在农业税负担水平内向其收取一定数额的资金，用于乡村集体公益事业
十一、加大中央和地方财政转移支付力度，逐步降低税率
当前，世界上许多国家对农业征税都非常优惠，大多数都是征收所得税，而且规定有很高的起征点和许多扣除项目。在试点区，税费改革后的农业税率基本上是按中发[2000]7号文件确定的，正税税率7%，增征附加20%，合计税率为8.4%。但是8.4%只是名义税率，是按收益额征税的，农民的很多投入未作扣除，如果以农民实际所得衡量，农业实际税率将高出很多，目前，我国农产品的成本居高不下，大部分农产品不具有国际竞争优势，在国家不能给农业以最大补贴的同时，又从农民中拿走这么高的税收，是不利于促进农业生产结构调整和农村经济发展的。为了适应我国入世的新形势，增强我国农产品在国际市场竞争力的要求，应加大中央和地方财政对农业转移支付的力度，逐步降低农业税率，力争五年内将税率降低5%左右。
总之，农村税费改革的这些配套改革的措施，应和发展农村经济、促进各项工作结合起来，农村税费改革的目的才能达到，其成果才能得到巩固和发展。要围绕增加农民收入这个主题，继续加快调整农业和农村经济结构，加快农业产业化步伐。加强小城镇建设，提升乡镇企业水平，促进农业剩余劳动力转移，开辟农民增收新途径。
